在和近藤、新八還有原田合力解決完這一大波的羅刹之後,大家一碰麵才發現每個人都渾身浴血、衣著破爛、滿麵灰土、身上掛彩，而且血條藍條都處於馬上就要告急的狀態,士氣也頗為低落。
齋藤、原田和新八都力主這場戰鬥不能再繼續下去了——再打下去就是全滅的節奏。然而近藤仍然本著他那種頑固的士道精神,認為既然要為幕府效命、幕府又給錢給槍大力支持，對他們新選組寄望很深，那麼他們就應該在這裡舍身報國，而不是像三位組長提議的那樣暫時後撤，徐圖來日。
新八的火氣很大。這一次就連原田都喝止不了他了。
“近藤先生，你說的會津六百援兵呢？！我這一隊已經近乎全滅，再打下去的話就連切腹都來不及進行——你看看那些薩長的家夥們到底是在使用什麼攻擊我們！！洋槍！火炮！經過訓練的精準射擊！”
新八發揮了難得一見的口才，像是胸中憋悶了一口氣壓抑許久,現在終於按捺不住地劇烈爆發了。
“我們這邊呢？！結城那個混蛋去哪裡了？！本來火炮就少,而且現在炮手壓根就不會操炮！隻會呆呆地站在那裡等著對方一炮過來把他們連人帶炮都炸上天！還有那些口口聲聲說著要做報國誌士的獵手,大炮一響就跑了個精光！居然還有忙著逃跑而摔進炮彈坑裡把腿摔斷的！你看看這種場麵！這不是光憑士道和太刀就能夠打勝的年代了！！”
近藤有點反應不過來似的眨著眼。片刻之後,他好像終於消化了新八這難得一見的長篇大論,然而卻感覺有些難以置信似的，盯著新八看了一陣子,又痛心地把目光投向周圍其他的幾個新選組最可靠的乾部。
他看向原田,原田皺起了眉頭，不自在似的用手搔了搔鼻翼,那個樣子像是在說“嘛,我覺得新八說得也有道理啊,試試看怎麼樣？”。
他失望地轉開視線,又看向齋藤。對,齋藤一貫是阿歲最忠實的追隨者，而且身上又隱約有種古代武士的風骨，他會理解自己的想法的。
然而齋藤隻是沉默地站在那裡，微微垂下視線，右手按著腰間已經重新入鞘、似乎因為戰鬥了太久時間所以刀刃上已經大小傷無數的太刀刀柄，姿態隱約有種不讚同的意味。
他最後感到一陣失望，覺得這些跟隨了自己那麼多年的兄弟們為什麼都突然不能理解自己的想法和精神了呢，於是他充滿希望地望向站在齋藤旁邊的清原雪葉——他現在覺得，和齋藤比起來，這姑娘才是阿歲最忠誠的追隨者；他深信假如阿歲在這裡的話一定能夠理解他，那麼即使阿歲不在，這姑娘也會遵循著阿歲的想法來行事的，是不是？！
然而那個外形看上去和其他幾位大男人一樣狼狽不堪的姑娘，站在那裡坦然地回視著他的臉，毫不猶豫地說道：“近藤先生，請撤退吧。因為土方先生臨走前交給了我這樣的任務，當最危險的時刻來臨時，我和一君要保護著您安全退往後方的。”
近藤感到一陣晴天霹靂，不敢置信。
……她在說什麼？！
她是在說，就連阿歲也對這場戰爭失去了信心、不看好他了嗎？！
這個事實似乎擊倒了雖然明明處於巨大劣勢、仍然秉承著自己一向對己方的實力信心滿滿的特點，打算在此力戰到底的近藤。
後來，帶著激戰後幸免於難的極少數部下，近藤和其他乾部們一道回到了江戶。甲府之戰以失敗告終。
然而，更糟糕的事情還在後麵。
在甲府之戰時——不，應該說，從更早些的鳥羽伏見之戰前後，新八和近藤的某些想法和理念上的不同，以及在甲府之戰時遲遲不下命令撤退導致更多的隊士無謂傷亡的現實，讓直脾氣的新八累積起來的怒火和怨氣達到了最高點。
隨即爆發了。
在留下一句“從現在開始，我要用我自己的方式戰鬥”之後，新八毅然決然地退出了新選組。
他的好基友原田跟他一起共進退，同時一道離開了。
這個爆炸性消息沉重地打擊了近藤、土方，以及身為羅刹所以決定留在隊中的平助。
柳泉也很吃驚，然而很快又打起精神來投入更繁重的隊務之中。
在這種時刻，可沒有那麼多空閒時間感傷或是消沉啊。
尤其是甲府敗戰之後的現在，江戶的情勢幾乎已經很明朗了——那位安房守大人幾乎是以一種“什麼什麼你們居然能夠活著從那裡回來啊”的態度來麵對近藤和土方的，對於他們兩人的謁見請求也拒不允許。
留在江戶的一些幕府的大人物基本上都屬於主和派，主戰派的大人物們，比如會津公鬆平容保和他的弟弟、桑名藩主鬆平定敬，以及一些從前很賞識新選組的官員們，差不多都已經被清理出了江戶。
在這種情況下，近藤和土方名為幕臣、還分彆有著那個大名和旗本老爺的頭銜，然而卻在江戶得不到任何支持。甲府敗戰之後，臨時招募來的隊士們也紛紛自動脫隊逃亡，就連土方製定的“擅自脫隊者必須切腹”的局中法度都視若無物。
現在新八和原田又都離開了。新選組乾部處於一種奇缺的狀態，繁重的工作幾乎要把土方壓垮了。雖然有齋藤和柳泉儘力替他分擔，但有些公務和交涉是必須身為副長的他去辦的。他忙得甚至連飯都吃不上，經常徹夜不眠地辦公，和柳泉的交談也縮減到了“清原，那件事辦得怎麼樣了”、“清原，這件事就交給你了，拜托了”等等極為簡潔的公事應答上。
糟糕的消息一個接著一個。
很快，新選組被迫轉移到了位於江戶川沿岸下總台地的一個小鎮，流山。