柯南最近追查組織的進度推進了不少。
他在波洛咖啡廳偷聽了仁王和赤井秀一的談話, 知道了FBI開辟了新的情報線的消息，又從赤井秀一的郵件裡看到了基爾傳回來的信息：朗姆要親自出動了。
他通過灰原獲得了朗姆的線索：朗姆是獨眼。並不是說朗姆真的隻有一隻眼睛，而是朗姆的一隻眼睛是義眼。但沒人見過朗姆的真麵目, 所以這隻義眼是怎樣的表現方式，也沒人知道。
“反正不可能像加勒比海盜船長那樣直接戴眼罩。”灰原哀語帶挖苦道。
“灰原。”柯南有些無奈。
“你甚至都知道波本已經潛伏在你身邊了！”灰原非常不理解柯南，“現在還有朗姆……你到底在做什麼？！”
講到波本，柯南已經發現了疑點。
“冷靜一點, 灰原！”他說，“波本……我懷疑波本……”
懷疑波本是臥底。
會這樣懷疑，當然和波本本身的態度有關。在最初接觸時總是做出恐怖的樣子，但柯南很快發現了其中的違和感。如果波本真的是壞人，那麼他何必長時間潛伏在毛利叔叔身邊呢？隻要跟著毛利叔叔一起做過兩次委托，就完全能夠明白毛利叔叔隻是個……咳, 思路有些奇怪的蹩腳偵探。
柯南確信波本，也就是安室透, 已經發現了代表毛利偵探事務所破案的到底是誰。
他一度為此而恐慌, 卻一直沒等來後續。
隻是警告和驚嚇, 卻始終沒有做什麼嗎？
還有，赤井先生對波本的態度有些微妙……那個綠川警官對波本的態度也很奇怪。
但確信波本是臥底, 還要回想起那天晚上，他和真純越過真田警官的封鎖偷偷跑進那棟大樓。
作為綠川警官上司, 和組織成員戰鬥的那個警官，雖然長相和身形與安室透並不相同，但給人的感覺，和見到了日內瓦後突然避開的舉動……如果沒有見過衝矢昴，那麼柯南不會懷疑安室透。可柯南已經知道了衝矢昴就是赤井秀一，那麼波本是不是很有可能就是那個公安帶隊的警察？
有了這樣的猜想, 就需要去小心求證了。
柯南從赤井秀一這裡試了幾次，沒有得到什麼有效的線索。赤井先生確實很樂意給他分享情報，但在一些“細節”上非常守口如瓶。
不過在追查組織的事情上，柯南總是會撞到送上來的線索。
波本最近被朗姆挑骨頭，經常在波洛咖啡廳請假，柯南又抓準了線索，基本能夠確定波本就是公安臥底了。
但赤井先生知道這件事嗎？如果知道，為什麼沒有說呢？
小少年想起了公安和FBI其實已經合作組建聯合小組的事。
說起來，真田警官也在聯合小組裡，但他是不是不僅不知道赤井秀一曾經做過組織的臥底，也不知道波本是公安臥底呢？柯南想，要不要找機會邀請真田警官來波洛咖啡廳喝咖啡？
但是真田警官不喝咖啡啊！
甚至上班還自己帶便當，便當裡都是和式料理。
這時候的柯南還沒有摸到朗姆的蹤跡。他雖然知道了朗姆有義眼，也在觀察周圍遇到的人，卻還沒有什麼懷疑對象。
就在這時，因一次案件，柯南被邀請去長野縣破案。
長野縣有柯南的老朋友：被稱為孔明的諸伏警官。這一次見麵，和綠川警官有了更多接觸的柯南，總覺得諸伏警官和綠川警官長相上有相似的地方。但他已經知道了綠川警官曾經是組織臥底，並且代號蘇格蘭，也從赤井秀一那裡知道了一些蘇格蘭曾經在組織裡的信息。
諸伏警官似乎不知道自己的弟弟是去做臥底了。
從聊天裡聽說諸伏警官的弟弟在警校畢業後不知所終，之後甚至寄回來了“遺物”的柯南，突然有了沉重的心情。
或許是他遇到的第一個臥底是赤井秀一這樣放飛自我後骨子裡有些張揚的人。他見到的赤井秀一，是自行叛逃出組織後還回過頭來狩獵組織成員的人。可是其他臥底呢？基爾的父親，直接死在組織裡的，甚至連代號都沒有，隻能用自己的生命為女兒鋪路的那個中年男人，還有改名換姓不想讓自己牽連到自己哥哥的綠川警官……
我應該去戳穿波本嗎？
這就是赤井先生瞞著我，不告訴我波本是臥底的原因嗎？
柯南陷入了沉思。
而長野縣的收獲還不止如此。
柯南在長野縣遇到了一個名為黑田兵衛的警官。據說黑田警官曾經因為一個案子而受了重傷，調離一線休養許久。
應該是組織的事。柯南有這樣的預感。但是義眼……這個黑田警官，似乎也有可能是朗姆。
不過柯南沒想到，剛告彆長野縣的黑田警官沒多久，黑田警官就直接成了警視廳的管理官了。