海盜的銅炮仿自流求，技術自然又差了不少。更關鍵的是，他們並不知道火藥的配比和顆粒化技術，這使得炮擊威力更弱。雖然其火炮更重身管更長，但射程隻有二裡左右。反觀台南堡的重型火炮由於火藥質量上佳，加之居高臨下，最遠射程能達到三裡。即便使用的是霰彈，射程也能達到二裡半。
眼見實心炮彈對付堡壘的效果也不佳，按捺不住之下，海盜們便在推著攻城衝車、重型揗盾和雲梯等攻城武器衝向堡壘。李杆子見狀大喜，下令堡壘火炮集火射擊。幾輪炮擊之後，重型火炮的實心彈摧毀了攻城武器，而中小型火炮發射的霰彈則將衝鋒的百餘名海匪變成了死屍。
在接下來幾日，海匪又組織了幾次夜襲。他們一邊用霰彈集火轟擊，以圖驅離城牆上守軍。一邊試圖利用夜色的掩護攀爬進堡壘。這個辦法倒是有一定的效果，打得外堡城牆上的士兵抬不起頭，還死傷了十餘人，隻得紛紛往內堡撤退。隻不過李杆子早命人計算了火炮射擊諸元，在敵人的衝鋒線路上形成了火力封鎖線，還在牆下埋了地雷。海匪們的夜襲變成了送人頭，大部分甚至未開始攀爬城牆便被擊斃。
死傷慘重之下，海匪便絕了強攻的心思。他們改變了策略，開始將壕溝往堡壘延伸，又用霰彈不斷地往堡壘中轟擊。夜襲雖然失敗，但也讓海匪看到霰彈比實心彈的效果還好。對此李杆子並無對付良策，隻得命令減少外堡城牆的守衛人員，又堆了不少沙袋以為士兵提供庇護。至於海匪往前延伸壕溝，也隻是隔三差五用炮轟擊，以拖延其挖掘進度。
隻所以是隔三差五，是因為李杆子深知圍城一時半會兒不會結束，彈藥得節省，用在最關鍵的時候。這段時間炮擊下來，雖然取得了不小的戰果，但彈藥已用去三分之一，這讓李杆子心憂不已。要知道堡壘之中，由於儲存了過多的糧食而導致空間不足，以致於連石頭都沒有幾個。要是彈藥用光了，便隻有拿著長矛大刀與敵人肉博了。
堡壘被圍一個月以來，士兵因戰鬥或病減員很少，兵力要防守住堡壘是綽綽有餘。隻是堡壘中的住房根本容不下所有的士兵，隻得加大值班人數，實行輪流睡覺。三分之一的士兵隨時都在戰鬥崗位上，這也是海匪夜襲難以成功的原因。
糧食和醃肉的數量很多，根本就吃不完。唯有水源的數量不足，得靠雨水補充才勉強夠飲用，根本沒有洗漱用水。為了節約用水，李杆子命專人守衛堡壘中唯二的水井，並實行嚴格配給。溫暖的天氣加上激烈的戰鬥，使人體極容易出汗。在鹹腥的海風之下，一個月圍城下來，堡壘中士兵身體的味道都如同醃過的鹹魚。
流求雖然盛產水果，但易腐敗變質，放了幾天便會壞掉。而長期沒有新鮮食物人會生壞血病。幸好副營長李老四在軍校中曾聽歐陽軒講過，食用蔬菜會預防此病。堡壘中沒有新鮮蔬菜，李老四便命人將大豆、蠶豆、小麥等糧食拿來發芽，等長至兩寸時，拿來生食。此法其實是遠航船隻用來抗壞血病的方法。