此事很快就從中西醫之爭，轉變為政治派係的鬥爭。
國黨元老派是支持中醫的，汪兆銘的國黨改組派反對中醫，而馮玉祥派係則持中立態度——衛生部長是馮玉祥的人。
最開始，藥材商人串聯全國總商會，以商界名義向政府施壓，想利用國黨元老的力量，攻擊主張廢除中醫的汪兆銘改組派，從而使馮玉祥控製的衛生部屈服。
國黨元老派順勢而為，借著商會力量對汪係改組派發起進攻，同時想要把掌控衛生部的馮玉祥派拉下馬。
擁護常凱申的國黨新政學係，在利益上跟國黨元老派一致，都想乾掉汪係改組派和馮玉祥派係。於是乎，一直互相敵視的上海商會和商民總會，這次居然聯合起來支持中醫。
神仙打架喲！
從這場中西醫之爭，就可以看出國黨內部的派係鬥爭混亂到什麼程度。
除了新政學係、改組派之外，還有以陳果夫、陳立夫為首的CC派。不過這次CC派坐山觀虎鬥，優哉遊哉的在旁邊看好戲，鼓掌大呼狗咬狗真精彩。
甚至連教育部都被牽扯進去，因為“廢止中醫案”的內容，包括不準中醫開學校，就算以前開的中醫職業學校，也必須改名為舊醫傳習所。
李石曾此時正在南京開全國大會，被南下請願的北大學生搞得焦頭爛額。結果各大中醫學會，也跑來找他請願，非讓他支持中醫不可。
李石曾鬱悶得想撞牆，老子連北大學生都還沒搞定，現在哪有能力幫你們搞中醫學校啊。
中醫和西醫在報紙上的論戰不斷升級，西醫斥責中醫不科學，是舊醫、是巫醫、是草菅人命。中醫數落西醫背棄祖宗，西醫吞並中醫，是醫學帝國主義，是賣國賊漢奸。
由於中醫的反抗太過激烈，而且規模鬨得太大，馮玉祥掌控的衛生部隻能出來和稀泥，宣布“廢止中醫案”雖然通過，但暫不執行，以後慢慢商量。
這場中西醫的論爭，遠遠還沒結束，至少要持續十年之久。
但西醫畢竟控製了政府機關，雖然沒有直接廢除中醫，卻各種暗中下手。比如，等中醫請願團離開南京後，教育部立即發出公告，通令中醫學校一律改稱傳習所。緊接著，衛生部通令全國中醫院改稱醫室，並禁止中醫參用西法、西藥。
特彆是第二條規定，把中醫現代化、科學化之路都封死了，中西醫結合也被完全禁止。導致中醫的第二次抗爭風暴，中醫藥界整天組織集會、抗議、請願、遊行、罷市、絕食，鬨得是烏煙瘴氣。
如今中國無法自己製造西藥，所有西藥全靠進口，因此藥價特彆昂貴，底層老百姓根本吃不起藥。政府這麼一搞，中醫又成天鬨事，連罷工都搞出來，導致許多老百姓有病難醫，甚至拿到藥方結果買不到藥材。
在21世紀廢除中醫，或許不會造成太嚴重的後果，但在民國時期，那簡直就是災難性的。
此時西醫和西醫院都太少，西藥又貴得離譜，沒了中醫的話，老百姓得病之後都等死嗎？
最搞笑的是，在廢除中醫一事上鬨得最歡的汪兆銘，他嶽母得了惡疾腹瀉不止，遍請西醫都無法奏效。最後隻能請四大國醫之一的施今墨出手，服用十劑湯藥便治好了。
中醫界逮著這個機會，寫文章說汪兆銘已經信奉中醫。汪兆銘無法反駁，對此新聞置之不理，一如既往的繼續呼籲廢除中醫。
周赫煊整天看報紙上的論戰，在無奈之餘，又覺得民國論戰真特麼好玩的。三天兩頭就要來一次大討論，大家圍繞著各種問題互相攻擊，那種思想和價值觀的碰撞，本身就帶著無窮魅力。