江戶川·日本警察的救世主·AKA·沉睡的小五郎背後的男人·柯南,他感覺自己遭受了嚴重的連環詐騙，雖然他的錢包沒有縮水，但他的感情受到了接連的傷害。
這一切還要從不久前說起。
他們少年偵探團、阿笠博士及毛利父女在鈴木園子的邀請下登上鈴木特快列車,同時暗中上車的還有他的母親以及借住在他家的衝矢昴,後者在幾天前告知了他,毛利事務所裡有灰原的視頻,以及有人使用電腦的事情,是組織的人的可能性很大。
視頻中的灰原哀戴著鈴木列車的戒指,因此兩人認為組織的人很有可能會在車上對雪莉動手,由此提前做好了準備，上車時帶了變裝道具與染血的防彈衣,以便視情況偽造假死。
這次事件有貝爾摩德參與，雖然有了些許波折，最初的安排被她看破，但柯南在列車上發現了衝著寶石來的怪盜基德和他的助手,事件最終還是完美落幕了。
唯一讓柯南難以接受的隻有——波本就是安室透。
儘管他沒有完全排除安室透的嫌疑,但實話實說，在安室透戴著白手套持槍出現，微笑說出‘波本……這是我的代號’這句話之前,柯南的名單上世良真純是波本的可能性都在安室透之上。
好與壞的極致反轉，讓他的大腦都宕機了一下。
仔細回憶安室透這些天的表現，咖啡店員、私家偵探,這兩個身份無一不是在認真經營，料理手藝優秀、待人溫和情商高，觀察能力、邏輯思維能力、推理能力更是無一不精,柯南一直很欽佩他對工作的認真態度,一般人光是把一份工作做到這種程度就已經精疲力儘了,何況是兩份。
結果現在告訴他，安室透其實還有一份組織裡的工作，並且也完成得相當優秀，畢竟都做到了有代號的程度……
柯南：……
他不理解！
現在的犯罪分子都這麼卷了嗎？
但是最主要的問題還不是這個。
柯南接受事實後第一時間想起的是一個名字——藤田陽希。
安室透說他住在親戚家，在外地上大學……事實真的是這樣嗎？
柯南找到茱蒂，利用FBI的情報網查了藤田陽希的名字，對方的確父母雙亡，但是他的鄰居裡卻根本沒有一個叫安室透的哥哥，藤田在父母死後不久乘坐一班飛機去了美國，之後杳無音信，幾個月後又突然回國，然後在北海道與工藤新一相遇，此時他的身邊已經多了一個安室透。
和他們分彆後第二天，藤田陽希受傷入院，兩處開放性槍傷，身體異常發熱卻檢查不出病因，不久後溫度自行恢複，轉院到東京，又遇到了工藤新一，然後就是爆炸……
再之後，一班前往歐洲的飛機名單上出現了他的名字，過了幾個月回國，期間的蹤跡依舊查不到。
不久後對方入學冰帝高中部，第一次考試交白卷倒數第一，第二次卻突然到了年級前五十，後來穩步上升，最終穩定在前十，可以說離東大也隻有一步之遙。
同年十二月初，對方忽然請假，後來變為長期假期，最終退學，世界上有關藤田陽希的信息就此消失。
柯南將這份報告翻來覆去看了幾遍，越看心越沉。上麵最近的一條退學的檔案，距今也有兩年多了。
北海道和東京時，藤田表現出來的對安室透的信任和親近不是假的，但能做到這點並不難，不管是欺騙或是故意使其患上斯德哥爾摩都能達到這種效果，他被利用了，或許還經曆過藥物試驗，如今這麼多年過去，對方存活的希望……恐怕微乎其微。
意識到這件事後，柯南持續低氣壓了兩天，最後還是被灰原哀一句‘蒙特斯’點醒，重新煥發鬥誌，誓要把組織擊潰——首先就從找到蒙特斯開始。
他覺得那個叫‘安彥葵’的女人就很可疑。
在登上列車之前，柯南曾經問過衝矢昴關於蒙特斯的情報，對方是這麼說的。
——“蒙特斯嗎？認識，他還是新人的時候就見過了，當時是在美國，上麵安排我們三個帶新人，不過波本自己全包攬了，他好像對蒙特斯很有興趣。”
——“之後再見就是在日本，加上蘇格蘭我們三個一起暗殺一個人，蘇格蘭的臥底身份就是那時候暴露的，其中想必有蒙特斯的手筆。波本和他的關係一直很好，不過後來決裂了，具體情況我不是很了解，那個時候我已經離開組織了。”
柯南：“他？蒙特斯是男性嗎？”
“男性，他似乎會易容，不過隻是猜測，很年輕，我見他的那時候還是未成年。”
關係很好、後來決裂、易容、年輕。
安彥葵的嫌疑進一步上升，但那副樣子想必也隻是易容，後來一查果然沒有這個人，於是線索就此斷掉了。
柯南頭發都掉了好幾根，但也沒辦法，波本任務完成，想必也不會回來了，何況如果對方再出現，他反而要懷疑安室透是不是有彆的目的，以至於提心吊膽——後來就真的提心吊膽了。
因為！那家夥！竟然！還在咖啡廳！打工！
甚至連毛利小五郎的學習費都照交不誤。
對方一直沒表露什麼異常，柯南也秉持著一貫的膽大，裝作如常的樣子和他接觸，並且時不時提起安彥葵，想從對方嘴裡套出點情報。不過令他失望的是，安彥葵從那天之後就再也沒出現過。
一直沒搞明白波本的意圖，柯南心中難免不安，他打電話給衝矢昴說了情況，擔心對方是衝著‘沉睡的毛利小五郎’來的，安室透在之前一個案件中甚至發現了他的麻醉手表。