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更換了渾濁的lcl液體，三台eva，扛著旗幟在第三新東京市示威，宣揚‘使徒的命也是命’。在自己管理的地方發生了這種事情，碇源堂意識到問題的嚴重性，因為seele很有可能以這個為借口削減自己的力量。當然也可能會直接空降個什麼人來接替自己。
其實司令也知道seele在自己身邊安插了不少間諜，加持就先不談了，他本來就是多麵間諜。還有真希波，那個大白天跳傘潛入的家夥，肯定也是帶著seele命令的。真希波是個麻煩的家夥，這個女人捉摸不定，雖然是妻子的好友，但她不見得會支持自己。
現在又發生了駕駛員搗亂事件，更是讓seele有足夠的借口。碇源堂心想杜蘭這個家夥也太可惡了，他到底哪裡得到技術的？竟然製造了移動電池，那應該是核燃料電池吧，可到底是如何轉化的？
at力場已經很玄學了，杜蘭開發的核電電池也一點也不科學。到底核能是怎麼轉化為電能的？散熱又是如何解決的？又如何做到小型化，抗震動的？各種問題杜蘭到底是如何解決的？
總之很是無奈，eva有了電池，就不需要依靠神經元的支援，完全不收管控，徹底造反了。
“現在怎麼辦？”副司令也傻眼了，這個時候他能想到的辦法就是把零號機和六號機全部派出，或許還有機會，不過不管戰鬥是不是完美收場，作為司令肯定是罪責難逃。
“靜觀其變吧。”司令表示這次他要主動上報，告訴他們這是杜蘭在搞事情。而杜蘭是從seele眼皮底下逃走的，seele也有責任。
seele知道初號機和三號機背叛，被奪走的五號機也出現了，立刻就暴怒，因為杜蘭這是在挑釁。可惜四號機的無時限能源實驗失敗了，導致四號機打開了狄拉克之海，被反物質吞噬。所以現在他們對搭載核電池的eva無能為力。
能源問題，seele其實也在努力解決，不過他們的解決方式是給eva安裝s2機關，四號機就是試驗機，不過因為實驗失敗，所以研究也延後了。現在隨著各種情況的變化，導致他們手裡竟然隻剩下零號機、二號機和六號機，初號機、三號機、五號機全變節了。雖然主要是杜蘭的緣故，但碇源堂這個家夥也有不可推卸的責任，要不是他把兒子送上初號機或許不會有這樣的結果。還有傀儡係統的研究也不成功，竟然隻能啟動一次，這是開什麼國際玩笑？
雙方雖然是一個組織內的，但互相推卸責任，都表示這次災難性的問題不是自己的錯，而是對方的錯，自己隻是克忠職守，根本沒有任何的過失。
所以說如果大家都做不粘鍋，都隻知道各司其職，等到出現沒有預案的意外時，就沒人願意去解決問題了。因為他們都不想承擔責任，都不想損害自己的利益去解決問題。現實很殘酷，一旦他們不解決問題，各國部門都不會放過seele，肯定會想辦法控製他們。但碇源堂和seele更清楚彼此才是更大的問題，外敵反而不重要，攘外必先安內。
碇源堂要奪取seele的補完計劃，就絕對不能放棄現在的位置。seele對碇源堂不信任，所以也不會輕易繞過他。這樣的局麵就是雙方都不能讓步，讓步都可能讓他們功虧一簣。
很快消息就傳出去了，eva駕駛員，那些本來應該保護全人類的家夥竟然反過來保護使徒了，這讓大家都很震驚，還能這樣麼？
那現在如果使徒來了，誰來保護人類？