是年，喀爾喀部額爾德尼諾穆齊台吉、門章墨爾根楚虎爾台吉、伊世希布額爾德尼台吉、額爾克戴青台吉來朝。朝鮮，喀爾喀部畢席勒爾圖汗、俄木布額爾德尼、澤卜尊丹巴胡土克圖、丹津喇嘛、車臣汗、土謝圖汗、土謝圖汗下喇嘛塔爾達爾漢諾顏，厄魯特部杜喇爾渾津台吉、都喇爾渾津阿裡錄克三拖因、阿巴賴諾顏、鄂齊爾圖台吉、噶爾丹霸，索倫部馬魯凱，訥墨禮河頭目伊庫達，黑龍江頭目庫拜，胡土克圖，俄羅斯察幹汗遣使均來貢。
十三年春正月庚辰朔，幸南苑。癸未，諭修通鑒全書、孝經衍義。丙申，免漢中、鳳翔、西安上年災賦。己亥，鄭成功將犯台州，副將馬信以城叛，降於賊。庚子，免廣德上年災賦十之一。甲辰，免富陽等六縣上年災賦。乙巳，免江西八年逋賦。
二月戊午，免荊州、安陸、常德、武昌、黃州上年災賦。庚申，免廣平上年災賦。丙寅，免岢嵐、五台上年災賦。戊辰，命兩廣總督移駐梧州。官軍敗李定國於南寧。庚午，定部院滿官三年考滿、六年京察例。以李率泰為浙閩總督，王國光為兩廣總督。甲戌，以趙布泰為鑲黃旗固山額真。丙子，幸南苑，較射。免東平、濮、長山上年災賦。己卯，大學士馮銓致仕。
三月庚辰，幸瀛台。癸未，免景陵等九縣上年災賦。癸巳，以費雅思哈為議政大臣，馬之先為川陝三邊總督。乙未，陳之遴有罪，以原官發盛京閒住。癸卯，諭曰：“朝廷立賢無方，比來罷譴雖多南人，皆以事論斥，非有所左右也。諸臣毋歧方隅，毋立門戶，毋挾忿肆誣，毋摭嫌苛訐，庶還蕩平之治。”丙午，諭曰：“朕親政以來，夙夜兢業，每期光昭祖德，蚤底治平，克當天心，以康民物。方睿王攝政，斥忠任奸，百姓怨嗟，望朕親政。乃者冬雷春雪，隕石雨土，所在見告。六載之中，康乂未奏，災祲時聞。是朕有負於百姓也。用是恐懼靡寧，冀昭告於上帝祖宗，實圖省戒，有司其涓日以聞。”
夏四月辛亥，廣西故明永安王硃華堧及土司等來降。乙卯，以災變祭告郊廟。辛酉，官軍破賊姚黃於夷陵。壬戌，太原陽曲地震。丁卯，以覺羅科爾坤為吏部尚書。庚午，免麟遊荒賦。壬申，以梁清標為兵部尚書。丁醜，尚可喜複揭陽、普寧、澄海三縣。
五月辛卯，免大寧荒賦。癸巳，幸南苑。己亥，以羅讬為鑲藍旗滿洲固山額真。覺羅郎球免。命明安達禮為理籓院尚書。以張懸錫為宣大總督。免荊門、京山等十一州縣，襄陽衛上年災賦。
閏五月戊申，幸瀛台。丙辰，廣西都康等府土官來降。己未，乾清宮、坤寧宮、交泰殿及景仁、永壽、承乾、翊坤、鍾粹、儲秀宮成。以郎廷佐為江南江西總督，劉漢祚為福建巡撫。丙寅，以張朝璘為江西巡撫。
六月己醜，諭曰：“滿洲家人皆征戰所得，故立嚴法以儆逋逃。比年株連無已，朕心惻焉。念此仆隸，亦皆人子。苟以恩結，寧不知感。若任情因辱，雖嚴何益。嗣後宜體朕意。”壬辰，莒州地震有聲。庚子，免桃源上年荒賦。辛醜，容美土司田吉麟降。癸卯，命固山額真郎賽駐防福建。撤直省督催稅糧滿官。寧化賊帥黃素禾來降。
秋七月丁未朔，享太廟。戊申，官軍敗明桂王將龍韜於廣西，斬之。己酉，和碩襄親王博穆博果爾薨。庚戌，鄭成功將黃梧等以海澄來降。壬子，上初禦乾清宮。癸醜，大赦。戊午，以佟延年為甘肅巡撫。
八月戊寅，免廣信、饒州、吉安上年災賦。己醜，免莆田、仙遊、興平衛十一、十二兩年災賦。辛卯，賑畿輔。壬辰，封黃梧為海澄公。停滿官榷關。癸巳，鄭成功軍陷閩安鎮，進圍福州，官軍擊卻之。丁酉，免順天比年災賦。己亥，免靖遠、洮岷等衛災賦。辛醜，命三年大閱，著為令。乙巳，免大同上年災賦。
九月丙午，官軍敗鄭成功將於夏關，又敗之於衡水洋，遂複舟山。癸亥，鄭成功將官顧忠來降。壬申，追封和碩肅親王豪格為和碩武肅親王。
冬十月丁醜，以蔣國柱為安徽巡撫，提督操江。戊寅，設登聞鼓。己卯，免宣府災賦，延綏鎮神木縣十之三。庚辰，四川賊帥鄧希明、張元凱率眾降。甲午，以胡全才為湖廣總督。乙未，幸南苑。丙申，以張尚撫治鄖陽。辛醜，官軍複辰州。壬寅，免和順縣災賦十之三。永順土司彭弘澍率所屬三州六司三百八十峒來降。癸卯，命陳之遴還京。
十一月丙午，還宮。丁未，興京陵工成。庚戌，祀天於圜丘。辛亥，幸南苑。申嚴左道之禁。戊午，免清水縣、鳳翔所災賦。丙寅，以張長庚為湖廣巡撫。免海州荒賦。辛未，免洛川災賦。