五軍都督府和兵部都聽命於皇帝，五軍都督府調有統兵權而無調兵權，兵部擁有調兵權而無統兵權。五軍都督府和兵部相互節製互不統屬。每逢戰事發生﹐由皇帝命將為帥﹐調領五軍都督府所轄衛所之兵佩印出征。軍還即歸印於朝﹐兵回衛所。
值得一提的是，自從“土木堡之變”發生後，大批五軍都督府的都督在戰場陣亡。時任兵部尚書的於謙為了便宜行事，將原先由五軍都督府對軍隊的管理權和指揮權都劃歸兵部。而此後則不肯歸還，自此，五軍都督府的權力被極大削弱。
此時五軍都督府還有參政議政，規劃作戰的權利。但是隨著文官的權利越來越大，五軍都督府連僅有的權利都失去了，由“總內外諸軍事”的中樞機構變成處處受製於兵部的單純執行命令的機構，從此大明變得和大宋一樣，打仗由完全不懂軍事的文官說了算了！
而萬曆帝雖然沒去過海邊，但是他也知道大明海岸線漫長。所以即使大明不重視水師，但是也有南北兩隻艦隊專門負責海上作戰，而且規模不小。尤其這些水師剛經過抗倭戰爭不久，還沒有破敗下去，具有相當的戰鬥力！
若是真的按劉昊嘉的要求設置海軍都督府，這個都督的權力必然無比巨大！所以萬曆帝已經認定他是在獅子大開口，這讓他感覺非常的不快！
尤其是劉昊嘉的第二個要求更讓他不開心！若說是劉昊嘉因牛痘封爵還說的過去，畢竟牛痘能夠活人無數，封爵絕不為過！但是劉昊嘉素要封地他就覺得有些過分了！
因為到現在為止，大明這麼多勳貴被冊封，但是基本上都是虛封！也就是說，雖然某個勳貴被宣布某處是他的封地，食邑多少戶，但是這隻是紙麵上的東西，他隻是享受相應的俸祿而已。
所以萬曆帝正想著如何打消劉昊嘉的想法，同時還不傷兩人情分的時候，隻見劉昊嘉說道：“萬歲爺是不是覺得臣獅子大開口了？不過請容臣慢慢跟您說，您就知道臣的真正意圖了！”
萬曆帝努力讓自己的臉上不顯出生氣的樣子，但城府不深的他還是在稱呼上暴露出了某些心中的想法！隻聽他說道：“劉卿家，你儘管講來！”
劉昊嘉聽到劉卿家三個字，眼角下意識的跳了跳！不過瞬間他就將這個問題拋去腦後，緩緩的說道：“萬歲爺，要知道這海軍也是軍！雖然說他們是在海中打仗的，但也不是不能登上陸地啊！若是由臣父掌握海軍，就等於陛下在外有了一隻可海可陸的軍隊，隻要我們……”
再隨後的半個時辰時間裡，劉昊嘉滔滔不絕的講述著自己的計劃。而萬曆帝兩個人的表情由平靜到驚訝，再到不可思議乃至欣喜若狂，如同川劇的變臉一般！
就在劉昊嘉說完，抓起冷透了的茶水往嘴裡灌的時候，萬曆帝一拍桌子大聲說道：“劉愛卿果然厲害，這種主意你都想得出來！朕準了！”
就連張嘉也跟著說道：“劉大人的想法真是天馬行空一般！咱家真真是比不得！”
三人說笑了幾句之後又談回正題，再詳細了解了一些細節後萬曆帝說道：“劉愛卿，還有什麼要做的，你一並說出來！”