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碇真嗣違反撤退命令，不但沒在外部電源斷開的時候撤退，反而衝上去和使徒拚命。現在少年總於可以離開了，不過看著呼嘯的列車，想到了葛城美裡這位誘人的大姐姐，又想到了兩位剛剛建立友誼的同學，最最重要的是想到那位潔白的讓人忍不住親近的少女。離開和留下頓時成為了問題。
如果是幾天前，碇真嗣絕對是毫不留情地離開，一旦猶豫就說明他已經有點想留下來了。
接受還是拒絕，如果真要拒絕肯定是當機立斷地拒絕，猶猶豫豫不想拒絕又不接受就說明這件事情是有餘地的，是需要思考的。其實人都是這樣，會果斷拒絕的基本上都是看上去就沒什麼好處的事情，而下不了決定的事情基本上就是有好處有壞處，或者就是好處不夠明顯。
大姐姐，同學，還有美少女，足夠讓碇真嗣思考了。
最終列車過去，碇真嗣留下。而匆匆趕到車站的美裡鬆了一口氣，她自然不希望碇真嗣離開，畢竟他是目前唯一可以啟動初號機，而且同步率一上來就超過百分之四十的天才，少了他，神經元的戰鬥力要大打折扣。
看到碇真嗣沒上車，葛城美裡頓時喜笑顏開。
雖然碇真嗣沒有遵守命令，不過目前沒人可以代替他，葛城美裡說情，司令也不想換掉兒子，那麼雙方默契地恢複了碇真嗣的駕駛員身份，允許他繼續參加戰鬥。
碇真嗣看著手中寫著地址的小卡片，想著要不要去。對於杜蘭老師，他的想法是很複雜的，杜蘭絕對是一個標新立異、與眾不同的老師，他的觀點之新穎讓人瞠目結舌。老實說碇真嗣也沒全理解，但有一點可以確定那就是老師不喜歡神經元，所以總認為神經元最後會出賣所有人。
碇真嗣也不喜歡神經元，可那畢竟是父親管理的機構，而且也是在為保護人類而戰鬥，他實在不能對杜蘭的教育全盤接受。
不過等到少年回過神來的時候，他已經站在了一扇陌生的大門前。
這裡是第三新東京市的一個廢棄工廠，少年走到了門口，還在猶豫要不要進去。
“少年，我已經恭候多時了。”杜蘭就站在碇真嗣的身後，來了就彆想回去。
“老師？！”碇真嗣見到杜蘭的時候有些擔心，不知道老師到底會做什麼。
“進來吧。”杜蘭把少年帶進了工廠的辦公室，進入房間就見到一麵牆壁上貼滿了各種各樣的新聞剪報，還有各種照片，很多照片都是機密級彆的，而牆壁的中央是用抽象的線條繪製的一副醜陋的素描畫。
畫上是四個人形的輪廓，不過他們都有光環。在畫下麵是各國媒體對隕石的報道，這都是十五年前的舊新聞了。
“少年，你看到了什麼？”
“老師，你在調查神經元？”碇真嗣發現很多照片都是神經元地下基地的照片，甚至還有手繪的路線圖，基地比想象中的大，在基地下方還有巨大的空間。
“算是調查了，不過這不重要。重要的是被掩蓋的真相，我們現在所處的世界其實已經經曆過不止一次重啟，而每一次重啟都不能改變人類所受的苦難。”杜蘭抬手指向了牆壁中央的素描說道：“你看，那就是世界被重啟的證明。”