值得一提的是，萊伊在暴露之前，是宮野明美的男朋友。
這是個難題。宮野明美是白野月見和琴酒手下的秘密武器，本該被隱藏起來，但萊伊的叛逃直接讓這個位於組織最底層的小透明進入朗姆的視野。白野月見迅速製定計劃，讓她以假死脫身，並且給她準備了個假身份。
宮野明美假意要帶已經獲得代號的宮野誌保離開組織，但烏丸蓮耶怎麼會允許這種事情發生，他下了命令，打算讓這個“眼高手低”的愚蠢女孩知道組織的手段。
負責辦事的當然是琴酒。
宮野明美完成了搶劫銀行的計劃，接著就被琴酒一槍斃命。當然這些都是安排好的，但誰也沒想到，現場竟然有個穿藍西裝的小學生衝了進來。
宮野明美吃驚於男孩的成熟，她一邊捂著胸口潺潺流出的鮮血（還好她提前準備了血包），一邊跌跌撞撞地向後退，回答男孩對組織的提問。碼頭到處都是集裝箱，再遠一點就是海岸，她故作虛弱地咳嗽幾聲，把情報說完之後，人也走到岸邊了。心知再說下去隻會暴露更多，於是宮野明美沒有猶豫地向後倒去。
很難說那時候男孩臉上流出的是怎樣悔恨交加的表情，他顧不得自己也有落水的風險直接撲過來，但宮野明美的身影已經消失在水裡。
看著這樣的男孩，宮野明美感到愧疚。
可她沒有多餘的時間去關心他了。
宮野明美在遠處的河道上了岸，跟接應她的伏特加一起離開現場。案件發生後，警視廳打撈了好一陣子都沒找到她的屍體，組織也派人來調查，最終都以她的死亡結案。
按照白野月見的計劃，宮野誌保應該開始鬨了。
掌控APTX-4869藥物研究進程的科學家拿到的劇本，是在姐姐“死亡”後拒絕繼續研究藥物。琴酒會做那個惡人，把她關去禁閉室一陣子，等她服了軟再放她回去。但雪莉也會因此跟組織結怨，出來後她不再積極研究藥物，藥物的研究速度也會大幅度減緩。
白野月見製定這個計劃的目的，一是為了讓宮野明美從組織裡脫身，二，也是為了製止APTX-4869的成功研發。
至少在她乾掉烏丸蓮耶之前，這個藥物絕不能被做出來。
一石二鳥的計劃，本來進行得好好的。可就在這時，朗姆忽然插手，他比琴酒更早一步來到研究院，帶走了鬨脾氣的雪莉。
雪莉被關起來了，但這次她是在朗姆的眼皮子底下，且與琴酒的準備不同，朗姆是打算把她徹底控製在自己身邊。
這可不行。
要是被朗姆盯著，她想在藥物研究上作假都會很困難。
既然如此，那還不如……
雪莉坐在漆黑的房間裡，想到計劃脫軌會帶來的後果，她咬咬牙，下定了決心。
她摸出口袋裡的一顆藥丸，吞服下去。
宮野誌保本來做好了死亡的打算。若是她這樣重要的科學家死在朗姆的地盤，Bss定會震怒無比，自己也能為那個人和姐姐的計劃幫上忙了。
然而，命運卻給所有人都開了個玩笑。
APTX-4869沒有殺死宮野誌保，它的藥效起效了，宮野誌保變成一個七歲的小女孩。
她從劇痛中恢複，呆呆地看著自己柔軟的小手。很快，曾經被使用了這個藥物的人的名單在眼前閃過，再聯想到曾經給小白鼠實驗時那幾隻變小的特殊個體，宮野誌保忽然感到毛骨悚然。
琴酒之前擅自拿了她的藥，給一個叫工藤新一的高中生服下，而那個人也是為數不多沒確認死亡的存在……
該不會！
茶發女孩趕忙找到禁閉室的垃圾口，爬了出去。她冒著雨找到工藤新一的宅子，被路過的阿笠博士撿了回去。
隨後，江戶川柯南的出現，證實了她的猜想。
工藤新一沒有死，他還變成一個小學生，想方設法尋找著組織的下落。他還是姐姐假死那個晚上遇到的男孩。
這到底是什麼詭異的運氣？
彼時已經在好心的博士的建議下改名為灰原哀的女孩，通過秘密專線聯係了白野月見。白野月見從她那裡得到情報，正巧，如今組織裡也是一片混亂。
雖然過程不同，但結局跟雪莉料想的一樣，她的失蹤在組織裡引起軒然大波。Bss對朗姆的印象大打折扣，很長一段時間，那個急性子的老人出現在組織裡的臉色都不是很好看。
正是適合渾水摸魚的局勢。
白野月見很快做出決定，讓雪莉繼續留在江戶川柯南身邊監視他，並且可以視情況，酌情給他送點情報。
畢竟，多一個隊友，總比多一個敵人要來得劃算。
江戶川柯南並不知道自己成了鬥獸場的一名角鬥士，他還卯足了勁，想把組織挖個底朝天。他住進了青梅竹馬的家裡，利用那個不成器的廢物叔叔打響了名偵探的名聲，與此同時，他也遇到了許多跟他誌同道合的夥伴。
有從組織逃出來的灰原，有曾經在那個組織裡臥底的赤井先生，有如今打份工作、就在樓下廣田姐姐開的波洛咖啡廳裡工作的安室哥哥。
還有，警視廳裡總會耐心聽他講話的……鬆田哥哥和白野姐姐。,