電影的拍攝已經結束，現在已經進入後期處理中。
剪輯那邊，已經請到了《楚門的世界》剪輯師李－史密斯。
他是澳大利亞悉尼人，是個多麵手。最早是乾音效剪輯的，後來轉行入電影剪輯並且越混越開。《機械戰警2》、《空難遺夢》都出自他之手。
陳天都之所以找到他，是因為他在未來或會幫克裡斯托弗－諾蘭連剪五部片子，剪輯風格十分獨特，兼具個人魅力，也很符合陳天都的觀感。
儘管對李－史密斯有信心，但是剪輯過程中，陳天都依然全程陪同。萬一他在剪輯的時候多剪或者少剪了一些鏡頭，都可能令他的新電影想要表達的效果降低幾分。
所幸，兩人雖然是第一次配合，一些想法卻不謀而合，合作的非常愉快。
陳天都的膠片並不多，他的電影本就不需要太多剪輯動作。兩人對電影節奏進行了探討，都十分讚同快節奏的伶俐轉換，這是剪輯最主要的依據——風格。既然在最重要的事務上達成共識，那麼剩下的劇情剪輯工作就十分順利了，居然隻在一周內完成了剪輯。
搞定了剪輯，電影距離真正完成又近了一大步。
因為《黑客帝國》的特效工作並非是拍完之後才做，許多事情都是在跟隨劇組拍攝而隨時進行的。
整部一共有523個特效鏡頭，比原作足足多出111個特效鏡頭。由於《黑客帝國》包含大量特效鏡頭，加之革命性創新特效帶來龐大的工作量，除了自己的特效公司manix外，特效總監邁克爾－辛基又聯合了世界各地的五大特效公司。
矩陣自己負責“子彈時間”特效鏡頭。
“子彈時間”特效《黑客帝國》給人留下最深刻印象的就是“凝固時間”的場麵：女主角崔尼蒂在旅館跳起踢翻警察、救世主尼奧在樓頂躲避警探子彈的射擊、尼奧和警探在地鐵裡飛起雙槍對峙（把吳語森的招牌動作凝固在半空）。
這幾組鏡頭都是把一個瞬間的動作時間放大了呈現在觀眾麵前，然後帶動觀眾從各個角度欣賞這個瞬間，表達出一種非現實的時間觀點，更能融入影片的故事背景，同時在視覺上具有非常獨特的衝擊力，給觀眾造成了極其難忘的印象。
從視覺效果上來說，“子彈時間”是一種變相的慢鏡頭，它以正常的攝影機速度來展示子彈飛行、格鬥等高速動作，於是看上去這些動作像是慢下來，但觀眾不但不感覺拖遝，反而將速度的快感無限擴大。
當《黑客帝國》中尼奧在旋轉的運鏡中緩慢地傾身躲避子彈，人們第一次真切地看見子彈的運行，看見子彈凝滯時的360度旋轉的全景場麵，驚異於這種用“慢速”來體現“快速”的效果衝擊力。
這種以“慢”來體現快的方法，吳語森原先是最為興致勃勃的實踐者，他的那些慢鏡頭射擊場景，對後來者都產生了深遠的影響，這就是所謂的暴力美學。
而在《黑客帝國》中，則將這種方法用到凝固子彈速度這種極端程度。
陳天都更知道，在未來的時空內，《黑客帝國》上映後，“子彈時間”特效成了它的一塊招牌，言《黑客帝國》必提“子彈時間”。
這個特效後來也是被模仿得最多的銀幕特技之一，很多電影、電視和廣告都對它進行了模仿，其中比較有名的有《霹靂嬌娃》、《怪物史萊克》、《恐怖電影》等，“子彈時間”特效後來在《劍魚行動》(2001)中得到了發揚光大，其開篇的爆炸場景簡直酷翻了天。