嘉靖怎麼會不知道，所謂武宗遺命，都是楊廷和的意思罷了。後來雖然楊廷和父子因為大禮議與嘉靖鬨翻，甚至鬨出了左順門之變，但是嘉靖隻是流放了楊慎，讓楊廷和致仕罷了。但是等到嘉靖八年，楊廷和去世。
此時的嘉靖已經坐穩了皇位，對楊廷和就不再客氣了，首先是嘉靖七年（1528年），《明倫大典》修成，世宗重定議禮諸臣之罪，楊廷和被定為罪魁。世宗降敕稱楊廷和“為罪之魁，以定策國老自居，（以）門生天子視朕”，將其削職為民。
嘉靖八年（1529年）五月，楊恒去世，楊廷和哀痛過度。六月二十一日（7月25日），楊廷和在新都“端坐而逝”，享年七十一歲。以庶民禮下葬新都城西父親楊春墓旁。一代權相就此落幕。
楊廷和對嘉靖的陰影實在是太大，導致嘉靖對閣臣的防範十分之嚴厲。之前夏言為何被殺？他與曾銑圖謀複套隻不過是個誘因，嘉靖對他早就不滿，隻不過借此爆發出來了而已。
夏言為相，專橫跋扈，不容許任何人跟他作對，夏言重回相位後，一心排除異己，被他罷官、治罪的多達十餘人，其中包括唐龍、王暐、王用賓、何鼇等，引起嘉靖的不滿。同時夏言與曾銑的關係也被嘉靖懷疑，一個首輔，一個手紈兵符的邊關帥臣，在朝堂上互相呼應，這才是嘉靖最終動了殺心的原因。
對於徐階，嘉靖一直不太信任的原因就是他的心學背景。因為自正德以來，陽明心學的勢力壯大，朝堂中的官員不少是王門弟子，其中徐階更是執牛耳者，徐階熱衷於談論心學，更熱衷於提拔心學後進，在朝堂和地方擁有一大批擁躉，他們從地方州縣到京師六部，科道禦史，甚至翰林院、大理寺等衙門都有王門弟子。
嘉靖對徐階深感忌憚就在於此，他不但是嘉靖二十六年會試主考，有三百多進士門生，更要命的就是就是遍布朝堂的王門弟子，這才是嘉靖不放心的地方。
萬一日後徐階真的成為首輔，依靠自己的門生和王學門人大權獨攬，自己這個皇帝就危險了。所以嘉靖雖然知道嚴嵩的貪婪，但是從未動過更換嚴嵩的想法。
因為嚴嵩的所謂嚴黨，隻不過由一些趨炎附勢之徒和嚴嵩的門生組成，根本對嘉靖構不成威脅，嚴嵩之所以能夠坐穩首輔的位置，靠的是嘉靖的聖眷，一旦嘉靖厭棄他，嚴黨頃刻之間就會土崩瓦解。
故而這次對嚴嵩的彈劾被嘉靖視為徐階挑戰首輔之位，這是嘉靖所不能容忍的，朕給你你可以收著，朕不給，你不能搶！