僅是從安全的角度，歐陽軒並不同意動用主力艦隊。最終說服他的，還是夏小根的一席話。夏小根認為，眼下霹靂軍雖然兵強馬壯，但畢竟根基尚淺。歐陽軒率主力艦隊能展示武力，以強大威懾力“說服”持中立和輕微敵意立場的勢力，以達到不戰而屈人之兵。話說夏小根年齡雖小，但長年在歐陽軒身邊工作，倒是耳濡以目學了不少東西。自此以後，眾人更對他刮目相看。在從升龍城出發之前，歐陽軒又向各省都督通報了此事，並委托李爽會同唐順、楊秀才等人合議重要事宜。
北巡的第一站是瓊州島。瓊州島比流求略小，官方登記人口不過五萬餘人，主要集中在以瓊州城為中心的北部。未登記人口遠超這個數，多在島嶼中部和南部。這兩地方多是不服王化的土著部落，要麼為蠻荒之地。霹靂軍雖然在島南部有軍港和據點，但控製的麵積極為有限，周邊地域人煙稀少，十分荒涼。通過談判拿到瓊州島後，流求都督府隨即向瓊州城派出了數百人的官員和技術隊伍，另派了一個營作護衛。瓊州城的官員見了文書，倒是十分爽快辦理了移交手續。他們第二日便帶著隨從，急急坐船前往隔海相望的雷州。
霹靂軍官員還沒有站穩腳跟，城外便起了亂子。派人一打聽，原來是鬨起了饑荒。瓊州島與流求一樣，光熱資源極為豐富，插根筷子都能成活，居然鬨起了饑荒？麵對不斷湧來的災民，霹靂軍官員隻得將帶來糧食賑災，又派人到大陸買糧，這才堪堪應付過了危機。以往發生這種情況，官府往往緊閉城門，對災民不管不顧。霹靂軍雖然耗費了錢糧，卻使得當地百姓好感大增。
之所以發生饑荒，除了今年氣侯異常外，與之前官府治理有莫大關係。瓊州乃流放之地，來此地當官之人都是罪官或黨爭失敗之人。官場失意的他們，要麼變本加厲地收刮錢財，要麼整日吟詩飲酒，根本未將勸務農桑等治理之責放在心上，更未組織整修河渠水利設施。瓊州的農業仍處於刀耕火種的狀態，不要說與流求的規模農業相比，即便與大陸的農業相比，也是遠遠不如。一遇災年，收獲的糧食還不如種子多，完全沒有風險抵禦能力。
剛處理完饑荒，瓊州城中又開始流行了疫病。流求在對付熱帶疫病方麵，已經有了一整套經驗，此行也帶來了藥品。經過一番防治手段，迅速阻止了疫病的傳播，也隻病死數十人。經過隨行而來的醫生詳細調查，疫病主要是城中環境衛生惡劣，食物和飲水不潔造成的。隨即霹靂軍對全城進行了改造，開挖了新水井，疏浚了排水溝，修建了大量廁所，又將積存多年的垃圾清理出城，消除了蚊蟲老鼠孽生的死角。一月之後，瓊州城已是渙然一新。
所謂屋漏恰遇連夜雨，疫病剛結束不久，又有大群生番將瓊州城團團圍住。瓊州島上，漢人多居住在城中，熟番土著生活島北部，而中部和南部則生活著數百個生番部落，人數不下十萬之眾。這些部落對外來者極為敵視，往往劫殺進入其地界的官員和商人，這又引起了官府的報複，雙方的矛盾日積越深。不少熟番部落或因為官府的橫征暴斂和強取豪奪，或畏於生番部落的威脅，往往充作他們的內應。此次生番便聽說霹靂軍帶了大量財物上島嶼，便組隊前來搶劫，準備乾一票大的。