但神奇的是，皮卡丘體內的能量竟然與晚夜隕石的能量相符，皮卡丘因此能和晚夜隕石的力量產生共鳴，並感知到晚夜隕石的能量即將失控並且摧毀合眾地區。
聽到這話，小智萬分焦急，必須趕在隕石的能量失控前把隕石摧毀。
而隕石溢出的能量越來越強，並開始波及到飛雲市，隕石能量爆發，熱輻射席卷飛雲市，摧毀了飛雲市大量的建築物。
火箭隊和等離子隊也開始察覺到事態不妙，最終火箭隊和等離子隊也得知隕石失控會導致合眾地區的毀滅，認為這種力量並不受控，
阪木在得知隕石能量不可控後，認為其不適合用作火箭隊稱霸世界的能源，直接宣布放棄爭奪隕石的計劃，火箭隊全體返回關都地區。
魁奇思也因為隕石的能量不可控，認為這股力量不適合成為英雄的力量，因此也命令手下放棄隕石離場，
阪木和魁奇思兩人直接表明不再需要隕石，雙方的手下都迅速停火，默契地撤離。
但是，周圍那幾千架直升機又豈會讓他們如願。
畢竟這一次三大組織的人馬聯合出動，光經費都不知道花了多少，怎麼可能讓這些反派人員輕易逃跑。
最終，火箭隊和等離子隊加起來的幾百上千名隊員全部被捕獲，僅有富林多等少量火箭隊隊員和等離子隊隊員逃離。
而另一邊，小智的皮卡丘因為和隕石力量共鳴，使出驚天超強十萬伏特，其強大威力相當於三十發超極巨萬雷轟頂。
在隕石完全失控前成功把隕石摧毀，至此，事件告一段落。
事件解決後，共鳴解除，皮卡丘的力量也恢複了正常。
抓獲的火箭隊隊員和等離子隊隊員們都被一一押走，
那塊從博物館裡被偷出來的隕石碎片也被紅豆杉博士重新送回七寶市博物館，事件正式完結。
被皮卡丘擊碎的是火箭隊在古代城裡找到的最大的晚夜隕石碎片，送回七寶博物館的是原本就放在博物館裡展覽的小塊的晚夜隕石碎片。
至此，小智在合眾地區聲名大噪，小智保護了合眾地區，以一己之力對抗兩大反派組織，為飛雲市除掉貪汙市長等等，這些事跡廣為流傳。
事情結束後，君莎小姐帶著警員們押走了等離子隊的隊員，帥哥帶著國際刑警們押走了火箭隊隊員，紅豆杉博士則負責將隕石送回七寶博物館去。
小智三人沒有一起回去，小智已經跟亞堤聯絡過了，此次事件害得飛雲市被破壞得不成樣子，需要時間修繕，
所以三人就決定在荒野名勝區這裡逗留幾天再回去，說不定還能找到幾隻稀有的寶可夢呢。
看著手機上推送的新聞，三人來到了荒野名勝區裡的巨神遺跡這裡。
據說這是一處新被發現的地下遺跡，有著很多的謎團，
小智敢斷定，這個巨神的身份一定是寶可夢。
越過滾燙的沙漠地帶，總算是來到巨神遺跡的門口。
這裡豎著六根柱子，每根柱子上都有一隻達摩模式狀態下的達摩狒狒，看起來就像六顆石蛋一樣。
正當小智不以為意打算進入遺跡的時候，其中一顆達摩狒狒竟然瞬間便跳起來化身一般模式，嘴裡吐出火焰，朝著企圖闖進遺跡的小智就是一發過熱。
在確認鬥子和鳴依都沒有想要收服達摩狒狒的意思之後，小智抬手一發波導彈將過熱的火焰輕鬆擊潰並且將這隻達摩狒狒擊飛。
見此情形，剩下的五隻達摩狒狒根本就動也不敢動，十分默契地選擇了從心。
小智也很疑惑，按理說遺跡門口的這幾隻達摩狒狒是要給它們使用憤怒饅頭才會醒來的啊，怎麼會這樣呢？
憤怒饅頭可是城都地區的卡吉鎮的特產，全世界聞名，售價低達300至1000日元呢。
管不了這麼多，小智帶著兩女直接往遺跡裡走，才進去就踩到一個類似於金屬的東西，緊接著則是一聲慘叫。
小智急忙抬起腳，發現那哪是什麼金屬啊，是一隻野生的螺釘地鼠。
“係統，查看螺釘地鼠的資料。”