眼見事不可為，海匪戰船便在台中堡的火炮射程之外，將港口遠遠包圍起來。他們雖然在海上稱王稱霸，卻也知道如果上岸陸戰，肯定會被揍得生活不能自理。最好的辦法還是等待陸上部隊平推過來，再合擊台中堡。眼下唯能做的便是對付流求海軍的騷擾，徹底切斷守軍與海上的聯係。
話說流求海軍利用火炮射程優勢，采用類似蒙古人的帕提亞戰術，即“敵進我退，敵退我進”，頻繁襲擊外圍警戒的敵人戰船，搞得的海匪人心惶惶。海匪先是派來了火炮戰船對射。隻不過，海匪的戰船火炮射程隻有兩裡，而流求戰艦的火炮射程達三裡，命中率也高得多。幾次下來，海匪又被擊沉一艘火炮戰船，另有二艘受損失去戰鬥力。
火炮戰船十分昂貴，即便海匪背後的勢力財力雄厚，也承受不住連續的損毀。他們不再派火炮戰船，而是改派了輕快的鬥船和火戰船。對於這些速度極快的船隻，流求戰艦並不戀戰，遠遠便避開了。對於窮追不舍的，則邊撤邊用火炮轟擊。少數逼近的，則用手雷和手槍對付。
留守流求的戰艦隻有十一艘，除了要留下二艘守衛台北周邊之外，能出動的隻有九艘戰艦。這九艘戰艦時分時合，除了騷擾包圍台中的海匪戰船之外，也偷襲海匪的後勤船隻。最大膽的一次，甚至出現在澎湖附近的海域，讓海匪一片慌亂。
戰艦十分昂貴，經驗豐富的水兵更是寶貴，故餘柱對這種海上襲擾的作戰要求是保全自身第一，在穩妥的情況下才伺機攻擊敵人。憑著火炮優勢和正確戰術，流求海軍的每次出擊都有些許戰果。一個月下來，這種海擊遊擊戰術讓海匪至少損失了三十艘戰艦。
騷擾戰術讓海匪十分惱怒。一次海匪追得急了，幾十艘戰船尾隨三艘流求戰艦窮追不舍，一直到了台北除近。流求戰艦索性便躲進了雞籠港之中。台北作為霹靂軍經營流求的核心，防禦遠超台南和台中。望著扼守進港的雄偉要塞和十數座塔樓上的火炮，海匪的戰船隻得悻悻離去。
此次進犯流求的海匪戰船看似很多，但除了封鎖台中與台南海麵，也要分兵守衛澎湖的糧草輜重基地，還要保護來往的運輸船，海上兵力實際上也並不充裕，這也是他們趁著流軍海軍主力外出偷襲的原因。他們原本以為憑借著數量優勢，將輕易而取擊敗留守的流求戰艦，那知道對方如此難纏。
流求留守的海軍戰艦數量雖然遠少於海匪，但質量明顯占優，加之戰術得當，引得海匪戰船疲於奔命。眼下海匪雖然主力尚在但已是強弩之末，加之士氣低迷，已顯出明顯的疲態。此消彼長之下，海上戰事便陷入了騷擾與反騷擾，追逐與反追逐的僵持之中。