聖曆元年（698年），武承嗣因為做太子的幻想徹底破滅，憂憤而死。
酷吏來俊臣也沒好下場，比武承嗣死的還早一些。
他無賴出身，善於告密，得到武則天信任，先後任侍禦史、禦史中丞、太仆卿，組織數百名無賴專事告密，設立推事院，聯合黨羽朱南山等撰寫《羅織經》，製造各種殘酷刑具，大興刑獄，采取刑訊逼供手段，任意捏造罪狀致人死地，大臣和李唐宗室遭到枉殺滅族者達數千家。
後來來俊臣竟企圖陷害武氏諸王、太平公主、張易之等武則天最親信的人物，誣告皇嗣李旦和廬陵王李顯謀反，遭到衛遂忠告發。
萬歲通天二年（697年），武氏諸王與太平公主等乘機揭露來俊臣種種罪惡。武則天下令處死來俊臣，將其酷吏黨徒全部流放嶺南，延續十四年之久的恐怖“酷吏**”宣告結束。
聖曆三年（699年），沈佺期被武則天選中修撰《三教珠英》，升職為正六品上的通事舍人，沈佺期的文學特征也開始有了些變化。
“彩樓大戰”，沈佺期隻因自己的詩結尾不夠陽光，輸給了宋之問。然而，細品沈佺期詩集中的句子，其實比宋之問要強。
以刻板著稱的應製詩，和蘇味道、李嶠他們相比，沈佺期的詩，讀起來也是有美不勝收之感，像《人日重宴大明宮賜彩縷人勝應製》這首詩，其中“山鳥初來猶怯囀，林花未發已偷新”，語法就十分活潑，“偷新”兩字尤其生動。後來《紅樓夢》中林黛玉有“偷來梨蕊三分白”一句，這一“偷”字想必就是從沈佺期這裡“偷”來的。
這一時期，武則天帶著二張和一群“珠英學士”們四處遊玩，沈佺期也在其中，寫下了《從幸香山寺應製》、《嵩山石淙侍宴應製》等眾多應製詩。
聖曆三年（700年）五月，武則天在嵩山石淙河這一景區建了座三陽宮，宴樂之餘，她親自寫了一首《石淙》詩，於是李顯、李旦、武三思、狄仁傑、張易之、張昌宗、姚崇、李嶠、蘇味道、崔融等人紛紛應和，沈佺期也位列其中，可見他當時是何等受恩寵了。
沈佺期在《從幸香山寺應製》中寫道：“南山奕奕通丹禁，北闕峨峨連翠雲。嶺上樓台十地起，城中鐘鼓四天聞。旃檀曉閣金輿度，鸚鵡晴林采眊分。願以醍醐參聖酒，還將隻苑當秋汾。”
因修書有功，一批官員被升職，沈佺期也於長