在緊鑼密鼓修橫原堡的同時，歐陽軒還命黃大根將花果山堡壘化，作為水軍的常駐營地。一方麵水軍發展自然離不開水，雞冠山中自然是不適合，橫原堡則要駐紮野戰營，而水路發達的永渠鄉並無緊固防禦建築，歐陽軒思來想去，還是決定將水軍營地設於此。與橫原堡純軍事用途不同，原為水匪老窩的花果山主要為民用，其易守難攻除了隱秘外更因為唯一的出入口狹窄，但隻要進攻方不懼傷亡則仍能被攻破，一旦寨破則逃無可逃，這便是兵法上所說的“死地”。按照歐陽軒的要求，花果山營地須被建為軍民兩用且進可攻退可守。
從軍事角度來看，花果山營地要達到長期堅守並不難，隻需用少量石頭水泥及鋼鐵加固寨牆和大門，再架上幾門火炮，便可做到一夫當關萬夫莫開，難的是在大量殺傷敵人後安然撤離。黃大根在營地內細看了幾日，終於發現山溝儘頭有處稍緩的山崖，這山崖高約百米，除卻中段部分有塊突出擋路的巨石外，其餘地方借助繩索倒是可以攀爬上去。這擋路巨石不下數十萬斤，是人力不可逾越的挑戰，但對擁有火藥的霹靂軍這並不太難，經過幾次爆破後便被順利清理掉。借助這條隱秘而險峻通道，霹靂軍可以在無法堅守的時候逃出營地，遁入無根山的密林之中，也可以戰事吃緊的關鍵時刻，從敵人背後發動偷襲。
在霹靂軍高層關於在平原的初期發展布局中，霹靂軍總部將在橫原堡完工後遷於此，隨同駐紮在橫原堡則有野戰營及內衛營。作為主力的野戰營駐紮於此，可使霹靂軍進可攻退可守，隻要橫原堡不被攻破，山中則安全無虞；內衛營也駐所於此主要是為了偵察連和鋤奸連外出執行任務。至於警衛連和反諜連也設在此，則是因為外來人員要進入山中必須經過此地，可以提前進行甄彆。外來人員要進入山中需有擔保人，沿途崗哨和巡邏士兵除查看來人的路條外，同時還要嚴格盤查和搜身，山外的奸細和探子要混入山中幾無可能。餘柱率領的守備營則駐守在萬家堡，兵力除了常設單位教導連外，還有三個基乾民兵連定期輪換駐紮。按照霹靂軍全民皆兵、全員軍訓的要求，守備營已組建了三十個民兵連，這些連的普通民兵每月需要自帶乾糧訓練三日，而這些民兵連的班、排長則組成了三個基乾民兵連，實行半脫產管理。
按照霹靂軍政會議的決定，黃大根率水軍營三個連駐紮無根山，以花果山營地和永渠鄉黃家蕩為基地。黃大根利用初春枯水時節將黃家蕩的進出水道拓寬了不少，以便將水軍戰船藏入其中，同時又構置了防禦設施和物資儲存點，做了長期持久戰的準備。橫原堡完工後，將與花果山營地、黃家蕩互為支援。歐陽軒明白這樣的布局隻能讓霹靂軍在山下站穩腳跟，但如果要在平原地區發展，必須利用川西平原縱橫交錯的河道水網，建設一支強大的水軍，才能與高機動性蒙古騎兵對抗，而當前霹靂軍的水軍還太弱小。水軍屬於技術軍種，要擴建卻不是容易之事。一方麵相對步軍，水軍耗費資金和資源更多，就拿戰船來說，除了需要大量工匠和木材外，其建造周期也長，如果要配備火炮則所需費用更是驚人。前期水軍戰船上使用的火炮是臨時從野戰營調來，在黃家蕩剿滅水匪之戰中，發現並不十分適合水戰使用。歐陽軒已命人試製適合戰船使用的火炮，但受製於火炮產能，要將目前的二十艘戰船配備到位也尚需時日；另一方麵培養精於水性和水戰的軍官和水手隊伍也需要時日。現在黃大根已未雨綢繆，開始著手培養水軍骨乾，也選派了班排長進入教導連進修，但按照歐陽軒的設想，這種培養力度遠遠跟不上設想中水軍的規模。