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尚可喜率部投靠蟎清以後，雖說也被封了王，與孔有德、耿仲明兩個並稱三順王，但是他本人的確跟孔有德、耿仲明這兩位不對付。
尤其是對耿仲明，可謂是懷恨在心，恨之入骨。
這其中當然是有原因的。
不過這個原因，卻並非像耿仲明避重就輕所說的那樣，隻是因為當年清虜軍隊攻克旅順口後他殺了黃龍及其部屬。
事實上，實情比更耿仲明輕描淡寫的要殘暴無數倍。
因為當時旅順守軍頑強抵抗，所以清虜軍隊在攻克旅順口後，對城中軍民實施了幾乎是無差彆的屠城行為。
尚可喜的妻兒老小及其宗族親眷，多達數百口人，幾乎被耿仲明率軍殺了一個乾乾淨，隻剩下屈指可數的幾個女眷被留了活口，最後還被擄走為奴。
而這幾個被擄走的女眷，在尚可喜率部投降了蟎清以後，又被黃台吉從耿仲明那裡要了回來，還給了尚可喜。
尚可喜對黃台吉找回其家族女眷的做法，當然是感恩戴德，可是對幾乎殺了尚氏全族的耿仲明，自是恨到了骨子裡。
當然了，耿仲明在旅順口陷落後殺戮尚氏全族，也不是隨隨便便殺的，而是一種刻意的報複。
甚至包括勸說和鼓動黃台吉出兵南下，去奪取旅順口這件事情，其中都有這個耿仲明所起的作用。
原因是當時駐兵在旅順口的黃龍，跟耿仲明是死對頭。
耿仲明有個親弟弟叫耿仲裕，在黃龍奉朝廷旨意前去東江鎮出任總兵官以後，他因不服從黃龍的約束和命令，多次受到黃龍的處罰。
在一次東江軍鬨餉事件中，耿仲裕率軍包圍了黃龍的衙署，出其不意地扣押了黃龍這個總兵官並對黃龍百般折磨羞辱。
然而黃龍能夠出任東江鎮的總兵官，那也不是白給的，他也有一批自己的死忠將領，比如尚可喜，就是其中的一個。
所以黃龍被鬨餉的耿仲裕所部扣押的消息傳出之後，尚可喜率軍前來解救，不僅擊敗了耿仲裕的兵馬，救出了黃龍，而且還抓住了帶頭挑事的耿仲裕。
死裡逃生的黃龍，自然不可能放過耿仲裕，於是不顧耿仲明的請托說情，很快就下令將耿仲裕斬首示眾。
就這樣，耿仲明與黃龍以及黃龍心腹部將尚可喜之間的仇恨，就深深結下了。
此後，耿仲明深感自己在黃龍治下的東江鎮沒有前途，就跟著孔有德渡海去了登萊，投靠了孫元化。
再後來，到了崇禎四年冬，祖大壽數萬遼東精銳被圍在大淩河城，崇禎皇帝抽調天下兵馬前去解圍，遠在登州的孔有德所部人馬也接到了命令，要開赴遼西作戰。
孔有德所部東江兵馬本就桀驁不馴，軍紀就差，恰逢此次朝廷征調他們開赴遼西，又沒有事先解決好糧餉補給問題，結果行軍至吳橋時，發生了兵變，史稱吳橋兵變。
吳橋兵變發生後，孔有德自然不敢往北行，於是率部回師登州，此時身為登萊巡撫孫元化中軍副將的耿仲明，竟然在登州城內當了叛軍的內應，使登州城一舉落入叛軍之手。
登州城落入孔耿二人之手以後，孔有德自封為都元帥，耿仲明也自封為總兵官，開始以登州為據點發動叛亂，史稱登萊之亂。
就在這場曆時兩年的登萊之亂中，登州城內許多原來的登萊鎮官員，比如孫元化及其從官沒有被殺，他們於崇禎五年二月被放出，但是黃龍的宗族家眷卻被殺光了。
由此可見，這個耿仲明有多記仇。
也正是因為黃龍的宗族家眷都在登州城內被殺，所以到了崇禎六年初，孔耿二人在登州無法立足，攜叛軍渡海出逃，準備投降蟎清的時候，黃龍率部下在旅順口一帶設伏，大敗叛軍。
隨後黃龍又率軍對孔耿等人兵馬圍追堵截，窮追不舍，擒殺了孔有德部將毛有順、毛承祿等人，並俘獲了大量船隻炮械，解救了大批被裹挾著渡海的登萊百姓。
也是孔、耿二人命大，最終逃過海去，逃到了蟎清地界，隨後率部剃發，降了蟎清。
隻是到這時，他們從登州出發時所號稱的數萬人馬，隻剩下了萬餘人。
經此一事，孔有德與耿仲明，對於駐兵在旅順口的東江總兵黃龍及其心腹部將尚可喜等人，更是恨得咬牙切齒。
也因此，他們剛剛投降蟎清，就開始向黃台吉獻策，力主水陸並進拿下旅順口，徹底掃清後方威脅。
結果就有了崇禎六年七月，後金天聰七年七月，黃台吉派貝勒嶽托、貝勒德格類統率大軍，以天佑兵為向導，攻占旅順南北城的事情。
這一戰中，總兵黃龍自殺殉國，而分屯海上的尚可喜，適逢出巡外島而逃過一劫，但是尚可喜留在旅順口的宗族家眷，卻遭了毒手。