毅軍統領宋慶謂徐占彪道：肅州城內外，茴匪可多？聽聞上月徐統領與茴接戰，茴目馬文祿挖人之心祭旗，馬文祿暴戾，淩遲寸磔，亦不解恨矣！
果勇營統領徐占彪道；塔爾灣破，白彥虎殘部逡巡不前。肅州城內，尚有阿古柏三千纏茴、馬鎮國二千土茴及馬文祿三千殘部。茴目馬文祿，原乃鎮標都司，其人善使叉子槍，三百步外，無發不中。
副都統金順道：左帥自造之七響後膛槍，可擊五百步之遠；馬文祿死期至矣！東關與肅州唇齒相連，欲破肅州，先破東關。吾之炮利，開花大炮、劈山炮、克虜伯後膛炮並力轟擊，一勞永逸。
5月28日，鄧增炮隊百炮齊射，連轟七日，炸毀東關城牆、城堞數十處，各路清軍一擁而入，攻占東關。
東關失，肅州門戶大開，徐占彪、宋慶、金順、楊世俊等迅即結壘立營，築台安炮，挖溝掘壕，圍城困敵。
白彥虎見勢不妙，即舍肅州，打馬西竄。
馬文祿亦知劫數難逃，屢欲棄城而走，奈何城外營壘林立，遍地皆兵。
6月6日，清軍槍炮齊放，悍然攻城；連擊兩月，遺屍千餘，分毫未進。
宗棠聞訊，親臨督戰。
眾將士益奮，奮不顧身，遊擊張林、參將楊世俊先後戰死。
肅州城內糧資亦已耗儘，馬文祿進退不能，不勝其煩，遂大殺三日，屠城泄憤。
宗棠驚，急召眾將，道：肅州城垣雖堅，月內務必擊破！結寨浚壕、增兵困圍、掘地炸牆、炮轟潰城，皆乃破城之方。劉錦棠至，攜手諸公，拚死一搏。
九月初十，劉錦棠率兵2000，洶洶趕至。
歸降茴目、旌善營營官崔偉上言：啟稟劉將軍，圍城半載，肅州糧資耗儘，城內人相食也！標下以為，城內人心已惶，再無戰意。標下即率輕騎百餘，繞城呐喊，亂其心誌！
是日，崔偉等繞城狂呼：肅州將破，馬文祿死期至矣，諸位善自為謀！
外音嘖嘖，聽者有心，忽有百餘穆兵，荷槍實彈，直入轅門，將那馬文祿一眾茴目，裹挾捆綁，押赴左宗棠行營。
馬文祿拜過宗棠，道：啟稟大帥，吾等甘心投誠，願率眾將，關外平叛，將功贖罪！
宗棠道：本爵大臣提兵三萬，爾茴偕兵七千，兩軍對壘，戰則戰耳，死則死矣！是乃生死有命。然爾等窮途末路之際，肆意殺戮兩萬手無寸鐵之贏弱百姓！可有天理？爾等已無天良，爾等不死，蒼天蒙塵！速傳本爵大臣令，肅州城內所有茴目穆民，全皆誅殺，寸草不留！
肅州得，甘隴平，同治帝甚喜，迅諭：左宗棠剿匪功高，著授協辦大學士，一等輕車都尉世職。金順，加恩開複革職處分，賞還黃馬褂、花翎清字勇號。提督宋慶，尤為奮勇，著賞戴雙眼花翎。劉錦棠直搗金積堡，功不可沒，著賞一等輕車都尉世職。詹事府詹事袁保恒，籌措軍餉，始終無誤，著賞給頭品頂戴。