得知兄長犧牲消息後，秦良玉製一千多件冬衣，配送給遠在遼地的石柱兵。
然後，她自統三千精兵，直抵榆關布防(今山海關)，控扼滿州兵入關咽喉。
明廷兵部尚書張鶴鳴為此專門上奏天啟帝，追贈死難的秦邦屏都督僉事，立祠祭祀。
不久，明廷又詔加秦良玉二品官服，封誥褒獎。
時值重慶內亂。
永寧土司奢崇明借奉詔援遼的名義，率數萬人馬與其女婿樊龍裡應外合占據了重慶，並發兵圍攻成都，大有關門做皇帝的意思。由於同為“土司”鄉親，奢崇明派人攜大筆珍寶來石柱與秦良玉“通好”。
秦良玉二話不說，立斬賊使。她派遣秦邦屏及其二子溯流西上，度渝城後，忽然抵至重慶南坪關，扼製賊兵歸路。
趁天黑敵軍無備，“白杆兵”突襲賊軍駐於長江和嘉陵江上的水軍，儘焚其舟。
同時，秦良玉分兵守忠州，馳報夔州官軍密防瞿塘天險，阻遇叛軍沿江東下。
正是由於這位女中丈夫的調度有方，奢崇明叛軍終於難成氣候，出戰即敗。
川地底定之後，鑒於作戰中明朝官軍的“熊包”表現，秦良玉上書奏稱：“臣率(秦)翼明、(秦)拱明(她的兩個侄子)提兵裹糧，累奏紅崖礅諸捷。
而(明朝官軍)行間諸將，未睹賊麵，攘臂誇張。
及乎對壘，聞風先遁。
敗於賊者，唯恐(彆)人之勝;怯於賊者，惟恐(彆)人之強。
如總兵李惟新，渡河一戰，敗衄歸營，反閉門拒(見)臣(秦良玉自稱)，不容一見。
(李惟新)以六尺軀須眉男子，忌一巾幗婦人(自稱)，(其)靜夜思之，亦當愧死!”疏上，由於明廷正需石柱這樣的地方力量，天啟帝“優詔報之”，並下令文武大吏對待秦良玉皆要以禮相待，不得疑忌。
感動之下，秦良玉更加為明廷賣命，其弟秦邦屏不久即在陸廣做戰中戰死沙場。
崇禎三年(1630年)，皇太極攻榆關不入，便率十萬辮子軍繞道長城喜峰口入侵，攻陷遵化後，進抵北京城外，連克永平四城，明廷大震。
秦良玉得到十萬火急的勤王詔書之後，即刻提兵赴難，星夜兼程，直抵宣武門外屯兵。
當時，聞詔而至的各路勤王官軍共二十萬有餘，但都畏懼滿洲兵的狠武，無人帶頭出戰。
秦良玉“白杆兵”人數雖然僅有數千，但一直為滿洲兵所忌憚。
昔日渾河血戰，讓大辮子們再也忘不了這些身體矮小手持超長銳矛的士兵。
因此，“白杆兵”呐喊衝殺之際，滿洲兵心自發怯，加上明軍中又有孫承宗這樣的老將作配合，最終迫使皇太極連棄灤州、永平、遷安、遵化四城，撤圍而去(山海關未能攻下，也是滿洲軍撤兵原因，他們怕日後遭首尾截擊)
崇禎七年(1634年)，張獻忠賊軍破夔州(今重慶奉節)，進圍太平，秦良玉提兵趕至，賊寇懾於秦良玉及其手下“白杆兵”威名，蒼惶逃走，川東大定。
崇禎十三年(1640年)，羅汝才賊部進入巫山，為秦良玉阻遏。
於是，這位綽號“曹操”的黠賊突然進攻夔州，又被秦良玉率兵擊走。
不久，秦良玉率兵在馬家寨邀擊賊軍，殺其驍將“東山虎”，斬首六百餘級。然後，秦良玉乘勝，與明軍在譚家坪、仙寺嶺連敗賊寇，奪得羅汝才主師大纛，並生擒其副手“塌天”。
數役下來，秦良玉部斬賊兵近萬，獲甲仗馬騾無算，賊屍橫陳遍山穀。
秦良玉一心為國，率三萬石柱精兵抵至夔州。
邵捷春令她把部分士兵移近重慶，與附近守將張令相倚為聲援。
不久，劭捷春又抽調一萬五千石柱兵，進入重慶與官軍共同把守堅城。
秦良玉深知邵捷春之策甚愚，但她又不敢違背命令，就對路過自己軍營的綿州知州陸遜之表示：
“邵公不知兵，其移我部兵自近，而派張令守黃泥窪一帶，甚失地利。賊軍盤踞歸、巫眾山之巔，俯瞰吾軍營壘。倘若他們自上而下，乘勢使氣攻擊官軍，張令部必敗。張令一敗，次必及我部軍。我部軍一敗，誰又能救重慶之急?”
陸遜之大驚，問策之所出。
秦良玉言：“邵公此時，絕不能坐防堅城，應先發製人，與賊軍爭山奪險。”陸遜之立即把消息轉告給邵捷春。邵巡撫倒是知錯就改。可惜晚了一步。
張獻忠賊軍於十月五日在土地嶺(今重慶奉節草堂鎮)率先向窩裡鬥的明朝官軍發動進攻，一天內即殺明軍五千多人。
次日，張獻忠手下白袍小將張玉兒(編輯者注：即李定國)當陣射殺號稱“神弩將”的明軍老將張令，乘勝把明軍殺得一敗塗地。
不僅張令一軍儘覆，秦良玉手下三萬多“白杆兵”也全軍覆沒，致使最後秦良玉僅單騎逃返重慶，遭遇其平生未有之慘敗。
此役過後，楊嗣昌圍來賊軍於川地的“圓盤戰略”完全破產，川鄂交界地帶三十二隘口儘陷於賊，蜀中大亂。
損失如此慘重，秦良玉並未灰心喪氣，她對川撫邵捷春說：“事態危急，可以儘發溪峒兵卒，人數可達三萬，我本人出資出糧可供餉其中的一萬人，朝廷供餉另外一萬人。如果布置妥當，應該還能與賊寇周旋。”
邵捷春低頭，良久不言。時勢至此，這位文人守撫已全然死心。
劭捷春最終婉言拒絕秦良玉提出的計劃。秦良玉歎息而歸。其計不用，自然全川潰爛不可收拾。
張獻忠賊人蹂躪各外，殺人無算，四川廣大地區人民陷入了地獄般的苦難。
而邵捷春本人，自然難逃罪責，不久被逮入詔獄，仰藥自殺(與陷害他的楊嗣昌一個死法)。
三年多後，公元1644年，李自成攻入北京，崇禎帝上吊自殺。消息傳來，深受明恩的秦良玉服孝痛哭，幾次昏絕，哀動左右。
張獻忠流賊此時儘陷楚地，又向四川殺來。
秦良玉向當時的四川巡撫陳士奇呈獻《全蜀形勢圖》，希望官軍能增兵堅守蜀地十三處險隘。
陳士奇不予采納。秦良玉不死心，又推心泣血地向四川巡按劉之勃建議，劉巡按倒是同意她的計策，但他本人手中無兵可發。
張獻忠巨賊數十萬長驅直犯夔州。
秦良玉馳援，由於眾寡太懸殊，兵敗而去。她的失敗，標誌著蜀地的淪陷。
張獻忠相繼攻克萬縣、重慶、成都，並在當年年底稱帝，建立“大西”偽政權。張獻忠占領蜀地，隻有遵義、黎州及秦良玉的石柱地區未歸於"大西"。
懾於秦良玉威名，張獻忠部無一兵一將敢於入犯石柱。
投降張獻忠的明朝官員屁顛顛向各地土司送去偽政權印信，各地土司大多畏懼接受。
秦良玉接到印信，馬上當眾毀之，慷慨言道：
“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱婦蒙國恩二十年，今不幸至此地步，怎能以殘餘之年以事逆賊!石柱一地有敢從賊者，族誅之!”
不久，又有噩耗傳來，秦良玉獨子馬祥麟先前被明廷征調到湖廣禦敵，戰死於襄陽。
死前，他給母親寫信：“兒誓與襄陽共存亡，願大人勿以兒安危為念!”
見兒子絕筆血書，秦良玉淚下如雨，心如刀割，但她乃大義婦人，提筆在信紙上寫道：“好!好!真吾兒!”
秦氏、馬氏二族，可稱上是二門忠烈，數年之間，死於國事者甚眾。
滿清占據北京後，殘餘的南明政權相繼有弘光、隆武、永曆數帝，秦良玉皆與之保持聯係。但山長水遠，秦良玉本人年逾古稀，不可能再有較大作為。
1648年，在西南顛沛流離的南明永曆帝派人加秦良玉太子太傅，授“四川招討使”。
久臥病床的一代女豪傑，聞之瞿然而起，拜伏受詔，感泣道：“老婦人朽骨餘生，實先皇帝(崇禎)恩賜，定當負弩前驅，以報皇恩!”
可惜的是，幾日之後，秦良玉就因病重抱恨而終。
其孫馬萬年把奶奶葬於回龍山，墓碑題文可彰示這位女中丈夫不屈的民族氣節和赫赫功勳：
“明上柱國光祿大夫鎮守四川等處地方提督漢土官兵總兵官持鎮東將軍印中軍都督府左都督太子太保忠貞侯貞素秦太君墓”
【人物成就】?
明朝末年，清軍的入侵和農民的暴動使得社會形式動蕩不安。
督師孫承宗因受到朝中大臣的彈劾，被迫精兵簡將，而用於防備清軍入侵所修築的關錦防線也被新上任的督師高第破壞。
孫承宗用解了京都之圍後被再次啟用，於是到遼東準備修複大淩河，邊關重地可能隨時