由於河深水急,加之姚德在河道中設置的障礙十分厚重,故霹靂軍費了不少功夫才將金堂城邊的水道疏通。當黃大根帶著大軍抵達了雲頂城水軍碼頭,距頓珠入城已過去了足足兩日,此時攻城的蒙軍早已撤退。忽都率領著千餘名騎兵前往了成都方向,他手下的蒙古騎兵在此戰中未有折損,但下馬作戰的蒙古漢軍損失了幾百人。夾穀龍古代則率軍退往下遊的簡州城,他已接到了劉黑馬的命令,要求務必守住簡州城。
雖然天色已是黃昏,但一向小心謹慎的黃大根仍命令全軍連夜入城。第二日,當楊邦憲提出乘勝追擊的建議之時,黃大根不加思索地否決了,他的決定也得到了教導旅長曾勇的支持。曾勇曾在利州蒙軍汪德臣部做了多年的校尉,深知蒙軍狡詐多端,常使詐敗示弱之計引誘對手追擊,然後利用機動力優勢拖累拖疲敵人,再進行伏擊。雖然退往簡州的夾穀龍古代也是步兵,但仍有兵力千餘人左右,在困獸猶鬥之下仍然一時難以解決。一旦被忽都抓住戰機,突然殺回馬槍,與夾穀龍古代來個前後夾擊,戰局便會急轉直下。黃大根率領的教導旅和特種旅都是輕裝部隊,雖能正麵抗擊騎兵的衝擊,但傷亡必然慘重。
按照軍政聯席會議的戰略,此次戰役目的是拿下整個川西平原,奪得成都和雲頂城才是重中之中。作為作戰計劃製定者的黃大根當然知道孰輕孰重,當下他便命令加固雲頂城的城防,又派教導旅和特種旅各一個營前去奪取周邊的堡寨。“孤城難守”,餘玠建立川中八柱之時,也為各個核心山城配套建設了外圍堡壘據點,雲頂山城也不例外。姚世安守雲頂城時又增建了不少外圍堡寨,形成了完整的防禦體係。蒙軍攻強守弱,也重攻輕守,並未發揮雲頂城防禦體係的作用,故能讓霹靂軍偷襲得手。夾穀龍古代逃往簡州時,也將雲頂城周邊堡寨據點的新附軍大部分帶走,剩下老弱殘兵在攻勢之下要麼愴惶逃走,要麼跪地請降,霹靂軍並沒有費多少力氣便將這些堡寨全部收複。
此次雲頂城之戰,特種旅第一營損失極為嚴重,全營五百人,當下尚有戰鬥力的隻有二百三十人,這其中絕大部分還是頓珠所率的那二百人。董虎所率的三百人在此戰中基本傷亡殆儘,其中戰死九十餘人,輕重傷一百六十餘人,隻有四十餘人仍有戰鬥力,連後來補充的五十名俘虜也傷亡了三十餘人。拿下雲頂城後,黃大根即命運輸船隻返回灌口寨,一方麵是將傷員、俘虜和戰死的同袍運回,另一方麵也是再運來急需的要塞炮、彈藥、糧食、醫療物資及兵工技術人員和生產設備。
按照歐陽軒的規劃,雲頂城將成為霹靂軍在川西最重要的要塞城市,並與彭山城、嘉定城一起成為防禦蒙軍進犯川西的核心。要達到這個目標,除了強化雲頂城的防禦體係,建立水軍以控製沱江上遊外,還將在雲頂城建設兵工廠。隻要有充足的糧食和火器,隻需五百軍隊便可讓蒙軍知難而退。雲頂城山頂麵積廣大,鼎盛時期曾駐紮了八千軍隊,根本不缺建設兵工廠的地方。更重要的是雲頂城水運頗為方便,不僅可以從灌口寨方向獲得鐵、煤、木材等重要物資,也可以從上遊的彭州、漢州、綿州獲得原材料和糧食,後麵這幾州大部也是膏肥之地,也是霹靂軍將要出兵的方向。