宇宙空間站。
正在值班的沈元氣，發現了300萬年一遇的黑子漂流。他的父親希望他元氣滿滿，所以名字才這麼有趣。
隨著地球自轉經過“太陽黑子區域”的黑暗物質時，宇宙會發生一些奇異現象。元氣為了救人，自身陷入了危險。
幸好遇到了某位大人！
被佐菲利用“光之國黑科技”轉化為宇宙人的沙福林，浪跡宇宙，順便救下了元氣。
在這起事故中奇跡生還的元氣，返回地球加入了hart隊，也稱“哈特隊”。
因為黑暗物質的影響，地球開始出現一些巨大化生物，這是地球首次出現怪獸。
是的，確實是第一次！
元氣與隊友奈奈，前去調查一個因為黑暗物質而變得怪異的礦洞，那裡麵孕育著即將蘇醒的礦脈怪獸。
一隻柴犬感應到危險衝了進去，小主人也追了進去。哈特隊員奈奈，開車前去營救，卻遭遇怪獸蘇醒暈在礦洞裡。
哈特隊前去阻止怪獸。
結果發現了奈奈的車，他們的行動遭遇了第一個難題，究竟是攻擊怪獸，拯救多數人呢？還是暫時放任怪獸，先救出奈奈與小男孩？
這還用考慮嗎？
身為光的戰士，元氣當然是先救人了。
在賽文21的幫助下，元氣成功變身為奈歐斯，救下了奈奈與小男孩，當然也包括那隻狗子。
劇情進展到這裡，其實就跟絕大多數奧特tv劇沒什麼區彆。
接下來無非是奧特曼大發神威，拯救萬民於水火之中，被當做英雄唄！
可事實並非如此……
奈歐斯初次登場，卻被哈特隊當成了敵人，認為他是和怪獸一樣的威脅，並遭遇了攻擊。
奈歐斯不能還手！
他隻能躲避來自隊友的進攻，然後費力不討好地消滅怪獸。
結果戰鬥過程中，不小心破壞了一處葡萄園，被匆匆趕來的果園主痛罵不止。
更難受的是……
元氣變身時，奈奈與小男孩都處於“暈厥”狀態，他們並不知道是奧特曼救了自己。
除了那隻清醒的狗！
哈特隊將這起“奧特曼打怪獸”的事件，定義為“狗咬狗”，雙方都是對“人類生存”有著巨大威脅的不明生物。
元氣據理力爭，可這隻是徒勞。
因為奧特曼與怪獸戰鬥時，破壞了大片葡萄園，如果不把鍋甩給奧特曼，誰來安撫“暴怒”的果園主？
讓哈特隊賠償他嗎？
很明顯，這不現實。
元氣想讓奈奈幫奧特曼說兩句好話，結果奈奈並不知道自己被奧特曼所救，拒絕了他的提議。
甚至還勸他，不要太天真。
“我們哈特隊，可是要為全體人類負責的機構。你連那個巨人叫什麼都不知道，憑什麼認定他對人類無害？”
“防人之心不可無，隊長這麼做也是為了人類考慮……”
奈奈的態度，讓元氣心灰意冷。
他甚至產生了，早知道會變成這樣，我就不會拚命去救她的想法。
直到小男孩出現。
牽著狗狗的小男孩，親手做了一個“奧特曼”麵具，戴在臉上和狗狗打鬨。
“他救了我！”
“這是福滿多告訴我的，奧特曼救了我，他是一個大英雄！”
福滿多是那隻狗的名字。
望著小男孩，元氣重新恢複了鬥誌。他並不後悔自己救人的選擇，暫時的誤會是可以消除的，他對此深信不疑。
因為，還有人相信他！
《奈歐斯奧特曼》的第一集，便在小男孩牽著柴犬離去的背影中結束。
但這一集掀起的風波，還遠遠沒有結束。
奈歐斯創下了多個記錄！
第一個有完整“新手教學”的奧特曼，第一個有明確“新手導師”的奧特曼，第一個被戰隊攻擊的奧特曼……
這些都是觀眾熱議的點。
網上吵得不可開交。
有人說，奈歐斯簡直太冤了。
明明救了兩人一狗，結果兩個人全是昏迷狀態，唯一能作證的狗，還不能張口說話。
還有那個果園主，雖然葡萄園被毀，但救人一命勝造七級浮屠的道理不懂嗎？隻顧著自己的利益，完全沒想過，如果奧特曼不來消滅怪獸，會有多少人因此殞命？
也有人為劇中角色辯解。
葡萄園畢竟是一生心血，也是維持一家人生計的重要產業，貿然被毀，誰不生氣？
有些人就是站著說話不腰疼，喜歡站在上帝視角看待問題。如果換成他家的產業被毀，沒準會比劇中的果園主更加生氣。
至於哈特隊的選擇，其實也沒多大問題。
畢竟人類沒有見過奧特曼，也沒有見過怪獸。你才第一次見麵，就能確定對方是敵是友了？
雙方吵得不可開交！
不過這畢竟是第一集，很多背景世界觀都沒交待清楚，大家爭吵歸爭吵，其實情緒也不是很激動。
但緊隨而來的第二集，卻徹底點燃了觀眾心裡的不滿。
《謎之黑暗物質》！
第二集講述了三個孩子，親眼目睹一座高塔在瞬間“拔地而起”，於是彙報給了哈特隊。
哈特隊不以為意。
但長官的孩子，就在那附近上學，所以長官指示哈特隊，一定要將這件事調查清楚。
哈特隊無奈，派出元氣與奈奈前去調查，象征性“糊弄”一下長官。
結果不出所料！
成年人的世界，通常隻有公司和家庭，誰會在乎這座城市，突然冒出一座高塔？難道你996加班不夠累，還有心思關注這些都市傳說？
奈奈斷言，這就是小孩胡鬨，刻意編造出的謊言。
她準備向隊長彙報。
但元氣覺得，這事沒那麼簡單。他獨自一人，前去高塔附近探查，結果還真有發現。
原來是薩姆星人搞的鬼！
正當元氣想出手時，神秘白衣女子出來了，原來她是賽文21的化身。
她告訴元氣，薩姆星人是一群愛好和平的宇宙人，他們的母星受到黑暗物質影響，逃到地球，準備利用黑暗物質進化重建母星。
薩姆星人的首領也出來了！
他向元氣表示，薩姆星人絕不為惡。一旦進化失敗，希望他能為自己料理後事，解決一些不該有的麻煩。
進化實驗一旦開始，便不可能停下，因為停下會對地球造成不良影響。
元氣選擇按兵不動。
可惜的是，薩姆星人的進化實驗失敗了，變成了凶殘恐怖的怪獸。
這時候，元氣也終於想起了自己被“沙福林”所救，獲得奈歐斯認可的記憶。
他變身迎戰薩姆首領！