嘉眉雅及成彭漢的工業建設雖然非常重要，但排序仍在軍事和屯墾建設之後。為了加快這兩項事業的開展，也為了與崇州邛等原轄區的融合發展，經軍政聯席會議決定，霹靂軍向新納入治下的地區派出了大量基層管理人才，廣泛又張貼布告招募青年才俊進入縣學、州學進行學習。當下霹靂軍的縣學和州學統一改名為“孔子學院”，隻不過在前麵加了前綴，如大邑縣學改名為叫“大邑孔子學院”，邛州州學改名為“邛州孔子學院”。孔子學院並不隻是教授文學，而是除了軍事之外的學科都會教授，政治、物理、化學、醫學......。
霹靂軍實行分級教育體係，每進入上一級教育體係都需要進行考試遴選。最基層的村屯學堂實行義務教育，主要是識字和基本常識的教育，主要是開啟民智；鄉一級的學堂則開設初級政治、數學、曆史、地理、生物課程，這主要是為培養基層實用人才；在縣級孔子學院學習的內容則較為高深，並增設了物理、化學等課程，主要是培養工農商各業人才；州級孔子學院教授內容不僅高深，內容更包羅萬象，主要是培養中級技術人才和管理人才。至於設在崇慶府的師範學院、醫學院、政治學院、工業學院等專業學院，則是培養高級技術人才的專門學校。軍事學院由教導旅改組而來，不屬於孔子學院序列，而是由參謀部直管，由參謀長兼任院長。
工業對霹靂軍的重要性毋庸置疑，為了保證工業建設進度，霹靂軍準備在秋收後全力進行推動，為此也做了許多前期準備，如提前開始廠房規劃設計，修建工人住宿等，甚至還趁水枯之前將部分機器設備和生產原料運到了彭州和漢州。嘉定府地處岷江乾流，受冬日水枯的影響並不大。隻不過秋收之後，又有兩個新威脅影響了開墾荒地和工業點建設，讓屯墾區的民眾人心惶惶，甚至不敢單獨走出屯墾點。這意料之外的變數，讓歐陽軒等一眾霹靂軍高層十分惱火，就連一向好脾氣的魯德之也連聲大喊必須徹底剿滅之。
第一個威脅是獸患。霹靂軍剛成軍時，雞冠山中也是野獸眾多，對村民構成了嚴重的威脅，也曾傷及霹靂軍人員。一方麵為了防止野獸毀壞莊稼，另一麵也是吃肉並販賣獸皮獲得資金，歐陽軒當時組織了聲勢浩大的打獵運動，也借此來練兵。下山之後，霹靂軍也繼續開展大規模的捕獵行動，野獸那裡頂得住圍捕，紛紛死在火器之下，要麼就逃竄得遠遠的，不再存在獸患。但轄區外其餘地方便是另一回事了，嘉定眉州城旁的情況要稍好些，但山林間特彆是偏僻地方常有成群的野豬出沒，甚至有狼豺虎豹等凶獸頻頻傷人。成都府、彭、漢兩州的情況則更為嚴重，這裡沼澤密布山林也多，地形頗為複雜，就連喜好遊獵的蒙古騎兵也沒有意願大規模獵殺。在他們看來，搶劫比獵殺野獸更劃算。那些被蒙古人殺死的百姓屍體，則將野獸們喂得更加膘肥體壯。
第二個威脅則是匪亂。雖然劉黑馬負責川西政務，可他根本管不住蒙古騎兵的劫掠行為。作為蒙古人中的相對開明的忽必烈聽取了廉希憲的建議，下詔禁止屠城屠村等濫殺行為，但這個詔令根本沒有得到執行。川西蒙軍的暴虐讓不少百姓落草為匪，也有不少地痞流氓搖身一變成為新附軍，做著亦兵亦匪的勾當。彭州新附軍守將秦麻子兵敗身死之後，其手下又重新回到了離州城百餘裡的九峰山為匪。他們不僅占據山中的銅礦，頻頻四處燒殺劫掠，甚至將霹靂軍一支三十人護衛小隊全部殺死，還焚毀了一個屯墾點，死傷了七十餘個屯民。