饒廷選道：中丞大人菩薩心腸，末將佩服之至；亂世須用重典，不誅此廝，法度無以暢行！吾等亦無顏直麵浙江父老！
王有齡道：李秀成十萬逆匪，已將杭城團團圍裹。杭城形勢雄壯，地利險固，不患於守禦之無方，而患於米粟之不計。逆匪如此困城，不出一月，吾等皆亡；此時即誅張玉良，有何裨益？無如令其率兵出戰，或生或死，任憑天意。速傳吾令，廣西提督張玉良，速攜本部人馬，城外禦敵！
張玉良得令，疊次出攻，奮力而戰；然兵微將寡，屢屢铩羽。
11月21日，張玉良再戰，複敗而歸，回營途中，竟被城炮擊中右肋，嗚呼哀哉竟日，方乃殞命。
張玉良歿，其部自散。
王有齡怨氣衝天，怒謂饒廷選道：提台大人可有解困良方？
饒廷選道：可速請杭州將軍瑞昌率旗部助戰。去歲，賊圍杭城，瑞昌親赴錢塘門，副都統來純駐守武林門，皆戰至城破。
王有齡道：瑞昌積勞成疾，旗營事務已飭令副都統關福、乍浦副都統傑純打理。關福、傑純株守滿城，得過且過。閩兵自告奮勇，血書請戰，吾懸以重賞，如何？
饒廷選道：萬萬不可，城外逆匪多如牛毛，出城必死。固守待援，乃最好之選。探報，江蘇巡撫薛煥已派員解送軍資至乍浦；左宗棠率軍一萬，已入浙境；李元度八千安越軍，已攻至廣信、衢州一帶；吾已谘請沈葆楨，再勸曾國藩，務必親率湘勇，飛馳來援。
王有齡慘笑曰：上月吾複血書谘請，鵠候曾氏大援；曾氏可救吾等乎？求人不如求己，速傳吾令，所有福建兵勇，速至城外禦敵，事成之後，必有重賞。
饒廷選陰奉陽違，密令閩卒至天明齊集，放空槍而回。
曾國藩接求援血書，哀歎曰：遙望杭城，鞭長莫及，憂灼如何！
清軍堅守杭城兩月，糧食漸儘，王有齡諭藏粟家賑廩同食，猶不足遍給。又儘殺馬匹，分給每人肉二兩，米少許，然卒無補於饑者，有食人肉者，至於輾轉溝洫而後已，計一月內餓死者不下十餘萬人。
杭城餓殍遍地，人氣已散，李秀成屢屢射諭入城，無論軍、民、滿、漢，肯降者即活。
王有齡亦知城垣不保，冀令城門洞開，百姓可出。
瑞昌不許，道：棄民即棄城也。
王有齡萬念俱灰，痛哭流涕。
師爺勸：哭亦無用，吾等殉城，自乃本份；百姓殉城，大可不必。射書出城，谘勸秀成：杭城或破，勿傷百姓。
武林、錢塘、清波諸門清軍，數日不食，饑餓難耐，紛紛奪門而出，一發不可收拾。
譚紹光、陳炳文、鄧光明、郜永寬趁機掘地炸牆，一擁而入。
城陷之際，浙江巡撫王有齡上吊自裁，浙江提督饒廷選、處州鎮總兵文瑞力戰身亡。
李秀成顧念王有齡心慈，出資三千兩，厚殮之。
外城破，秀成督率大軍，圍攻滿城。秀成射諭勸降，並請旨天京，大赦滿人。
洪秀全接旨，思忖再三，允準赦免杭州投降之滿人。
秀全旨下，正自嗟歎，英國參讚巴夏禮英國海軍司令何伯求見，言欲與天朝合力，打倒清廷，平分中國。
秀全不許，道：朕爭中國，意欲全圖，事成平分，天下失笑，不成之後，引鬼入邦。
天王懿旨未至，眾將欲攻，秀成不允，發諭文曰：天國忠王秀成谘勸杭州將軍瑞昌，爾奉爾主之命鎮守杭城，吾奉吾主之命來取，各扶其主，爾我不得不由，言和成之事，免傷男女大小性命。願給舟船，爾有金銀，並行帶去，如無，願給助資，送到鎮江而止。滿洲之人過我大國為帝，此是天命而來，非而自成。滿待漢人其情本重，今各扶一君，兩不得已，存我之心而為此事也。
杭州將軍瑞昌不屑一顧，誓死不降。
李秀成乃令攻擊，瑞昌自知必死，投水而逝，副都統傑純、關福亦隨其後。城破，滿城之旗兵旗民，幾近全亡。
秀成占得杭州，即調米萬石，救濟災民；各貧戶無本資生，秀成複籌錢二十萬串，借其本而求其生，不索其利。
1862年1月7日，李秀成飭令主將鄧光明、天將童容海駐守杭州，秀成自率大軍，北進淞滬。