正當解救任務緊張進行著的時候，黑寡婦居然拿出u盤偷摸著下載資料，被美隊現場抓包，氣氛有點尷尬。
回到局裡以後，美隊直接去局長麵前告狀，於是觀眾知道了一件很重要的事，局長當初說眼睛弄瞎的seone，到底是誰。
美隊和局長經過一番心靈上的交彙，局長決定帶美隊去局裡地下軍工廠，去看看那三艘正在打造的戰艦。
這三艘戰艦的打造有托尼的功勞，比《複聯》那艘配置要高，搭載了最新的“洞察”係統。
“洞察”係統，簡單來說就是預知犯罪的全球衛星版，ai計算出每個人製造恐怖事件的指數，然後通過這三艘戰艦，在天上打擊消滅目標。
正當局長為洞察計劃驕傲自豪時，美隊雙手雙腳反對，給出的理由其實很哲學，那就是究竟一個人是先有罪，還是先有罰，是否可以通過先罰，來抵消罪。
美隊把一個雞生蛋蛋生雞的問題，拋給了局長去腦洞，自己則先下班了。
下班後，美隊去自己的博物館觀察粉絲動向。
然後他終於反應過來，自己還有一位前女友。
於是決定去看望她。
局長雖然在執行著“洞察計劃”，但內心早有疑慮，所以他秘密讓黑寡婦去拷資料，當他想要讀取這個u盤的時候，卻發現自己沒有權限。
後來他才發現，他作為神盾局最高指揮官，授權了自己讓自己不能查看文件的權力，囧。
於是尼克去找了神盾局更高階的管理層，世界安全理事會，和曾經的好基友聊天，尼克覺得神盾局有內鬼，洞察計劃要推遲。
說完之後尼克在下班路上就被陰了，這次的打鬥為觀眾展示了，每個男人內心都想要一輛局長這樣的座駕。
九死一生逃出追殺的局長，來到了值得信任的美隊家中，局長告訴美隊不要相信任何人，除了他自己，神盾局有內鬼，說完他就被槍殺了。
影片發展到這，類型轉成了半懸疑半陰謀的風格，吊足觀眾胃口。
也是從這開始，影片漸漸和以往傳統的超英電影風格區分開來，以往傳統的超英電影，都是人物主導劇情走向。
比如前作《美隊》，這個時間點瘦弱的美隊變成了肌肉男，準備拯救世界、
而《美隊2》則是提前把主角丟入困境，讓他就算有超能力，也無從應對，讓影片保持該有的寫實和層次。
局長不幸在美隊家中被槍殺，震驚神盾局上下，美隊被請回局裡喝茶。
在回神盾局前，美隊把局長偷摸給他的u盤，放在了一款自動售賣機上。
美隊和大內鬼經過一番客套話以後，大內鬼決定在電梯裡活捉美隊，結果美隊鯉魚跳龍門，從電梯跳下逃離神盾局，走的時候還順便打了個飛機。
美隊趕回醫院，想去售賣機找回u盤，卻意外收獲友軍黑寡婦。
之後兩人查到了信號源發射地址，上演了一場以靜製動的逃逸。
他們來到u盤上的地址，發現這是以前神盾局的老家，他們插上u盤後，係統居然是九頭蛇的拉索博士。
拉索博士被喚醒以後，立刻開啟反派表白模式，有問必答，把九頭蛇的計劃清清楚楚說個明明白白。
整個事件的經過大概就是，當年紅骷髏消失後，神盾局把九頭蛇的各種人才收編了，但九頭蛇的這些人信仰不死，漸漸把神盾局黑化變成了九頭蛇的老巢。
大內鬼就是在幾十年沉浮中，坐上了最高位置，而洞察計劃，內核也是九頭蛇的終極武器。
一切都明朗以後，大家都知道，隻要讓那三艘戰艦不上天就完事了。
於是美隊和黑寡婦去找了那天晨跑強撩的山姆，山姆就是獵鷹，他們三人決定，把神盾局現任指揮官光頭強，抓捕歸案。
但中途光頭強被九頭蛇的人秒殺，美隊他們也遭到伏擊，這時冬兵男終於亮出真麵目。
全片最虐的地方也就在此，冬兵就是巴基，美隊心中曾經和現在的真朋友。
美隊還沒反應過來，就被神盾局的人抓住，在中途又被神盾的另一個女俠救下，帶去見了一開始假死的局長。
於是大家開起了非正式會議，想要找到解決的辦法，因為此時神盾局裡，他們也不知道誰是好人誰是壞人，所以他們寧可錯殺百人，也不放過一人。
最終基本全票通過，解散神盾局。
終於來到最後決戰，決戰的打鬥，爆炸，特效當然是沒話說的，但這次決戰的重點，是美隊和好友巴基，曾經的情誼，化成今天的你死我活。
影片的精彩之處，就是後麵的反高潮處理，美隊在完成毀滅戰艦任務後，選擇要用情誼去感化巴基。
在麵對眼前唯一的摯友巴基時，他扔下盾牌，代表了放下美國隊長的身份，回到最初那位瘦弱的小子。
此時的美隊是孤獨的。
或許從他醒來那一刻，就已經倍感孤獨，但他內心背負的責任和價值，讓他撐到解救世界的最後。
解救完了以後，觀眾也終於看到美隊累了。
他在那時，或許最需要的是一個堅定互信的眼神，而能給到這個眼神的人，隻有巴基。
最終，美隊用真情感動了巴基，在墜河後，他被巴基救起。
另一邊，黑寡婦和局長合力，把神盾局黑曆史公布與眾，神盾局就此瓦解。
《美隊2》的故事編織得非常用心，影片的每一場戲都不是廢戲，每一句對白，每一個主要角色的人物弧光，都能在把這部影片做出1+1apgt2的質感。
影片中把反派的養成，轉成了是神盾局建立最初時就發生。
正派和反派相輔相成，蛇吃尾巴的銜尾蛇象征意義濃厚，因果報應的循環旋螺上升，最終到了一種不可收拾的地步。
影片最後的正反兩派的兩敗俱傷，像極了今天的世界，在打倒恐怖襲擊的同時，自己也在遭受著三天兩頭的恐怖襲擊。
也正因為如此，影片在批判現實的同時，安插了美國隊長這樣的超級英雄，暗示著人們需要更多像美國隊長這樣心境的人。
而美國隊長這樣的人格魅力，是他真正成為超級英雄的原因。