控製台中海域之後，張宣並沒有率軍南下澎湖。第一分艦隊隻有幾十艘戰艦，除留下一部防守台北外，還派了十幾艘監視大陸方向，以防宋軍水軍殺回馬槍。兵力分散之後，第一分艦隊在台中海域隻有三十餘艘戰艦。這點數量即便前往澎湖，也不太可能改變戰局，畢竟那邊的宋軍戰船數量也極為龐大。張宣決定留在台中海域，防止宋軍戰船來援。
進攻台南的宋軍從泉州出發之後，一路在澎湖登陸，一路直撲台南堡。澎湖雖然位置重要，但麵積不大又不產糧食，故霹靂軍隻駐紮了一個團的正規軍，另有一個團的基乾民兵。這些基乾民兵是水軍，雖然平日也在訓練，但主要是在捕魚，對付小股海盜倒沒有問題，但要與官軍水軍作戰便力有不逮了，更何況此次官軍船隻數量如此龐大。故當黑壓壓宋軍船隻來襲之時，澎湖的霹靂軍團長便令基乾民兵撤離，自己領了正規軍留在島上。
霹靂軍在澎湖港口附近有一個大型堡壘，島上其餘地方和附近的小島上另有十餘個崗哨和塔樓。在宋軍船隊來襲之前，這些地方的士兵便奉令撤回了主堡，來不及帶不走的東西全部焚毀，包括四門沉重的要塞炮。這些舊炮自毀之後，將來把銅鐵料回爐重鑄，又可以鑄成新火炮。流求與巴蜀的人流、物流聯係頗為暢通，在得到了總部人材、技術的支持後，流求的火炮工藝得到了大幅提升，威力增加了不少。
宋軍雖然數量眾多，又有大量的攻城武器，也有不少火炮，但急切之間卻也拿堅固的澎湖堡毫無辦法。當然，如果不惜代價用命去填，攻城技術極為嫻熟的宋軍，倒也能拿下澎湖堡，畢竟守軍隻有一千五百人。有了蒲壽庚的教訓，宋軍決定用偏師對堅城利堡圍而不打，隻要將霹靂軍守軍鉗住即可，主力則直撲後方。隻要控製了腹地的兵工廠、屯墾點、礦山，即便霹靂軍艦隊回防也無可奈何。沒有了後勤補給，艦隊戰力將會急劇下降。
進攻台南的宋軍也是按照這個策略，在將台南堡圍困之後往後方突進。隻不過與進攻台中堡的宋軍一樣，他們也遭到了沿途屯墾點的頑強阻擊。擋在前方的這些屯墾點，平民和糧草物資早已搬空，而守軍在頑強抵抗之後，每每趁夜遁去。在地雷、火炮和火槍的阻擊下，每拿下一個屯墾點，宋軍都要死傷千人以上，而收獲卻寥寥無已。宋軍雖然人數眾多，但如果按這個消耗下去，用不了多久，便會傷亡過多而喪失進攻能力。
過了些時日，台北大軍撤退和台中登陸宋軍進退兩難的消息傳來，使得在台南的宋軍也開始惶恐起來。正在此時，被征調而來的蒲壽庚等海商的戰船偷偷溜走了。他們本被派在外圍，警戒從南洋而來的霹靂軍艦隊。作為在海上討生活的商人，他們消息十分靈通，預判也十分準確，頗有“春江水暖鴨先知”的預感。眼下流求南方雖然沒有霹靂軍艦隊影子，但吃過大虧的他們卻嗅察到危險的味道。