正常的完整的一顆核桃，如果掉入水中，漂浮在水麵上，那麼，當核桃穩定下來後，核桃的芽眼的位置，一定是在核桃的一側。芽眼與核桃尖兒組成的一條直線，是與水麵接近平行的，如果核桃在水中搖晃，那麼一般都是圍繞這條軸線旋轉。
當螞蟻們鑽開芽眼，將之作為核桃船唯一的出入口之後，這樣一個漂浮狀態，就會導致出入口距離水麵太近，稍微有點風浪，就會讓船隻進水，這對船隻和裡麵的船員來說是致命的。
螞蟻們沒有什麼有效的排水手段，一旦積水過多，船隻自重大於浮力，核桃船就會沉沒。而積水本身也會對不喜歡水的螞蟻造成威脅，一滴水珠都可能要了螞蟻的命——螞蟻們一旦唄水珠困住，就很難擺脫水膜的表麵張力。
在平靜水灣裡的試航行中，就暴露了這個容易進水的隱患，好在水灣比較平靜，附近又有大量螞蟻照應，試驗船上才沒出現什麼損失。
想要避免進水，就要讓出入口遠離水麵。人類世界的船隻，無論是帆船還是後來的蒸汽動力船，通往船艙的通道都是開在甲板上衝向天空的。
主角也想借鑒這個設計，不過這就需要改變核桃在水中的重心，才能讓核桃在水中“倒立”起來。
辦法倒也簡單，在核桃內部核桃尖兒的位置，放置並固定一些壓艙石，就能讓核桃在水中保持“倒立”的芽眼衝天的姿態。而且壓艙石也能在一定程度上保證核桃船的姿態穩定。
在試裝了一些壓艙石並用蟻膠固定在船內後，螞蟻們還按照主角要求，在核桃船朝上的出入口上方，用木材等搭建了一個鬥笠狀的小防雨棚，遮蔽住出入口，這樣即便有小雨船艙內也不會進水。
萬一出現一些進水，那就隻能靠螞蟻們用大顎將水分割成小水珠，再搬運到船外丟棄，這是非常簡陋低效的排水方式。
這艘改造後的核桃船的再次試航中又暴露了新的問題。核桃船在水中由“臥姿”改為了“立姿”，雖然避免了進水問題，但船隻重心的姿態的改變，導致現在的船隻非常不穩定，有些較大的風就會劇烈搖擺。
畢竟，這些核桃都天然長成了長橢圓形，“臥姿”狀態下相對穩定，就算搖擺也是順著核桃尖兒和芽眼的軸線翻滾，不容易傾覆。但在“立姿”狀態下，軸線與水平麵垂直，在外力作用下，核桃船就容易劇烈搖擺起來，這對於航行安全也是個隱患。
主角帶著科研組研究的應對辦法就是給核桃船加上平衡木。
這種設計類似人類古代獨木舟的單邊架設計。最原始的獨木舟是單體式獨木舟，即一艘獨木舟不添加其他結構部件，但是，使用單體式獨木舟航海，抗風浪能力差，較易側翻傾覆。
而單邊架式獨木舟，就是在獨木舟的一側，增加了一根同向浮材，並通過橫杆與獨木舟連接，單邊架獨木舟穩定性非常好，行駛平穩，在風浪中橫搖幅度很小，具有很好的抗風浪、抗橫搖側翻的能力，可用於長距離航海。
古代波利尼西亞人甚至用這種獨木舟幾乎征服了太平洋，殖民到各個距離甚遠的島嶼上。
核桃船的邊架就是一根大約有人類世界鉛筆粗的木棍，被通過更細的約莫牙簽直徑的木棍，用纖維捆綁和蟻膠固定在了核桃船一側。
經過改造後，現在的核桃船也基本克服了側翻和搖擺問題。
接下來，就要讓核桃船具備真正的航行能力了。