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主角還需要建立一套行政機構來執行政務，一開始他考慮的很複雜，要讓權力機構和行政機構分開，但後來考慮到螞蟻國家本身還很原始，他還是放棄了仿照成熟的現代人類國家的那一套體製。
在他的新規劃裡，各機關的首腦本身就應該獲得各族聯合會議以及蟻族大會的代表資格。
比如鍬象是軍團長，他不可能當著軍團長卻不能入選代表，也不可能為了代表資格就放棄軍職。
“小秘二世”也一樣，身為科研組絕對的頂梁柱，不可能放棄本職，也不能不給一個代表職位。
那就乾脆合二為一，這樣會議室通過的議題也就正好分配給相關代表去執行，還省了一道權力機關向執行機關發文的步驟。
人類古代文明，也長期權力機關和行政機關不分開，這樣的體製更適合早期文明的實際情況。
但主角還是計劃建立了幾個專業機構，負責管理越來越複雜的經濟社會活動。
事實上，主角以前在[東楊城]就分工建立了常備軍、建築隊、農業隊、征糧隊、雜役隊的編製，但這種行政架構還非常原始，也遠不能有效管理越來越先進的生產方式。
這一次，主角決定根據目前的發展水平，建立幾個專業機構，各司其職。
在主巢，神使王軍團將設軍事部、財務部、蟻口部、農業部、工業部、科研部、工程部、交通部、外交貿易部、教育部十個部。
其中軍事部負責配合神使王指揮和協調軍隊的行動，也負責軍事後勤等相關事宜，下轄參謀處、後勤處、征兵處、訓練處、馭獸處、軍工處。目前部長由鍬象兼任。
參謀處計劃由因老病傷殘而退役的軍官組成，讓他們發揮餘熱，也協助主角決策軍事行動。日後，也將考慮專門開設學校培訓專門的參謀型螞蟻。
後勤處負責軍隊後勤物資的籌集、運輸和供應，有專門的軍事運輸隊，與交通部的民用運輸隊分設。
征兵處負責根據常備軍團的缺額及時補充兵力，也負責組建新部隊。
訓練處負責軍隊的日常訓練。原先日常訓練是由各軍團自行組織，現在將訓練權剝離出來，這樣更加專業，也削弱軍團長對軍隊的全方麵掌控。
馭獸處負責蒼蠅、甲蟲等馭獸的馴化、飼養，這一類軍事用途的馭獸的養殖場從農業部的養殖場裡分離出來。
軍工處負責軍隊相關的工業生產，因為煉鐵高爐等作坊都歸工業部管理，所以這個處目前主要起到協調的作用。但日後隨著生產力發展起來，將會有專門的軍工廠和軍事科研團隊歸其管理。
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