彈丸之地的香港注定沒有那麼完善的基礎設施，能供林孝智拍出原作中的主角與他老爹決戰時的那一出火車上的精彩槍戰。
不過林孝智過去幾十年也不是白活的，兩世為人閱過無數銀幕經典的他很巧妙地來了一個老戲重唱，用一出幾乎與狄龍飾演的超級刺客‘x先生’出場時一樣卻更加驚險刺激的高樓槍戰戲，巧妙地解決了這一問題。
當銀幕上，主角與他老爹在進行了一番槍戰之後，先後飛躍兩座高樓大廈，主角因為技弱一籌險些跌落下樓，關鍵時候還是被他誤以為是殺父仇敵的老爹伸手抓住了他，才免得他摔個粉身碎骨。被認定的‘殺父仇人’救了性命，再一聯想自己跟他的幾次衝突中，對方也從未對他下過死手，即使主動先開槍也莫不都是把目標對準自己身邊同行的銀狐，這無疑令楊林心中起了懷疑。
更令他感到驚疑地是，那個被他認定為是殺父仇人卻在剛剛救了他的家夥，卻突然在此時開口告訴他，他被教授跟墨者的人騙了，他才是楊林真正的父親。
還沒等驚愕的楊林反應過來質疑呢，突然間不知道從哪裡打來了一發黑槍，目標竟然是他。那人在看到他會因為來不及躲閃而送命時，居然大喝一聲跳起，將他往大廈下麵的一層樓層的窗戶扔去，同時自己則因為躲避不及，被那一顆在關鍵時刻轉了彎的子彈，準準的擊中了心口。在楊林驚愕的眼神中，這位曾是‘墨者’最好刺客卻又在剛剛告訴他是他的親生父親的男人身子一軟便從上百米高的大樓之上跌落下去。
這無疑是林孝智的又一個改動，歐美文化提倡‘以人為本’、‘英雄主義’，所以歐美銀幕之上不乏弑父殺兄的惡黨、耍橫賣強的流氓之類的主角。不過顯然在飽受儒家文化幾千年影響的亞洲尤其是東亞、東南亞、東北亞地區，一個親手殺死了自己父親的人是斷然不可能為現在的觀眾所接受，光是廣電那一關就難過去。
好在按照港片一貫的模式稍作修改也不算突兀，雖然連他自己也感覺到了，這麼修改比他腦海中的版本失色不少！
楊林越想越感覺疑惑重重，而還沒等他反應過來呢，卻突然發現身後居然多出了一個人來，正是在之前的戰鬥中‘受了傷’，而被他安置在數十米外的另一棟大廈內的銀狐。
越來越懷疑一切的他乾脆開口向銀狐逼問起來，卻沒想到銀狐居然承認了剛才中了一槍跌下樓的很可能已經被殺死的真是他的親生父親，而銀狐也承認了剛才是她開的槍，並且重新把槍口對準了他，直白地告訴楊林隸屬墨者的那台據說代表著‘天意’的織布機上，他們父子倆的名字全都在上麵。
銀狐想要殺了他，而剛剛經曆過一場大戰，如今又知道了自己竟然無知的淪為彆人手中的工具，被人利用間接殺死了自己親生父親，儘管從小到大就從未感受過父愛的滋味，但楊林還是既惱怒又悔恨。乾脆在銀狐的槍口威脅下，一躍從百米高的大廈上跳了下去，人還沒掉到樓下呢，便因為身上的傷口失血過多而昏了過去，再等到他醒來時，就發現自己躺在了一件破舊的出租屋內，被一個自稱是他父親好友的老人救了下來。
從老人那裡得知了一切的真相，同時也知道了‘墨者’這個存在了數千年的殺手組織，自誕生之初便借‘天意’，暗殺了一個又一個的嗜殺成性的惡人、殘忍的軍閥、暴君與邪惡統治者，原本一直都是個正義感十足的以維護和平跟國家統一為目的的組織，隻不過?古以來為了保密，這一真相一直都隻有組織的領導者才知道。
但‘教授’卻在二十年多前接管了‘墨者’的之後，開始利用其為自己服務，在繼續暗殺毒販、不法者的同時，也為了金錢跟權勢殘害了不少無辜的生命。而楊林的父親正是在無意中發現了他的秘密，才選擇了退出‘墨者’並開始與教授產生衝突，最終被教授借他之手除掉。
得知了這一真相並且從老人口中知道了他的父親希望他能作為一個普通人而平凡的活下去，並不希望他為自己報仇或者去跟教授死拚。但心中的正義感以及對自己間接害死了父親的悔恨，還是令楊林做出了自己的選擇，待身體複原之後，準備十足的他便單槍匹馬地殺到了‘墨者’的老巢……
電影頓時進入了最高潮的一幕，楊林利用之前在‘墨者’受訓時學來的各種戰鬥技巧，尤其是那據說隻有超級刺客才能學會的‘槍鬥術’，仿佛開了外掛一般酷炫至極地大肆屠殺‘墨者’的眾多殺手們，留下了一幕幕堪稱近年來香港最刺激的一幕槍戰戲。最終當他當著幾名王牌刺客的麵揭穿了教授的真麵目，卻被教授巧妙地利用人性令楊林陷於不利之中。
正當他惱怒之時，卻沒有想到之前還被他暗恨殺死了自己父親的銀狐，意外地選擇了站在自己這邊，並用為主角打出了一發最精彩的子彈轉彎絕技，不但殺死了似乎意動準備繼續站在教授那一邊的幾位墨者的王牌刺客，同時也埋葬了自己，為過去自己誤信教授而可能殺死的那些無辜之人賠上了自己的性命。
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