Seele原教義派是不會放棄的，畢竟融合是他們追求的終極幸福。杜蘭可以放過他們，但他們不會放過地球。
為了能夠完成衝擊，他們是在末日裡努力發展技術，克服了s2機關的難關之後，他們製造的量產eva已經全不需要電源線了，全是半永動機的機體。加上傀儡係統，所有的機體都可以無人駕駛。
這才是未來，這才是先進，躲在基地裡就能遠程操控戰鬥，就能遠程操控融合，根本不用親自上前線。碇真嗣是沒趕上好時候，要是他再晚點加入神經元，到時候就沒駕駛員什麼事情了。
有了s2機關，有了無人駕駛係統，那麼接下來的事情就是用無人機恢複聯絡，準備再次重啟衝擊。
第一次衝擊是使徒沉睡，人類為王。第二次衝擊淨化了海洋，第三次衝擊應該淨化陸地，第四次衝擊就應該淨化靈魂了，到時候所有人的靈魂都會融合進入黑之月，所有人都能幸福。
有了技術，末日也不算是什麼，現在重要的還是要完成衝擊。順便聯絡渚薰，讓他回歸正軌，進入中央教條。
至於使徒已經不重要了，有了無人駕駛的eva，使徒已經是明日黃花，不成問題。
使徒也是慘，被第一次衝擊砸暈，好不容易被第二次衝擊喚醒，吸收了能量來找黑之月融合，卻被人類給擋住了。明明使徒都很厲害，要是打配合就沒有人類什麼事情了，他們偏偏喜歡一個個送。
還說人類的心之壁呢，使徒的心之壁也很厚。他們根本就不互相信任。
無人機衝上宇宙恢複通訊，同時發現了第三新東京市已經消失了，隻留下一個被雪覆蓋的坑洞。力天使的破壞力確實驚人，不過可以確定黑之月並沒有消失，還在地下。那麼接下來的事情就好辦了，消滅剩餘使徒，然後融合。
當大家看到從上空掠過的無人eva的時候，神經元的人就知道這肯定是seele來了。
碇源堂就知道他們不會放棄的，可惜自己的篡奪計劃已經沒法進行了，因為綾波麗已經背叛了自己，妻子也已經進入了宇宙，自己就算篡奪了融合，也無法達成目的。
無人eva在坑洞上空集結，準備打穿中央教條。在神經元的下方還有巨大的地下空間，莉莉絲的本體就在其中，被固定在十字架上，同時地下就是巨大的黑之月，大小和月球差不多，這麼巨大的球體一旦離開地下，就會在地殼上撕開一個巨大的口子，就好像擠爆了青春痘一樣。
先要進入中央教條，然後通過莉莉絲激活黑之月，就可以開始融合了，大家一起愉快地變成橙汁。
Seele準備用渚薰激活莉莉絲，而碇源堂準備用綾波麗克隆激活。
不過不管渚薰還是綾波麗，最後都會把主導權交給碇真嗣，就說氣不氣吧。碇源堂和seele苦心孤詣準備的大戲卻被什麼都沒搞清楚的少年給奪取了。而少年的決定就是不斷重啟時間線，可惜並沒有完美的結局。