二月庚申，敕邊臣謹斥堠。甲戌，孟阿圖征瓦爾喀，奏捷。
三月乙亥朔，鑲藍旗固山額真、額駙顧三台罷，以□□弟之子篇古代之。書諭大貝勒代善、三貝勒莽古爾泰及貝勒諸大臣，求直言過失。丁亥，閱漢兵。甲午，誅劉興祚、興治家屬，赦其母。丁酉，朝鮮複遣使來貢。辛醜，遣滿達爾漢、董訥密遺朝鮮王書，索戰船助攻明。不許。
六月癸亥，定功臣襲職例。黑龍江伊劄訥、薩克提、伽期訥、俄力喀、康柱等五頭目來朝。
秋七月甲戌，黑龍江虎爾哈部四頭目來朝貢。庚辰，始設六部，以墨勒根戴青貝勒多爾袞，貝勒德格類、薩哈廉、嶽讬、濟爾哈朗、阿巴泰等管六部事。每部滿、漢、蒙古分設承政官，其下設參政各八員，啟心郎各一員，改巴克什為筆帖式，其尚稱巴克什者仍其舊。更定訐告諸貝勒者準其離主例，其以細事訐訴者禁之。諭貝勒審事冤抑不公者坐罪。除職官有罪概行削職律，嗣後有罪者，分彆輕重降罰有差。並禁官民同族嫁娶，犯者男婦以奸論。又諭貝勒諸大臣省過改行，求極諫。甲申，鬨雷虎爾哈部四頭目來朝貢。癸巳，定小事賞罰例，令牛錄額真審理，大者送部。明總兵祖大壽等築大淩河。檄諸蒙古各率所部來會征之。己亥，大軍西發，命貝勒杜度、薩哈廉、豪格留守。庚子，渡遼河，申誡諸將恤士卒。
八月壬寅朔，次舊遼河而營，蒙古諸部率兵來會。癸卯，集蒙古諸貝勒，申前令，無擅殺掠。於是分兵兩路，貝勒德格類、嶽讬、阿濟格以兵二萬由義州入屯錦州、大淩河之間，上自白土場入廣寧。丁未，會於大淩河，乘夜攻城。令曰：“攻城恐傷士卒，當掘壕築壘困之。彼若出，與之戰，外援至，迎擊之。”乃分八旗兵合圍，令蒙古兵承其隙。辛亥，明馬步兵五百人出城，達爾哈擊敗之。壬子，射書城中，招蒙古人出降。癸醜，明兵出城誘戰。圖賴先入，達爾哈繼之，四麵環攻，貝勒多爾袞亦率兵入。城內砲矢俱發，圖賴被創，副將孟坦、屯布祿、備禦多貝、侍衛戈裡戰歿。上以圖賴等輕進，切責之。以紅衣砲攻明台，兵降者相繼。乙卯，遺祖大壽書曰：“往者我欲和，爾國君臣以宋為鑒，不我應。爾國非宋，我亦非金，何不達若此。朕今厭兵革，更以書往，惟將軍裁之。”大壽不答。丁巳，明鬆山兵二千來援，阿山、勞薩、土魯什擊敗之。甲子，貝勒阿濟格、碩托遮擊明援兵。丁卯，明錦州兵六千來攻阿濟格營。會大霧，覿麵不相識。忽有青氣衝敵營，辟若門，我軍乘霧進，大戰，敗之，擒遊擊一，儘獲其甲仗馬匹。辛未，上詣貝勒阿濟格營，酌金卮勞諸將。明兵突出，師夾擊，又大敗之。
九月丁亥，上以兵趨錦州，見塵起，上命諸軍勿行，自率擺牙喇兵二百，與貝勒多鐸緣山潛進。明錦州兵七千突出進上前。上甫擐甲，從者不及二百人，渡河衝敵軍。敵不能當，潰走。諸軍繼至，又大敗之，斬一副將而還。己醜，複以書招祖大壽。庚寅，上設伏山內，誘大壽出，將擒之，大壽驚遁，自是閉城不出。時城中穀止百石，馬死儘，煮馬肉為食，以鞍代爨。乙未，明太仆寺卿監軍道張春，總兵吳襄、鍾緯等，以馬步兵四萬來援，壁小淩河。戊戌，明援兵趨大淩河，距城十五裡。上率兩翼騎兵衝擊之，不動。右翼兵猝入張春營，敵遂敗，吳襄及副將桑阿爾寨先奔。張春等複集潰兵立營，會大風，敵乘風縱火，將及我軍，天忽雨，反風，複戰，遂大破之，生擒張春及副將三十三人。春不屈，乞死，上赦不殺。是役也，祖大壽仍以我為誘敵，故城中無應者。是夕黑雲龍遁去。
冬十月丁未，以書招祖大壽、何可剛、張存仁。己酉，再遺大壽書。壬子，以紅衣砲攻於子章台。台最固，三日台毀，守台將王景降，於是遠近百餘台俱下。甲寅，遣降將薑新招祖大壽。大壽亦遣遊擊韓棟來會。癸亥，議三貝勒莽古爾泰上前持刃罪，降貝勒，奪所屬五牛錄。乙醜，祖大壽約我副將石廷柱議降。丙寅，大壽遣其子可法為質。戊辰，大淩河舉城降，獨副將何可剛不從。大壽掖可剛至軍前殺之，夜至禦營，上優遇之，大壽遂獻取錦州策。己巳，遣兵隨大壽夜襲錦州，會大霧，失伍，還。
十一月庚午朔，縱大壽還錦州。戊寅，毀大淩河城。己卯，班師。乙酉，上還沈陽。丙戌，察哈爾侵阿魯西拉木輪地，貝勒薩哈廉、豪格移師征之，會察哈爾已去，乃還。
閏十一月庚子朔，諭曰：“我兵之棄永平四城，皆貝勒等不學無術所致。頃大淩河之役，城中人相食，明人猶死守，及援儘城降，而錦州、鬆、杏猶不下，豈非其人讀書明理儘忠其主乎？自今凡子弟年十五歲以下、八歲以上，皆令讀書。”遣庫爾纏等責朝鮮違約罪。庚戌，禁國中不得私立廟寺，喇嘛僧違律者還俗，巫覡星士並禁止之。