後來楊鶴外出管理兩淮鹽務，巡按貴州。當時貴州跟烏撒接壤，烏撒距離四川南部的敘州有一千裡，很難管製；而效良的父親紹慶又占據著沾益州，這兩處地方都是四川、雲南、貴州的咽喉地，於是楊鶴奏請把烏撒割出，歸入貴州，這樣距離近好管一些，可以消除後患，朝廷討論時竟然決定不下來。由於貴州的土地、戶口、貢賦等都沒有賬目可查，於是楊鶴傳令宣慰安位把情況都登記注冊，連同首領、目把、主名，承襲的源委，都上交給了有關部門，從此以後貴州的簿牒才明朗化，有弄虛作假的情況也容易查對了。事後，楊鶴不等朝廷批準徑自回鄉去了，很久以後才回朝。
楊鎬的四路遼東軍戰敗後，楊鶴推薦熊廷弼、張鶴鳴、李長庚、薛國用、袁應泰等人，並且上書分析了遼東軍事戰敗的原因，由於楊鶴的說話太直，受到當時大官的討厭，大官們打算借彆的事把楊鶴趕走，楊鶴於是自己稱病離開了。正好楊鶴父親去世，依律楊鶴居家守喪。天啟初年，朝廷起用楊鶴為太仆少卿，又提升為右僉都禦史，讓他去巡撫南安、贛州。尚未上任，母親又**，廣寧的戰事遭失敗，魏忠賢因為楊鶴庇護過熊廷弼，把他給除了名。
崇禎元年(1628年)，出任左僉都禦史，又提升為左副都禦史。楊鶴便提出了自己的建議，他稱：“謀求天下大治的要領在於培植元氣。朝廷進行大規模戰爭、兵役以來，經常不斷地對下邊進行加派，目前公私財力交困，百姓的元氣受到了傷害。自從遼左、貴州、四川兵敗失控後，暴骨成丘，封疆的元氣受到了傷害。自從朝廷裡縉紳結黨，彼此傾軋以來，謀逆的宦官乘機出來，打擊好人，士大夫的元氣受到了傷害。現在的國家就如同大病初愈，身上脈絡還沒調養好，風邪病毒容易侵染，治理的辦法在於培植元氣。”當時人們把他的這些話當成了名言。
當時，白水有一個叫王二的人出來糾集群眾，用墨汁塗了臉，闖進澄城，殺掉了知縣張耀采，至此其他盜賊也蜂擁而起。第二年，陝西總督武之望死掉，很長時間廷臣都沒人肯去接任，大家都推楊鶴過去。崇禎皇帝召見楊鶴，向他詢問治理方略。楊鶴回答說：“清慎自持，撫恤將士而已。”崇禎於是任命楊鶴為兵部右侍郎，讓他接替武之望總督陝西三邊軍務。楊鶴到任時大梁、大旺、王二已被鏟除，但是跟著起來的賊寇更多了。
接任總督後，王左掛等攻打宜川，被知縣成材打退，轉攻韓城，韓城官軍沒有將領，楊鶴任命參政洪承疇領兵抵禦，俘獲、斬殺了三百多人，韓城之圍解除了，賊兵前往清澗。楊鶴接連上書朝廷請讓各位大將返回駐地，沒有