衛所大多都控製在五軍都督府手中，五軍都督府基本又控製在勳貴手中。
除五軍都督府左都督張世澤外，京師很多勳貴利益因為廢除衛所受到極大打擊。
在五軍都督府外，還有二十六衛所隸屬於皇帝親軍。
親軍衛一共二十六個，其中明太祖設了十二個。
分彆是錦衣衛、旗手衛、金吾前後衛、羽林左右衛、府軍衛、府軍左右前後衛、虎賁左衛。
明成祖朱棣增設了十個，分彆是金吾左右衛、燕山左右前衛、羽林前衛、大興左衛、濟陽衛、濟州衛、通州衛。
明宣宗增設了四個，分彆騰驤左右衛、武驤左右衛。
這二十六個衛不歸五軍都督府管理，而是直接隸屬於皇帝管理。
但大部分指揮使和千戶都是京師勳貴擔任。
後來騰驤左右、武驤左右四個衛成了禦馬監掌管的部隊。
按道理說，衛所要麼歸皇帝管，要麼歸五軍都督府管。
但是，有那麼幾個衛，既不是上直親軍衛，又不歸五軍都督府管轄。
相當於皇帝直接管理的普通衛所，有三種。
六個匠衛
武功左中右三衛、永清左右二衛、彭城衛。這六個衛都是軍匠手藝人。
十五個皇陵衛
長陵衛、獻陵衛、景陵衛、裕陵衛、茂陵衛、泰陵衛、康陵衛、永陵衛、昭陵衛、定陵衛、慶陵衛、德陵衛。
朱慈烺準備將三個工匠衛並入兵仗局，另外三個衛搬回京師依然歸工。
但取消衛所製，建立大明工部製造局，土地全部收回重新分配。
十五個黃陵衛全部取消，以後護國軍派軍隊守衛皇陵，人員可以大規模縮減，根本不需要一個皇陵駐紮一個衛所。
保留錦衣衛、旗手衛、金吾前後衛、羽林左右衛。
除錦衣衛外，其他三位都是皇帝老子的門麵必須給足麵子，不然說不過去。
朱慈烺和盧象升張世澤等人商量後決定，京畿地區衛除四位衛保留外，其他全部廢除，以後朝廷會派兵駐守。
將來收複沈陽後，還有很多衛所都失去作用，完全沒有必要存在。
不過暫時還不能動他們，不然朱慈烺還要分兵駐守，目前兵源遠遠不夠。
將來崇禎皇帝退位後，朱慈烺隻會保留錦衣衛。
皇宮和紫金城守衛全部由威武營派兵鎮守，皇帝老子的親衛已經不堪大用。
朱慈烺在忙著廢除衛所，戶部官員也在馬不停蹄奔赴近畿地區，準備清查土地。
經過商量，朱慈烺準備先從通州開始清查，本次清查土地依據是戶部皇冊，從洪武初年到成祖初年開始。
朱慈烺要看看老朱在任期間到朱棣上位後，京畿地區土地兼並增長情況。