這位年輕的國王太早實施了自己的計劃，導致新公爵直接舉起反叛的大旗，可沒想到這隻是各個公國對於薩克森人當國王所不滿的冰山一角。
早先奧托同父異母的兄弟唐克馬爾曾要求一個邊疆爵位，奧托否決了他的提議，這讓唐克馬爾懷恨在心，而蠢蠢欲動的法蘭克尼亞公爵和洛林公爵勾結西法蘭克這隻境外勢力，推舉奧托的另一個兄弟公開叛亂，全國上下亂作一團，王位岌岌可危。
這下好了，奧托算是明白了父親為啥當年會妥協了，大家聽命於王室隻是給王室個麵子。
939年，在萊茵河畔洛林公爵一度把國王逼到絕境，正在緊要關頭，五大公國中一直未發聲的施瓦本突入戰局，決定站在國王一邊，奧托總算是平息了叛亂，保住了父親開創的王朝。
奧托也從中吸取了教訓，在這之後奧托利用了一係列手段來“報複”各個公國，法蘭克尼亞甚至永遠失去了公爵，整個公國直接被王室接手；
接管洛林的人是奧托的好友；對於功臣施瓦本，奧托讓自己的兒子，也就是下一任皇帝，迎娶施瓦本公爵的女兒，從而建立親戚關係；而巴伐利亞則在後來被授予冊封給了不久前還在叛亂的另一位投降的公爵。
也就是說，從加洛林王朝查理帝國分裂成中東西三部分之後，巴伐利亞的真正統治權從來就沒有被東法蘭克國王所擁有。
捕鳥人亨利沒有收回主權，他的兒子奧拓也隻是把主權交給一個非親非故的投降公爵。
接下來的百來年裡，凡上任的國王都不願意乾預幾個公國間的關係，有時間安內，還不如攘外容易點。
德意誌先是向東打下波西米亞，也就是現在的捷克，而後又直接乾預意大利內部紛爭，雖然意大利對於德意誌半推半就，表麵上加入德意誌王國，然後等軍隊撤走後立馬叛亂。
於是，以今天德國領土為主，形成了一個叫“神聖羅馬帝國”的新國家。
多說一句，這個神聖羅馬帝國既不神聖，因為跟天主教半毛錢關係都沒有；也沒在羅馬，隻是因為該國皇帝加冕需要跑到羅馬去一趟，說白了就是德意誌帝國的馬甲而已。
放任不顧的巴伐利亞漸漸被一個名為韋爾夫的家族控製，一開始韋爾夫三世作為巴伐利亞公爵隻是把妹妹嫁到了皇室，之後便確保了韋爾夫家族永遠統治巴伐利亞，韋爾夫四世的兒子黑亨利憑著皇家關係把薩克森的部分土地強行規劃到巴伐利亞。
黑亨利的兒子還迎娶了時任神聖羅馬帝國皇帝洛泰爾二世的女兒，甚至仗著自己是前任皇帝的女婿競選神聖羅馬帝國皇位。
包括薩克森地區等大部分領地都被來自巴伐利亞的韋爾夫家族控製，神聖羅馬帝國皇室漸漸被這個家族蠶食。
這時，神羅帝國的一位皇帝即位，他就是赫赫有名的“紅胡子”腓特烈·巴巴羅薩。
“紅胡子”的稱號來自於他六次出征意大利，意大利人的血把他的胡子染紅了，足以彰顯他的殘忍。
腓特烈的母親就出身於韋爾夫家族，但他為了當上神聖羅馬帝國皇帝並鞏固地位，決定大力削弱控製著巴伐利亞的韋爾夫家族勢力。
腓特烈雖然成功讓韋爾夫家族在巴伐利亞的公爵獅子亨利黯然下台，但對韋爾夫家族的權力，則隻有抑製，而無法消除。
該家族勢力深深植根在巴伐利亞州的各行各業，而且竭力將家族人馬安插進入帝國高層。
腓特烈這種類似於我國曆史上“削蕃”的操作，也隻能讓韋爾夫家族不再繼續擴張其權力，對該家族老巢巴伐利亞也姑且讓其繼續統治，隻不過不要太鬨獨立，給皇帝一點麵子就好。
到了中世紀末期，教廷對各地在經濟上的榨取到了登峰造極的地步。
16世紀初德國交出去給教廷的財富比15世紀末皇帝所征的稅款高二十多倍。
教廷的壓榨剝削遭到人們的反抗，來自德國的馬丁路德掀起了一場轟轟烈烈的宗教革命，然而他的改革還並不徹底，深受教廷迫害的人們還覺得不夠過癮。
於是廣大人民群眾投奔另一位在反教廷上主張更激進領袖閔采爾，也正是在閔采爾的帶領下德國爆發了大規模的農民起義。
起義軍主要來自三個地方，分彆是法蘭克尼亞、薩克森和施瓦本。
作為古老的公國，巴伐利亞缺席了。