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眾人是被一通電話給驚到了，第一時間返回東京的。
警察廳被人入侵了，各國間諜名單被盜走了。
安室透追擊那名入侵警察廳的女人，據說是酒廠員工，名字叫做庫拉索。
安室透追擊庫拉索，結果半道殺出個程咬金，fbi也參與了追擊庫拉索的行動。
兩方沒有通氣，沒有配合，這就導致哪一方也沒有抓到庫拉索。
庫拉索失蹤了。
諸伏景光一聽到這話就坐不住了。
間諜名單泄露，安室透的身份也會暴露，以組織對付臥底的手段……
諸伏景光要第一時間趕回幼馴染的身邊，保護他，與他一同麵對危險。
南野星樹叫來了直升飛機，乘坐直升飛機飛回東京。
此時是東京時間半夜兩點，萩原研二的義骸使用時間已經到了，靈魂脫離了義骸。
不過他擔心安室透的危險，又向鬼燈請了兩天的假，留在現世幫助好友。
普通人都看不到他，他正好利用這個優勢進出一些私人場所和警察無法進入的地方，幫著他們找人。
柯南的身體是真的小孩子身體，因此一早就睡了。
南野星樹等人接到消息後沒有叫醒柯南，南野星樹更是給柯南嗅一下安神的花香，讓他睡得更熟，被抱上直升飛機都沒有蘇醒。
南野星樹將柯南安置在自家的客房中。
這件事情還是不要讓柯南知曉為好。
這是國家與黑衣組織的博弈，柯南參與不進去。
但他忘記了柯南的事故體質。
他不讓柯南知曉，柯南卻無意中參與了進去。
諸伏景光急匆匆地離開了，他要趕去幼馴染的身邊幫助幼馴染。
南野星樹打開電腦，讓諾亞二號幫忙尋找庫拉索的蹤跡。
這個小姐姐是個非常會躲藏的人，全城的監控幾乎都沒有拍攝到庫拉索的身影。
鬆田陣平開車跟著自己的幼馴染出去了。
幼馴染進入私人的地方找人，鬆田陣平在外麵等待。
若是萩原研二真的找到了人，靈魂狀態下無法通知其他人，就得由鬆田陣平這個能看到幼馴染能跟幼馴染對話的原普通人、現不能算普通的家夥來通知其他人了。
這對幼馴染是最好的搭檔。
清晨，柯南從睡夢中醒來，發現自己的睡覺地點竟然換了。
這裡……
哦，是星樹哥家的客房啊！
柯南放下心，推門走了出來。
“早安，星樹哥。”
“早。”南野星樹對柯南道，“早餐做好了，你帶著自己這份和阿笠博士灰原哀的份兒，去隔壁吃。”
“誒？星樹哥要急著出門嗎？”
“嗯，有緊急的事情要處理。”
“明白了。”
難怪自己一覺醒來從北海道的酒店換到了星樹哥家的客房。
這是發生了什麼要緊的大事，星樹哥連夜趕回來了吧？
是什麼大事呢？
柯南想知道。
但他明白南野星樹不會告訴他，他隻能閉上嘴，等會兒讓博士幫自己調查。
柯南提著保溫盒去了阿笠博士家。