雨隱村永遠籠罩在悲傷的雨絲之中，沒人知道大陸上囂張跋扈的強大叛忍組織‘曉’就藏身在這裡。
曉組織剛組建的時候有三個忍者，正是自來也教導過兩年的彌彥，長門和小南。彌彥從自來也身上學會了守護和平的理念，於是和兩個好夥伴成立曉，立誌改變忍者世界，不再讓二戰這樣的悲劇發生。
二戰的主要戰場就是他們居住的雨之國，當初被稱為忍界頂點的山椒魚半藏以小村之力挑戰木葉，試圖撬動五大國的格局，最後慘敗，雨之國國力衰敗，雨隱村也是慘不忍睹，路有凍死骨，河水滿餓殍。
在亂世中成長起來的三人希望自己的組織可以成為國家的希望，所以以‘曉’為名。三個年輕有為的少年也確實一度影響了整個村子，卓有功效，吸引了很多年輕的忍者加入他們。
然而一個發展迅猛的強力組織必然會引起統治者的注意，特彆這個組織的理念還和統治者的想法相悖的時候。
山椒魚半藏有自己的野心，而曉組織卻不想發動戰爭。曉組織的存在在山椒魚半藏看來就是麻痹雨隱村的毒·品。加上誌村團藏的煽風點火，最後山椒魚半藏終於對曉出手。
山椒魚半藏先欺騙小南，將她控製作為人質。然後又在包圍圈裡以小南生命為威脅，要彌彥和長門自相殘殺。最後彌彥自己撞上了長門的苦無死去，好友的慘死激發了長門的輪回眼，山椒魚半藏這位年邁的忍界頂點也隻能含恨而死。
可以說本來事情到這裡還有餘地，然而長門這個本來就沒有目標的男人接過了彌彥的遺願，成為了曉的領導，開始將‘曉’變為恐怖組織。
當然長門也並不是一開始就黑化的，在暗中還有一個人影響著他，就是宇智波帶土。開始宇智波帶土是按照宇智波斑的安排和曉組織接觸，因為長門的輪回眼就是斑移植給他的。斑知道自己快死了，在和初代目一戰之中他也傷的不輕，所以他安排了複活事宜。隻要使用輪回眼的秘術，就能讓人起死回生。
而這雙輪回眼正是宇智波斑一生中最高的成就，直到生命的儘頭才覺醒的終極武器。
斑一開始就選擇長門，後來更是希望把‘曉’變為一個為了複活他而活動的組織，當然作為報酬他將會為曉實現‘永恒的和平’。
彌彥活著的時候表示十分感動但拒絕了，他從自來也身上學到和平是需要自己雙手來爭取和守護的，並沒有捷徑。
然而彌彥死了，證明他堅持的理念錯了。如果還是希望和平的話，長門必須要另辟蹊徑，於是他聽從帶土的建議，終於走上了斑安排的道路。
此時小南站在雨中，腦海裡抹不掉那些無辜孩童慘白的麵龐，那些年輕的生命就這麼逝去了，就好像被驟雨摧殘凋謝的花朵，被他們親手打落。
一直以來堅信自己能帶去和平，可是現在看‘和平’的代價或許是他們不能付出的。還有曉組織的那些叛忍，難道沒有一點人性麼？看到這麼多孩子死去竟然無動於衷，小南動搖了。
淅淅瀝瀝的雨中，帶土躲在暗中觀察。他能感到小南的心境變化，其實他也很震驚，不知道誰會用這樣的手段。
不過帶土能確定，這種行為並不是要打敗曉，而是要從心理上瓦解曉的成員，其心可誅。這個大陸上能做到這個的恐怕並沒有幾個人，就算是擅長幻術的宇智波家族也沒有人能做到，帶土的腦海裡浮現出了一個許久不見的‘熟人’——杜蘭。