這是真正發動煉金術煉成一種物質的第一個步驟——黑化。
它象征著萬物的死亡與消亡，即殺死一切物質。
黑色象征著起初的混沌狀態，或者叫原初物質，也有很多煉金術士將黑化階段的產物看作第一原質，認為它可以生成任何物質。
在煉金術士看來，世間的諸多物質都是複合物，而非單一的某一種物質。
因此煉金術需要將原材料都打碎、殺死，讓他們回歸原初。
這也就是萬物歸一的那個一，單一、無形的、不可再分的物質，可以說萬皆源於此、同時也回歸於此。
而在有了黑化的原質之後，便需要使之化合，這一步則被稱為白化。
也就是讓黑色的原質染上顏色，即陽性物質和陰性物質通過神奇的親和力進行化合，通常是使用諸如砷或汞，通過“酵素”或“銀種”與黑化後的混沌物質的熔合來實現。
當然，對於珀菲科特來說，這一步她不需要添加任何物質，因為賢者之石已經支付了代價，替代了這一步中需要添加的物質。
因此，她也就得到了最純粹的白化產物，一團如同白銀一般的白色物質。
到了這一步，便可以繼續在這一團化合物中再加入黃金，使之黃化。
播下“黃金的種子”，或者說加入“黃金的形式”，導入黃金的靈氣。
這一過程就像是發酵麵團一樣，黃金的種子就像是催化劑，去除白色物質當中的雜質，使其得到淨化。
在實現了黃化之後，便是使物質升華，這一步也是煉金術的最終步驟，被稱之為紅化。
達到這一步的物質通常被認為完成了偉大的升華，這是煉金術最神秘、最難也是最關鍵的階段，紅化的結束代表著偉大工作的完成，賢者之石的誕生。
也正因為如此，對於一般的煉金術士來說，他們所能夠做到的僅僅隻是白化。
即在殺死物質之後，獲得新的化合物。
強大一些的煉金術大師可以實現黃化，即將物質中的雜質去除，使其得到淨化，並且獲得一個最終穩定的產物。
因為通常來說，煉金術士們認為黃金是最穩定的物質，所以黃化的這一步也往往被稱之為點石成金。
隻有真正最強大的煉金術士，才能夠使物質完成最終極的升華，通過紅化使物質成為完美的賢者之石。