賴、張二撚皆滅，兩宮喜泣，速諭內閣，賞還李鴻章黃馬褂、雙眼花翎，賞加太子太保銜、協辦大學士，補授湖廣總督；賞加左宗棠太子太保銜，撤銷曆次處分，與丁寶楨、英翰等一並交部照一等軍功議敘。
左宗棠接旨，甚忿，不以淮軍殲賊為然，亦不上奏請功，以生要見張賊宗禹之人死要覓張賊宗禹之屍，督軍四出，多方搜剔。
李鴻章怒氣衝天，致函曾國藩：此次張撚之滅，天時地利人和實兼有之，袛一左公齕到底。其人阿瞞本色，於此畢露，不知胡文忠公當日何以如許推重也。
鴻章函罷，複再上疏：撚逆倡亂已曆十數年，雖未多據城池，其善攻善守亦不及粵匪，而剽悍善戰實過之。
現任大學士兩江總督曾國藩接辦年餘，謀定後戰，雖未立見速效，而長牆圍製之策，實已得其要領，臣得變通儘利以竟全功，實自曾國藩開之。且自回任後，事事與臣和衷共濟，籌餉籌兵不遺餘力，忠懇之誠無間去留。
現幸仰托聖主威靈，中原底定，可否分彆加恩以慰忠藎？此外凡剿撚以來文武大員，諸色官吏，因公犧牲，為國捐軀，沒於王事者，可否飭部查明一律推恩，用廣皇仁而作士氣。
慈禧太後接奏，道：曾國藩籌辦淮軍後路軍火，俾李鴻章等克竟全功，加恩賞賜曾國藩一雲騎尉世職，著交部從優議敘。
恭親王奕訢道：洪逆荼毒江南十餘載，掠奪無數；金陵城破，卻無一絲資財，市井小兒，亦知其中蹊蹺。
慈禧太後道：發、撚二逆完滅，論功行賞，曾國藩獨占鼇頭；速諭內閣，曾國藩著調補直隸總督，兩江總督著浙江巡撫馬新貽調補；李鴻章宜速進京陛見，再行赴任湖廣總督一職。
慈安太後道：馬新貽雖隨袁甲三剿撚，然戰功平平，可否震懾伏莽？
奕訢亦道：馬新貽資曆平直，恐難赴任兩江；同治四年，曾國藩力阻吳棠督任兩江，此次必定複阻。
慈禧太後道：直督乃疆圻之首，曾國藩婉拒萬難；馬新貽赴任兩江，投石問路之舉，本宮且觀各方角逐。這兩江督任，彭玉麟乃最佳之選，無奈此人一辭安徽巡撫，再辭漕運總督，複辭兵部侍郎；彭以寒士始，又以寒士歸，一意思歸，孰能奈何？
慈安太後道：既如此，即下諭旨，且觀各路大員作為。
慈禧太後道：發、撚皆滅，太平之世，無須打打殺殺；速傳馬新貽進京陛見，本宮要麵授機宜。另，曾國藩上疏，東西撚股一律肅清，湘、淮各軍亟應趕緊裁撤，以節餉需而紓民困。傳旨李鴻章，進京麵聖之前，先行奏請裁撤淮勇事宜。
曾國藩接旨，亦多感慨，致書李鴻章曰：自去秋以來，波瀾迭起，疑謗不搖，寵辱不驚，卒能艱難百折，了此一段奇功，固自可喜，德力尤為可敬。此次北就疆圻，責重任巨，憂喜疊加。
李鴻章接書，回曰：恩師如晤，發、撚皆滅，鳥儘折弓，茲將裁軍事宜函告恩師，祈求恩師匡正。江淮諸軍，大部裁撤，惟留劉銘傳一軍駐紮畿南之張秋鎮，衛戍京畿；郭鬆林之武毅軍，裁減至五營，以備亟需；潘鼎新、周盛波兩皆執意開缺省親，吾意潘之鼎軍從左帥剿匪，周之盛軍隨吾入鄂，奈何世事難以兩全，權且成人之美；恩師告誡，家門盛滿，盈則虧，鶴章、昭慶退居人後，歸隱故裡，亦為圓滿；周盛傳督率盛、傳二營隨吾入鄂，屆時途經金陵，再請恩師垂詢。
西撚軍完滅，朝廷賞賜甚優，左宗棠悶悶不樂。
劉鬆山等一再懇勸。
左宗棠道：剿除張撚，乃吾皇恩賜極大之重任，奈何屢失戰機，到頭卻為他人作嫁衣裳。
劉鬆山道：戎馬倥傯，戰事無常，左帥已儘全力矣。
左宗棠道：以河圈製，遊師追剿，本吾與李鴻章既定之策，然李氏以統軍之權，儘遣淮人角逐，吾師惟有作壁上觀，望賊興歎。吾非伸秦師而抑淮勇，然李氏前後所為，確屬好大喜功，矯揉造作。
是日，左宗棠再奏：伏思逆撚乘冰橋過山西，臣疏於籌劃思謀，咎無可辭；追賊於山西、河南交界，未能早日完事；待賊逆竄擾山東，窺探天津、直沽，臣且防且剿，又未能於限定之日殲滅逆賊，臣之調度無方，已可從中窺見一斑，伏乞皇太後皇上收回成命，則臣稍收憂憤之心。
兩宮接左宗棠奏章，又諭：左臣千裡追剿，勞苦功高，著毋庸議。陝甘軍務緊要，左臣宗棠務必統率劉鬆山、郭寶昌、喜昌等軍，由晉渡河入秦，節節掃蕩鄜州、延安、綏德、榆林等處茴匪；左臣入秦之前，先行進京陛見。