官軍圍剿流賊不力，反而被殺的大敗虧輸，朝中隻好放出因黨爭獲罪的名將宋常勤出任三邊總督，負責剿滅流賊。
宋常勤入軍中，發現軍隊之中兵無戰心，軍官驕橫，殺良冒功。宋常勤於是用鴻門宴的方式斬殺軍頭鳳人宏，清洗鳳人宏的黨羽，控製軍隊。
與此同時塗旦可也被軍隊抓住，重新整編的軍隊正缺少醫生，於是將塗旦可帶上。過程中塗旦可展現出來的醫術漸漸獲得軍隊信任，這時他才發現軍中有大量醫生，甚至連他的師父——一位蘇州名醫都被抓到軍隊裡來了。
而繼續行軍後塗旦可才知道軍中有這麼多醫生的原因：原來此時軍隊之中已經開始爆發傳染病，為了穩定軍心，軍官拚命抓醫生試圖將疾病控製住。
名醫們各自使用辦法對付傳染病，但是這疾病與之前百年中本朝遇到的病症都不一樣，醫生們用老辦法治療疾病，卻因為藥不對症所以根本無效，甚至使得將士們諱疾忌醫。
塗旦可通過思索發現了治療傳染病的辦法，但是這辦法和古書的辦法不同，塗旦可提出之後甚至連他的師父都不願意支持，由此塗旦可被趕出軍中。
與此同時，宋常勤也上任總督，他到各地去籌集糧草，可是地主大戶們全都互相推委，口中說著自己如何困難，一兩銀子都沒有，但酒宴之後，宋常勤卻收到大戶門送來的禮單——這些不願意支持糧草的大戶一口氣給他送了上千兩銀子的禮物。
被趕出軍隊的塗旦可遇到流賊，被流賊裹挾，因為之前在軍中救了一個被俘的流賊首領的命，所以他並沒有遇害，還被流賊以禮相待。
流賊領袖請求塗旦可給他的部下治病，這時塗旦可才發現這群流賊之中也已經爆發同樣的傳染病，塗旦可隻能儘力救治，但因為沒有相應的藥品無法治愈。
與此同時宋常勤征收糧餉卻遇到極大阻力，那些地主大戶無論宋常勤怎麼諷刺勸說都不願拿出軍糧，卻反而在每次拜見宋常勤之後都給他送上更重的禮物，希望能夠讓宋常勤放他們一把。
宋常勤調查出這些地主家中都有糧食，卻欠稅不交，甚至在災荒緊急的情況下，還有許多官員保護他們，他向朝廷彈劾這些地主和官員試圖取得朝廷支持，但是這些地主大戶全都有通天的關係，宋常勤的上疏沒有任何回應，他反而因此被朝廷排擠。
塗旦可所在的流賊被官軍攻擊，塗旦可再次被俘回到軍中。而這時他發現軍中的傳染病已經十分嚴重，甚至連他的師父都染上疾病。
師父在死前問塗旦可：“為什麼幾百年都有效的辦法，此時卻無效了？這病還怎麼救？”含恨而終。
塗旦可咬牙接下了治療傳染病的工作，請求用自己的新方法治療疾病。事情上報到宋常勤那裡，宋常勤點頭同意。
塗旦可使用了新方法終於將傳染病控製。
同時，宋常勤將本地的士紳大戶聚集在一起，最後詢問他們能否出糧，在再一次得到搪塞答複之後宋常勤摔杯為號，讓埋伏好的軍隊將這些大戶全部控製，抵抗者殺無赦，然後直接派出軍隊入大戶家中查抄，儘數將這些大戶隱匿的糧食未交的稅款收回，用這些糧食稅款武裝軍隊，去和流賊決戰。
大戰前夕，塗旦可離開軍隊，用自己總結出來的治療傳染病的辦法，試圖去救治更多的受疾病困擾的百姓；宋常勤帶領著隊伍去和流賊決戰；與此同時，因為被抄家而彈劾宋常勤的上疏雪片一般的飛向京城……