1860年5月28日，李秀成進至高橋，連攻二日，不克。是夜雨起，秀成親率一軍，南下偷渡運河，越惠山繞攻西門；又遣一軍攻擊南門。
馬得昭急遣副將陳步高增援西門，飭請副都統色爾圖善增援南門，又遣都司鄭國魁、守備李鳳標增援高橋。
午後雨停，惠山忽為雲煙遮蔽，秀成遂令一軍攀緣山頂，居高臨下，轟擊西門。守軍驚潰，秀成乘機攻入城垣。
張玉良速退北門抵禦，然敗勢既成，獨力難挽，張玉良、馬得昭遁至蘇州，與江蘇巡撫徐有壬相商禦敵。
張玉良道：賊勢洶湧，吾等戮力同心，確保省垣。
馬得昭道：兵民皆以食為天，堅壁清野，不予賊逆一粒食糧。蘇州城西，閶門以外，所有民居，務必焚毀，以阻賊軍。
徐有壬道：就依鎮台言，吾即飭令姑蘇城外，閶門至寒山寺上塘街、閶門至虎丘山塘街、閶門至胥門南濠街，所有居民，即行裝裹；次令移徙；三令縱火。
是夜，傳兵誤傳，抑或城兵誤聽，竟致三令並行，霎時間，火光燭天，延燒十二時，南、北兩濠魚鱗萬瓦，儘為灰燼。居人挈資攜襆，鳥逐麇走，兒啼女哭，徹夜不絕。
徐有壬偕署按察使朱鈞登城觀瞻，朱鈞見狀，痛哭流涕。
徐有壬泣曰：吾安置不當，愧對姑蘇黎民，城垣破日，即吾死期！
蘇人李壽齡，親睹姑蘇城外，煙焰蔽天，三日不息，壽齡仰天哀泣：清軍十萬倉皇來，三日城門閉不開。撫軍下令燒民屋，城外萬戶成寒灰。健兒應募儘反顏，棄甲堆積如丘山。
6月1日，李秀成兵至蘇州，百姓來迎，皆呼：煩請大軍為民除害，同心殺儘張、和兩孽之兵。
2日，秀成即行總攻，二時辰後，候補道員李紹熙、蘇州候選知府何信義開門請降，秀成率兵入城。
蘇州城破，江蘇巡撫徐有壬投池自儘，署按察使朱鈞率眾巷戰，身受數十創，匿漆工家，消磨三日，自沉井中.
張玉良、馬德昭收拾潰殘，退往杭州。途中，德昭驟然墜馬；醫官查治，原是憂鬱成疾；玉良無奈，遣人護馬入川調理.
蘇州城失，上海岌岌可危，兩江總督何桂清接洽英國公使普魯斯，商談換約及護衛上海事宜。普魯斯堅持進京換約，否即啟開戰端。
桂清斟酌再三，疏曰：粵匪、外夷，禍亂中國，為今日計，唯有亟為安撫夷人，堅其所議。臣於上海，麵見夷使，勸以感激之心，絕其勾結之念，乘勢勸其助順剿賊。蓋兩害相形，則取其輕也。
鹹豐帝不聽何桂清辯言，以其棄城喪師，下詔革職逮治。旋又諭令：江蘇藩司薛煥，迎難而上，援常迅捷，著即署理欽差大臣，兼署兩江總督，實授江蘇巡撫，辦理五口通商事宜；夷使至滬，務必好言奉勸，換約通商；署理提督張玉良，屢失防地，著即革職留任；杭州將軍瑞昌，臨危無俱，力阻頑敵，著即總統江南諸軍。
薛煥接旨，飭令蘇鬆太道吳煦、蘇鬆糧道楊坊，會晤英法公使，商談換約、通商及護衛上海事宜。英法公使以“租界以外，保持最嚴格之中立”，拒絕出兵。
蘇鬆糧道楊坊道：美利堅人華爾，與吾熟，此人早年從軍，曾任官職，曆經戰陣，熟稔槍械，可廣施錢財，雇傭華爾，招募夷人，自成一軍，抵禦粵逆。
吳煦道：夷國領事執意中立，吾用夷人為兵，其間如有糾紛，該當如何？
楊坊道：夷國之雇傭兵製，似吾國之鏢局，隻要錢財管夠，生死兩不追究。吾曾為此問詢，法國公使曰：個人之私事，隻要無逆本國之律法，政.府無權過問。吾再詢英法公使，得其保證，速組夷軍。