帕琦拉以弗拉達利研究所的名義將安排進聯盟的研究人員調離，並將所有資料等重要內容都上交給了聯盟後這才解散了閃焰隊。帕琦拉自首後，卻沒有被關押。她沒有參與到弗拉達利毀滅卡洛斯地區的計劃中，加上這些資料也算是將功抵過。
卡洛斯重建需要人手，卡露乃以冠軍之名，繼續讓帕琦拉擔任四大天王，閃焰隊的事情也算是順利的解決了！
瑪農抱著失而複得的哈力君很是感動，哈力君重新能陪在瑪農的身邊也十分高興。小智重新贈送給了艾嵐鑰石和噴火龍x的超級進化石，艾嵐重新回到研究所帶著瑪農一起，擔任了布拉塔諾博士的助手幫助布拉塔諾博士進行超進化的研究。
三天後密阿雷市的標誌幻彩水晶塔的修複工作完成，重新點亮的幻彩水晶塔也預示著卡洛斯地區注入了新的活力！
一周後，以小智之名的“小智杯”寶可夢華麗大賽——密阿雷大會舉辦，皮耶爾受邀擔任了這場華麗大賽的主持人！不僅這場大會莎莉娜的勁敵們齊聚，還有小遙、小光以及前卡洛斯女王愛兒都報名了這次的大會！
最後“小智杯”的優勝被小遙奪下！
密阿雷機場恢複了運行，愛兒帶著妖火紅狐先行前往了華麗大賽的起源地芳緣。莎娜三人準備前往關東旅行，莎娜要去參加關東的華麗大賽，這次的體驗似乎讓她找到了華麗大賽的樂趣。這次的事件中莎娜三人出力不少，小智贈送了超級妙蛙花、超級水箭龜和超級噴火龍x的進化石給三人。
翔太則是準備跟著大吾修行一段時間，小遙準備在卡洛斯地區繼續進行華麗大賽，作為頂尖協調訓練家，小遙有義務要幫助推行華麗大賽。小光也是同樣的考慮，她準備前往合眾地區與米可利一起推行華麗大賽。
小勝返回了芳緣，準備挑戰芳緣聯盟。小勝準備追尋著小智的腳步，挑戰完芳緣就去關東和成都，緊接著就是神奧、合眾和卡洛斯，他想要成為小智一樣的優秀寶可夢訓練家。小智臨行前贈送了一顆小火龍的蛋給小勝。
小智他們在機場送彆了大家後，莎莉娜也告訴了大家她的決定，她準備跟著八汐女士先進行寶可夢表演家的修行，等到成為名副其實的卡洛斯女王後，就像愛兒一樣去尋找新的自己！
小智、小霞和小剛的飛機在兩個小時之後，小智看出了柚麗嘉從早上開始情緒就不高，安慰道：“柚麗嘉，我們以後還是有機會再見的啊！”
柚麗嘉抱著咚咚鼠道：“可是......我不想和小智哥哥分開，跟小智哥哥一起旅行的時間雖然不長，但是這趟旅程我真的很開心！我從小智哥哥的身上學到了很多的東西，如何照顧寶可夢，怎麼與它們交朋友，都是小智哥哥教我的，所以......”
柚麗嘉眼淚大顆大顆的滾落，莎莉娜將柚麗嘉抱住，輕柔道：“柚麗嘉，雖然接下來會很寂寞，但是大家都有各自的夢想！”
柚麗嘉道：“我知道的，我都知道！但是我心裡還是很難過！”
小智道：“既然這樣的話，柚麗嘉我們也定下一個約定吧！你在成為訓練家後，我就跟你對戰一場好嗎？”
柚麗嘉道：“好，就這麼約定了！我想要成為不輸給莎莉娜的表演家，從哥哥手裡拿下徽章，成為卡洛斯地區最強的訓練家！”
希特隆微笑道：“柚麗嘉的理想還真的挺遠大的！”
小智道：“那就這麼約定好了！無論我在哪裡，隻要柚麗嘉的電話我就來赴約！”
柚麗嘉伸出了小拇指，擦掉了眼淚道：“小智哥哥，拉鉤！拉過鉤之後做不到就要吞下一千根針哦！”
小智微笑著和柚麗嘉做了約定！
臨行前，小智贈送給了希特隆一顆咩利羊的蛋和超級進化石，這是早就答應過希特隆的，莎莉娜得到了醜醜魚的蛋，美納斯與莎莉娜的適配度很高，作為表演家也會有更多的表演方式！
小智三人坐上了飛機回到了關東，分離是為了下次更好的相見，大家都帶著夢想踏上了新的旅途......