奇辛激動道：“還給我！你們不能將生命寶玉還給阿爾宙斯！”但他的行動被夢幻完全控製住了。
小智道：“生命寶玉本來就是阿爾宙斯的東西，不是你的！”
奇辛道：“我這麼做都是為了米季納！失去生命寶玉，這裡將會再次變得荒蕪！未來也將什麼都沒有！”
小智道：“你真以為這所謂的銀之水就能殺死阿爾宙斯嗎？那我明確的告訴你，阿爾宙斯是神明中的神明，生命寶玉隻是輔助，想要殺死它銀之水恐怕還不夠資格。而且真正使得米季納變為富饒之地的是你們，是你們的辛勤耕耘。為了私心就想要占據生命寶玉，你今日的所作所為會給未來的人帶來多大的災害你明白嗎？”
小智將奇辛直接交給了達摩斯，相信他會給奇辛一個處置的結果的。
小剛與小光也成功破壞了銀之水注入的裝置，夢幻的精神強念將阿爾宙斯救了出來，小智將生命寶玉也歸還給了阿爾宙斯。重新恢複力量的阿爾宙斯，道：“少年，你叫小智對吧！真是非常感謝你！”
日全食之日，阿爾宙斯如期降臨，達摩斯也按照約定將生命寶玉重新歸還給了阿爾宙斯。達摩斯和希娜共同使用了超克之力，將事情整個告知了阿爾宙斯。
阿爾宙斯道：“達摩斯，希娜你們的想法已經傳達給我了！沒關係的！”
此時日全食已經過去了，生命寶玉的光芒重新化為了阿爾宙斯的五個生命之源，重新融入了阿爾宙斯的體內。
阿爾宙斯恢複了力量，但曆史的原因還是使得它陷入了沉睡。阿爾宙斯回到了它自己的空間裡，小智它們也在達摩斯的送彆下回到了原來的空間。
達摩斯在眾人臨行前，跟他們保證道：“小智、小光、小剛、希娜，你們放心，未來的米季納隻會更加富饒。”
小智四人回到了現實，此時的米季納已經恢複了沒有被阿爾宙斯的製裁光礫破壞前的樣子，被眾神獸圍著的阿爾宙斯也停下來了動作。阿爾宙斯看向了小智道：“曆史得到了修複！好久不見，小智！你們的世界真是一個美麗的地方！”
小智道：“是我們的世界！”
阿爾宙斯笑道：“我都忘記了，我也是這個世界的一份子！”
小智見阿爾宙斯想起了千年前的記憶，就把自己的寶可夢們收進了精靈球裡。整個米季納如達摩斯說得那樣，變得更加繁榮富饒了！米季納變得富饒，依靠的還是人類與寶可夢的共同努力。
賓客找到了小智四人，他與希娜興奮的抱在一起，小剛的心徹底碎了！
時空三神也各自回到了各自的空間中，眾人再次目送阿爾宙斯遠去。米季納遺跡中多出了一塊石碑，上麵畫著的正是小智四人、達摩斯與阿爾宙斯。
小光道：“大家來看，這裡多了一個石碑。上麵畫的是我們哎！”
希娜看著石碑上的字翻譯道：“教導何為信賴之心的未來的孩子們啊，希望米季納的未來會成為一個更美好的地方，我會永遠為你們祈禱，你們所處的未來是什麼樣的地方呢？”
希娜感動道：“達摩斯先生！”
【完成劇情任務超克的時空，獎勵積分】
小光為了參加睡蓮鎮舉辦的華麗大賽，一行人再次踏上了旅程。