嘉靖震怒，下令錦衣衛將翰林學士豐熙等8人逮入詔獄。一時群臣情緒更加激憤。左順門前出現混亂，楊慎等人於是撼門大哭，一時聲震闕庭。嘉靖大怒，派人將員外郎馬理等五品以下官員一百三十四人逮入詔獄拷訊，四品以上官員八十六人姑令待罪。
此案經過嘉靖的親自審理，四品以上奪俸，五品以下受杖，受杖者一百八十多人，其中十七人被杖死亡，另八人編伍充軍。此外其他因為勸諫嘉靖遭受廷杖的官員更是數不勝數。
這次這三人因為彈劾嚴嵩而被廷杖，不少人都認為這是嚴嵩從中挑唆的結果。一眾大臣見嘉靖毫無反應，就紛紛到內閣直廬請求嚴嵩，迫不得已，嚴嵩向嘉靖請求漸輕對三人的處罰。
沒想到百官上疏嘉靖都不予理睬，嚴嵩上疏後，嘉靖當天就禦批趙錦等人上疏目的可疑，具明謗君上，情罪欺天錦衣衛亟發官校械係來京，問嚴鵠前職無有可疑，非為嵩情，令邪長正沮可乎？趙錦、周冕械至下詔獄杖四十，贖徒降雜職用，特旨黜為民，楊繼盛罪行欺天，尚未審明查實，著錦衣衛嚴究！
一眾臣子們更加確定此事就是嚴嵩從中作祟，怎麼我們勸諫陛下就沒有效果，你嚴閣老一上疏就從一百杖減少到四十杖。對此嚴嵩沒有解釋，他很清楚，這是嘉靖對他的敲打，他嚴嵩，隻有一個主子，就是嘉靖，要是哪天嘉靖不再庇佑他了，嚴家就死無葬身之地了。
待到趙錦押到，陸炳先是通知了鄢懋卿叫他帶著都察院的禦史們來觀刑，同時將已經在詔獄中的楊繼盛和周冕提出來，準備執行廷杖。
王世貞他們早就得知楊繼盛要再次被廷杖的消息，四處請托之下，托人送給楊繼盛一副蛇膽，告訴他“用此物可以止痛。”楊繼盛收入袖中。一位苗姓校尉也送酒一壺，勸他“可以就此吃蚺蛇膽。”但楊繼盛拒絕，曰“椒山自有膽，何必蚺蛇哉！”苗姓校尉又說“不要怕。”楊繼盛回答“豈有怕打楊椒山者。”於是談笑赴堂受打。
當楊繼盛一瘸一拐的被錦衣衛押上來後，不少官員已經目眥欲裂，之前就聽說楊繼盛在詔獄備受折辱，今日得見，才知陸炳治下的錦衣衛一樣是噬人的財狼。午門外不光聚集了都察院和科道的言官，不少六部和翰林院的官員也來此圍觀，紛紛怒罵陸炳。
刑科都給事中將早就簽發的駕貼交給錦衣親軍校尉，冷冷的說道“今日倒是得見紀綱、毛驤時的威風了，就是不知他日何以自處！”
陸炳不以為意，直接下令行刑，錦衣校尉手持刑杖上前，廷杖所用刑杖，大頭徑三分二厘，小頭徑二分二厘，長三尺五寸，以大荊條為之，每打五杖就換一批錦衣校尉，行刑完畢後，趙錦、周冕當即被家人抬走治療，楊繼盛還要繼續被關押在詔獄中。
看著楊繼盛已經被疼的昏厥過去，由兩名錦衣校尉夾持著拖走，王世貞、李春芳、張居正等人衝上前去想要看一眼楊繼盛，但是都被錦衣校尉給攔住了，隻能眼睜睜看著楊繼盛被拖走。