陳天都也縮減了現實錫岸的戲份比例，將戰端分成兩部分：現實世界和矩陣世界交相輝映，增加更多矩陣世界的戲份。
最重要的，那個矩陣世界核心都市上的一場大戰。
故事情節上，則主要的工作就是闡明先知（oracle）、機械主宰（mat日x）、造物主（architect）以及s迷th（史密斯特工）和neo（尼歐）之間的關係，完成整個故事。
延續第二部的成功，在內容上不在深邃難懂，讓觀眾少死亡一些腦細胞，即使是哲學，也要更加容易接受才能更廣泛的傳播不是嗎。
oracle是mat日x之母，architect是mat日x之父，這個問題在第二部中就已經解釋過。
但是他明確了oracle和architect都是程序，矩陣是一個虛擬的世界，他在真實世界中表現為一個巨大的主機，那個在預告片中出場過，長的像海膽的大機器。
而先知和造物主是mat日x中兩個最重要的程序，他兩立場和分工不同。造物主是建立和維持mat日x中的平衡，也就是當權派。而先知則是派，他的存在也很重要，也就是因為他所帶來的改變才能使得mat日x不斷更新到更完善的地步。
總體來說，mat日x是想模擬真實的人類世界，讓虛擬世界中的人類生生不息，這樣他們在真實世界的本體也得到延續，相應的就給機械們提供源源不斷的能量。
但是有一個問題，很重要的角色問題。
那就是為什麼先知是一個程序服務於mat日x卻要幫助人類呢？在終結篇中就會道明，她是在幫自己，她是通過人類來不斷完善mat日x這個虛擬人類世界。
她的計劃就是，設立the-one（救世主）並賦予他絕對的能力，通過灌輸給人類反抗領導救世主的理念來讓人類不斷的進入mat日x，與此同時設立特工（s迷th之輩），讓他們在不斷的鬥爭中，激發人類的潛能（主要是信念和愛），把這些這些機器和程序並不明白的東西慢慢加入到mat日x中。
這個貫穿整個係列電影的計劃，也可以說主線，其實就是最常見的一個程序——循環。
隻是幸好它也不是一個死循環，當循環到第六代的時候，neo把最重要的東西帶給了mat日x，那就是“愛”這個東西。
愛——也是三部曲中一直都在糾纏不清的話題。
尼歐與崔尼蒂，莫妮卡與法國佬在幾代之前亦是如此。莫妮卡在第二部中索吻也有了解釋，她會在第三部中重點出場，一舉定乾坤的將攻破矩陣核心都市拿取到重要物品的眾人救出。
s迷th這個用來激發the-one的程序，但是萬事不能儘在掌控，那就真的成了遊戲。史密斯是先知製造的，但現在史密斯出了問題。
由於s迷th的變異，先知已經已經無法控製它，造物主也是一樣。
那麼結局就慢慢浮出水麵，neo為了錫岸的存在即人類的不被毀滅，願意幫助矩陣解決它們無法解決的問題，作為交換矩陣與錫岸永保和平。
接著問題解決了，這下子世界清淨了，mat日x達到了相對完善，也不再需要循環和升級了，這個成就的直接推論就是mae們再也不需要人類了，zion沒有了存在的意義。
……
整個故事結構是完整的，隻是相比原作的深邃晦暗，陳天都將其簡潔闡明了而已。
如此環環相扣的劇情，精彩創造、清理思路，最重要的還是那些價值觀：愛和真誠。加上演員帥氣的表演，酷炫的動作突破和強大的視覺效果，也難怪為無數影迷粉絲津津樂道。
陳天都扭頭回看了一遍後方，所有人都聚精會神、目不轉睛。這讓他稍稍放下心來，對身邊看的入神的凱特道：“我出去轉轉，要結束了再給我發短信。”
“不看了嗎？”凱特愕然轉頭，“不要太有壓力，該做的你都已經做了。”
“嗯。看了好多遍，你們好好看吧。”他起身在不影響其他人的情況下，悄悄離開。許多人都聚精會神，根本沒有注意他。
影評人們內心裡紛紛點頭，這些交待故事的分鏡構圖真是無可挑剔，科幻感十足，而且許多科幻理論也更加充足。
火車人的設定，空間紊亂區域的設定，都是新鮮。
隨後史密斯潛入了錫岸裡，著實讓人驚出一身冷汗。幸好尼歐被救出，可人類的局麵已經非常嚴重了，戰端再啟。
電影院中的盧卡斯也頻頻點頭：畫麵的組成、鏡頭的對焦、剪輯的銜接全部讓人翹起大拇指，激烈又不眼花繚亂，細節豐富而又自然，帶著靈氣帶著嚴謹，隻看了一個開頭，尼歐被救出的戲份，就讓人覺得不用為這部電影的攝影、畫麵擔心了，好好享受吧！r1152
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