朱由校不得不回京的原因很簡單，因為北京城的那位魏公公跟東林黨人乾上了，而且這次事情鬨得比較大，魏公公不但把東林黨的一些人給抓了，而且還給殺掉了，其中就包括楊漣、左光鬥、魏大中、周朝瑞、袁化中、顧大章等在內的一眾東林黨的骨乾。
當然了，魏公公是指使東廠的人抓的，至於錦衣衛他暫時還插不上手，所以雖然他已經下令不要將這個消息告訴朱由校，但很顯然他還沒做到一手遮天的地步。
朱由校雖然文化水平較低，平日裡也不大管事，但他也知道這事的嚴重性。在他剛當皇帝的時候，大明的朝堂正是黨政激烈的時候，那時候的朝堂上黨派可謂五花八門。
眾所周知，華夏人喜歡抱團取暖，也比較喜歡用地域來劃分界限團體，比如一個官員到了京城，人生地不熟的他首先要做的第一件事就是找老鄉拜碼頭。山西的找山西的，浙江的找浙江的，找到之後大家一看，誒呀大家都是老鄉啊，以後可要相互關照啊，於是乎黨派就這麼來了。
大明晚期的黨派大致分為齊、楚、浙以及東林黨，在這些黨派裡齊、楚、浙三黨由於都是純粹的地域性質的黨派，所以勢力比較弱，而東林黨就比較牛逼了，這個自詡代表老百姓利益的黨派成天高喊著為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬世開太平，他們用這些口號很是忽悠了一批讀書人。
當然了，口號畢竟是口號。東林黨人除了為江南地區的地主階層充當代言人和保護傘之外他們最擅長的就是跟除了自己黨派以外的人鬥。他們鬥天鬥地鬥，當然也缺不了齊、楚、浙這三黨。雙方的矛盾越來越激烈，什麼爭國本、妖書案、梃擊案，隻要有機會雙方就會下死手打擊對方，從萬曆十幾年開始雙方就開始鬨，可謂是曆史悠久。
由於東林黨人有江南一帶地主階級的支持，所以戰鬥力很強，逼得齊、楚、浙三黨不得不聯合起來跟他們鬥，原本雙方鬥了數十年，誰也奈何不了誰，但後來由於出現了一個人物導致了齊、楚、浙三黨的全軍覆沒，而這個人就是我們的九千歲魏公公。
在鬥倒了三黨後，魏忠賢終於當上了他夢寐以求的司禮監掌印太監一職，說是權傾朝野也不為過。不過也正是這個時候他發現自己又多了一個敵人，這個敵人就是昔日的盟友東林黨，因為在鬥倒了其他的黨派後東林黨已經變得非常強大了，整個朝堂可以說大部分都是他們的人，這就嚴重影響了咱們九千歲的威望。而東林黨人也發現在鬥倒了齊、楚、浙三黨後，整個朝廷唯一能當他們對手的人就是這位昔日的盟友魏公公了，於是乎雙方自然而然的就懟了起來。
雙方翻臉的後果就是火星撞地球，作為混混出身的魏公公深諳先下手為強的真諦。他一發狠，就指使了手下的一個叫許顯純的人出馬，把楊漣、左光鬥、魏大中、周朝瑞、袁化中、顧大章等一行人給抓了起來。
要說許顯純這個人也不是什麼好貨，武進士出身，擢錦衣衛都指揮僉事，為人性格殘暴，他最喜歡做的事就是殺死犯人後將其喉骨挑出，作為憑證或者是紀念。所以在抓到了楊漣等六人後，這家夥一不做二不休的把這些人全給乾掉了。