萬曆皇帝又問：“前幾日我見了河南上來的幾份折子，如今安陽府的甲骨發掘很有成效，董作賓請求成立一個甲骨學會，以為這是比讓有司負責研究甲骨更好的辦法，沈先生如何看呢？”
“老臣不了解近日時新的考古學。”沈鯉回答。
“不了解？這考古學似是從訓詁學裡發端出來的，先生可是當世研究經義一流的人物呀，如何會不研究？”萬曆皇帝奇怪道。
“老臣於此道確實沒什麼研究，實在羞愧。”沈鯉告罪一聲就低頭喝茶。
沈鯉被稱為一代伊洛真儒，著述頗豐，是萬曆年間一等一的理學家，怎麼可能沒看過訓詁學、考據學的相關內容，董其昌發掘甲骨之時請求東林黨幫忙，當時就有人來走沈鯉的門路，可是沈鯉卻直接拒絕，董其昌做禮物給他送來的甲骨他也不收。
事實上沈鯉在和東林黨人的交流中表示過自己的真實想法：“似這般的考古考據，若研究出與經典相背離的內容，是該堅持經典，還是更改，誰又有那地位去改？若改了，天下讀書人又該篤信何物？”
沈鯉並不是古板的理學家，做學問到他這種程度，自然能夠看出朱熹當年留下的許多內容之中都有錯漏，沈鯉作為理學大家其實自己是不相信理學天然就有超凡地位的。
也可以說沈鯉的腦子很清醒，他知道理，學之所以被推崇，就是因為當今天下需要一種可以奉之為正宗、推之為圭臬的學問去寬正人心。
要不然科舉考試考什麼？朝堂之中的各種鬥爭以何理論為本？
沈鯉自己也不完全相信理學，但是他卻認為不能沒有理學，因為再也找不到一個比理學更加完善、規範的學說。
當然，王文龍的出現完全讓他意外。
王文龍的考據學實在太有攻擊力了，完全顛覆了過去讀書人的學習和研究方式。《尚書古文疏證》作為考據學的開山鼻祖，其思想內核深挖之後形成的學派完全是可以替代理學的。
但是在沈鯉看來，王文龍以及追捧他的考據學者考古學家的興起，卻完全是一件壞事。
他知道選擇理學作為科舉的基礎理論並不是因為理學好到了什麼程度，而是因為理學的地位可以適應這樣的工作。
理學的崇高地位是曆代讀書人花費幾百年才造就出來的，其中甚至包括了許多巧合和僥幸的因素。
既然如今已經有了理學這樣好用的工具，作為頂層學者和大明此時的掌舵人之一，沈鯉堅信小車不倒隻管推，很反對對於此時的學術界發起冒然的衝擊。
沒有幾百年的積累，現在再提出一種新學問，哪怕再是正確先進也不可能達到理學在天下人心中的地位。
新學說的出現，必然使得天下大亂。
他覺得這才是“理學倒了，天下綱常就斷了”的真正意思。
萬曆皇帝和沈鯉之間的談話持續了半個多時辰，最後皇帝問道：“請先生試論王建陽其人。此人如今在民間聲名頗盛，朕想升他個閒官以為嘉獎鼓勵，也顯愛民之心，先生認為如何？”
沈鯉仔細思考回答說道：“若以人才而論，此人絕對堪稱本朝一朵奇葩，他之學問嚴謹有方，勝過而今世所稱道的泰州諸生、李卓吾之輩甚多。若論、史論等也是第一流的，其文辭雖不甚瑰麗，然而說論理井然、眼界廣博，恐怕當今世上無出其右者。然而說起其為政以及考據之學說，臣並不讚同。”
沈鯉評斷：“聖上拔擢他一個閒職可也，但若是將之作為詞士近臣，恐怕此人論斷太過，會給聖上招來非議。”