雖然研究所的老板想要綁架仁王，引出組織，弄到ATP4869的藥物，但他們本身的開發方向和ATP4869的研究方向完全背道而馳，是往“後遺症更少”，“效果更和緩”的真正的“生命藥劑”的研究方向而去的。
但BOSS要的不是這個。BOSS幾十年前接受過戰時開啟的特殊試驗，延壽到現在卻有著不輕的後遺症。他要的是完全的“回溯”，或者“重置”。和緩的，類似保健品的藥物對他來說一點兒用也沒有。
情報組提交的情報體現了這一點，BOSS對藥物的興趣驟降。
他要求清理，是因為很明顯，這些人摸到了組織的痕跡。
送回去的卡米斯集團的董事已經進了組織的審訊室和實驗室，總部的結論是這個人雖然見過行動組拿ATP4869殺人，也通過死亡的“試驗品”發現了一些不對，但實際上並不完全知道組織的存在，隻是知道行動組殺人的那些人背後，是當年乾掉了Larmark組織的，控製著那些幫派的組織。
他對組織一知半解，才有膽子試圖通過擾亂英國和綁架來引出組織。
而他所知道的藥物的開發方向，也完全和BOSS需要的完全不同。
確認過這一點後，BOSS下達的命令就隻是將這個研究所中的資料全部刪除毀掉了。BOSS還沒有將組織擺上台麵的打算，但利益網絡擺在這裡，組織也不可能完全隱形。他認為仁王這次任務做得不錯，送回了重要證人，也有了藥物的樣品。
殊不知那個樣品是仁王檢查過確認完全沒用的藥，證人也是他親身體驗的，一知半解的證人。
從實驗室裡拷貝出來的真正有用的資料，已經被他複製了幾份記憶卡。一份會由他親自帶回給真田。給柯南的那份，會更遲一些送出去。
清除任務由行動組負責前期的情報搜集和調查，最後做任務時，會有琴酒調人過來。
但仁王沒想到，琴酒親自來了。
這時候他小小地慶幸了一下，柯南已經回去了，他之前委托情報屋送給赤井秀一的情報也都送出去了。
“你來做這個任務？”仁王有些驚奇。
琴酒表情看上去有些微妙，像是煩躁中帶著無語：“BOSS認為這是Larmark組織清除任務的後續任務。”
仁王明白了。
他想了想：“我沒有收到任務。”
“整個前期情報搜集都是你的任務。”琴酒用帶著嘲諷的語氣說，“這可是你的地盤。”
琴酒來歐洲時赤井秀一還沒回去。他提前猜到了組織會有清除任務，便想留下來，想辦法摸到一些組織的線索。當然，他沒打算動手。這裡隻有他一個人，沒有支援，他還得保持衝矢昴的身份，動手就太顯眼了，他還不想因為愚蠢而死掉。
果然很快，歐洲的地下世界發生了動蕩。
研究所的清理帶來了一些動蕩。赤井秀一也從這個研究所的研究方向中察覺到，組織的重要研究方向。
在此之前，哪怕他是通過明美的關係進入組織的，他實際上也沒見過宮野誌保幾麵，更不知道宮野誌保在做什麼研究——明美根本不知道自己的妹妹對組織來說有多重要。
但組織對研究所的行動，結合他從前對組織的了解，讓他明白了組織的任務重點：不是人，而是研究所本身。
這個研究所研究的是生命藥劑。
宮野誌保和工藤新一都是因為ATP4869而返老還童的。
Boy的意思，是宮野誌保告訴他，她接手的是曾經父母的項目，停擺了十年，是半成品藥物，在組織重要又沒那麼重要。
但那個女孩顯然低估了自己研究項目的重要性。
琴酒的行動向來很迅捷。他完成任務沒花多少時間門。赤井秀一在行動進行了一半的時候就回去日本了。FBI和日本公安開始進行官方層麵上的接觸，詹姆斯讓他儘快回日本。
他不知道，他回去找自己原來房子的行為，引起了隱藏起來的瑪麗和真純的注意。
回家時赤井秀一做了偽裝，但並沒有披貓皮。於是母女倆認出了赤井秀一。
真純還不知道這意味著什麼，做了幾十年特工的瑪麗就已經意識到，自己的大兒子認為歐洲這邊有重要的線索。
“我們去日本。”變成了國中生的年紀，所以一直沒有和MI6官方聯係，而是帶著女兒藏起來的瑪麗，決定賭一把。
她的大兒子，目標是那個組織。
她也一樣。