輔王楊輔清、護王陳坤書，亦以既定之策，分攻寧國、金柱關。
李秀成查觀戰局，複囑堵王黃文金、孝王胡鼎文，搜集戰船，密布固城、南漪二湖，進駐水陽、新河莊，截斷寧國鮑妖之糧路，橫格寧國、金柱關之聲氣。
太平軍壓境，曾國荃急谘鮑超、彭玉麟、楊載福：自夏秋後疫病流染，雨花台各營，無病者不過一二成隊，病者無數，死亡相繼，戰力頓減，難以製賊；鮑兄霆部更甚。值此艱難困苦之際，雨花台、寧國地方不宜再攻，穩守為妥；雪琴、厚庵二兄久駐舟間，染病略少，或可配合陸師，戮力反擊抵近金柱關之賊。
曾國藩聞知，心膽倶碎，急道：尚未與逆接仗，霆軍、吉軍即已病亡慘重。春霆谘稟，其部病達六千餘人，死者逾千，悍將黃慶、伍華瀚亦未幸免；沅甫曰，其部能戰者不足萬人。如此之勢，豈不一觸即潰。
趙烈文道：霆、吉二部並力一戰，退守蕪湖，依水師自保？
曾國藩道：萬萬不可，稍有風吹草動，退軍必潰。惟就現有兵力，專謀堅守，不圖出戰，或尚可為。
趙烈文道：金柱關一地，九帥之水陸圍擊之策，如何?
曾國藩道：楊載福外江水師、彭玉麟內湖水師，並金柱關朱南桂、羅逢元陸師，三部聯擊，可獲勝仗！
1862年10月6日，護王陳坤書領兵四萬，首攻金柱關。
彭玉麟督率水陸各部，接戰五場，力扼陳坤書之攻勢。
10月11日，堵王黃文金、孝王胡鼎文集船三百餘，抬船過東壩，密布固城、南漪二湖。
彭玉麟無懼，親率內湖水師迎擊。
陳坤書見機可乘，遂令大軍西趨，自後側擊。
彭玉麟兩麵作戰，漸有不支，急谘楊載福：賊每出隊則旗幟遍地，鮮明一二十裡，但我軍能守不能戰，賊死不足惜，前麵倒一排，後麵進一排。第恐相持日久，我軍精銳日減，亟需兄軍相援，猛戰猛勝數次，方挫逆鋒，可期其退。
楊載福聞訊，不敢怠慢，親率五營水師，傾出大勝關，加入戰團。
兩軍鏖戰，勝負不分，天黑各散。
曾國荃亦懼糧路被截，飛囑彭玉麟等：金柱關得失，是為至要大局，關係匪淺，務望堅忍守此數壘，以全南岸之大局。