基隆之戰可謂大獲全勝，不僅獲得了一個優良的港口和一個生活設施齊配的寨子，還繳獲了二艘大海船、二十四艘中型海船和四十餘艘輕快小船。有了這些船隻，可以讓流求公司的海上力量快速成型。除了廖泥鰍最看重的船隻外，還繳獲了大量的糧食和金銀絲帛及珠寶玉器，這些東西都是海匪多年搶劫積攢下來的，如今成了霹靂軍在流求獲得的第一桶金。那四五百名海匪，除了戰死一百餘人外，大部分人做了俘虜。實際上海匪要逃出寨子霹靂軍也攔不住，隻不過沒有了船隻能往那裡逃？逃到附近的叢林中，被食人生番捉住的下場，僅想想就令人不寒而栗。
接到廖泥鰍占領基隆的消息後，舟山島上的眾人便忙碌起來，將人員和物資運往流求島。要將幾千人和包括糧食、鹽布匹及工具等大量的生產生活物資運到島上，又要注意保密，實在是個艱難之事。好在廖泥鰍派了三十餘艘大中海船回來，李開鵬又從其他商號甚至官軍水軍處租了不少運輸船，故經過半月有餘的忙碌，舟山島上的霹靂軍人員和物資基本運送到基隆。這也讓舟山的地方官長舒了口氣。
在舟山的官員看來，這些來自川西的兵卒手握四川製置司的公文，又和朝中高官有千絲萬縷的聯係，惹不起還撈不到多少油水。這些人還以朝廷允許為由大量招募流民，要帶回川西屯墾。這些無業流民雖有約束並未鬨出麻煩，但一直留在舟山終究是個隱患。如今他們一並走了，便還了一眾官員的清靜。至於他們是回川西，還是到流言所稱的海外，便與舟山地方官不甚相乾了。
雖然提前做了諸多準備，但幾千人突然湧入基隆，也是搞得一片混亂。糧食並不是問題，此次搬遷隨行帶了十幾艘船的糧食，海匪寨中也有不少存糧，數月內倒無缺糧之虞。最大的問題是房舍不足，基隆原本隻容納了幾百名海匪，如今人數突然暴漲十數倍，光是人員居住的房舍便缺少甚多，如果加上糧食、物資倉庫和需要立即開工的造船廠、農具廠等工業用房，房屋便顯得極為不足了。餘柱隻得命令將房屋優先用於生產建設和工匠、教師、醫生等技術人員，包括他在內的全體官兵和流民，全部在寨子外搭建帳篷。
流求的冬天並不寒冷，在外宿營也沒有蚊蟲的叮咬。由於島上的食人生番並不從事農耕，而以漁獵采集為生，故寨子周圍便是鬱鬱蔥蔥的大樹。這些樹木伐倒之後不僅可能用來營造房屋，還可以挑選良木用於造船，土地則可以變為極肥的耕地。隻不過伐木剛開始不久，便有食人生番的前來襲擾。餘柱隻得一邊派人警戒，一邊伐木營造房屋。幾日下來，食人生番雖然被火器殺傷了不少，但也用毒箭射傷了幾名士兵和工人。所幸的是餘柱也帶來了從苗疆獲取解毒藥，這些解藥雖然沒有徹底治愈傷員，留下了不少後遺症，卻也保住了性命。