隨後王守仁密檄諸將移兵剿仙台等賊，分永順兵、保靖兵各自進剿，約定在五月十三日抵達巢穴。叛軍退守永安力山，仍然被王守仁圍困的大軍打敗，潰軍為副將沈希儀斬殺。
至此，斷藤峽叛軍幾乎全儘。
平亂後，王守仁因肺病加重，向朝廷上疏乞求告老還鄉，推薦勳陽巡撫林富代替自己，不等朝廷的批複就回去了。
嘉靖七年十一月二十九日卯時王守仁病逝於江-西南安府大庾縣青龍港（今江-西-省-大-餘-縣-境內）舟中。
王守仁臨終之際，弟子問他有何遺言，他說：“此心光明，亦複何言！”
王守仁喪過江-西-境內，軍民都穿著麻衣哭送王守仁。
先前因平定寧王叛亂封特進光祿大夫、柱國、新建伯。
追贈新建侯，諡文成，從祀於孔廟。
在王守仁死後嚴嵩等人開始一個個出現，沒有了王守仁壓製為了緩和社會矛盾，采取厘革宿弊、振興綱紀等改革措施，下令退還一些被侵占的民田，汰除軍校匠役10萬餘人，史稱“嘉靖新政”。
但是朱厚熜不久邊在防費用日益增加，加上大興土木、迷信禱祀，導致皇帑日益削減。各個行業凋敝衰落，甚至變賣寺田，收贖軍罪，尚且不能滿足國家的財政需要，可見財政經濟已經到了崩潰的邊緣。
朝政日漸腐化，由於國家承平日久，明世宗朱厚熜逐步喪失進取精神，日益腐化，濫用民力大事興建，而朱厚熜為了神化自己加封道號：靈霄上清統雷元陽妙九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁—陽**元虛玄應開化伏魔忠孝帝君”，再加號“太上大羅天仙總掌五雷大**玄都境萬壽帝君”。又自號“雷軒”，“天池釣叟”。
於嘉靖十三年，呂經升為都察院右副都禦史，巡撫遼東。
在此期間，他革除舊製，削減軍隊餘丁，回收軍馬草地，以減輕人民負擔。
具體做法是將原供養一個軍士收三丁的賦稅供給削減為一丁，並將原撥給每匹軍馬50畝牧草地收歸地方，還派兵修築長城。
由於操之過急，督促過當，激起了軍隊的不滿，終於釀成一場兵亂。
亂兵毆官吏，毀府門，燒均徭冊籍，並於幽室中搜得呂經，毀其衣冠，囚之都司署內。這時，監軍的宦宮王純又借此給呂經編造了11條罪狀，上奏朝廷，呂經被捕下獄，流放茂州。
由於明世宗朱厚熜多疑暴戾，喜怒無常，宮人常被責罰，杖斃者多達二百餘人。宮人們終於忍無可忍，在嘉靖二十一年，在王寧嬪等人的指使下，楊金英等十數名宮女乘明世宗熟睡之際，用黃綾布把世宗的脖子套住，然後用力拉扯，企圖殺死世宗。
而後又因打了死結